[日本語] English
万見
- PDB-4x1z: Crystal structure of RHDVb P domain in complex with H type 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1z
タイトルCrystal structure of RHDVb P domain in complex with H type 2
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Capsid spike / Protruding domain / HBGA binding
機能・相同性Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / host cell cytoplasm / H type 2 antigen, alpha anomer / VP1
機能・相同性情報
生物種Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a rabbit hemorrhagic disease virus binding to histo-blood group antigens.
著者: Leuthold, M.M. / Dalton, K.P. / Hansman, G.S.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,84018
ポリマ－68,4602
非ポリマー1,38116
水14,916828
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.170, 76.210, 107.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 238 - 569 / Label seq-ID: 1 - 332

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
詳細The biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

-
要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 34229.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 238-569 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FLU3
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / H type 2 antigen / alpha anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 2 antigen, alpha anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 断片: ligand / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 828 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Lithium chloride, PEG 6000, Citric Acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 151500 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 11.23 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 22.18 / Num. measured all: 2048689
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.3-1.330.7980.4541.89289311133397770.5486.3
1.33-1.370.9080.413.5629911093699140.44590.7
1.37-1.410.9740.3396.7313709210769107300.35399.6
1.41-1.450.9880.2689.2615859310379103780.277100
1.45-1.50.9910.21911.2915328410069100690.227100
1.5-1.550.9930.18412.89146567984698460.19100
1.55-1.610.9950.15714.57134287937693760.163100
1.61-1.680.9960.13417.82139780907790770.138100
1.68-1.750.9970.11620.54135624875287520.12100
1.75-1.840.9970.09924.06126694833983390.102100
1.84-1.940.9980.08528.38119587798579850.088100
1.94-2.060.9980.07532.56111160755075500.078100
2.06-2.20.9990.06837.1111302712871280.071100
2.2-2.370.9990.06439.2299435657765770.067100
2.37-2.60.9990.0641.8993188609960990.062100
2.6-2.910.9990.05444.0380814558755860.056100
2.91-3.360.9990.05248.5473043492849280.054100
3.36-4.110.9990.04751.5962358420542050.049100
4.11-5.810.9990.04251.6346771331433140.044100
5.810.9990.04151.5527188193618700.04396.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x1w

4x1w


解像度: 1.36→19.997 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 10.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1324 6722 5 %
Rwork0.1078 127713 -
obs0.109 134435 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.51 Å2 / Biso mean: 15.8037 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.36→19.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4836 0 86 831 5753
Biso mean--46.85 26.03 -
残基数----664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2466984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3071768
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3610X-RAY DIFFRACTION3.607TORSIONAL
12B3610X-RAY DIFFRACTION3.607TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.36-1.37550.15112080.11513962417096
1.3755-1.39160.13862210.10264198441999
1.3916-1.40860.16552240.091442434467100
1.4086-1.42640.14042200.090241884408100
1.4264-1.44520.11522230.079842264449100
1.4452-1.4650.11842250.079942754500100
1.465-1.48590.12472200.078241734393100
1.4859-1.50810.12822200.077442164436100
1.5081-1.53160.12712260.078742774503100
1.5316-1.55670.12612210.079942064427100
1.5567-1.58360.11962230.078142424465100
1.5836-1.61230.11622240.08142374461100
1.6123-1.64330.13142220.082142224444100
1.6433-1.67690.12352240.0842654489100
1.6769-1.71330.1222240.083242414465100
1.7133-1.75310.12932230.084342324455100
1.7531-1.7970.10452240.086142694493100
1.797-1.84550.13712230.090442194442100
1.8455-1.89980.11162240.09242814505100
1.8998-1.9610.11162250.094442704495100
1.961-2.03110.13272240.099342564480100
2.0311-2.11230.12612250.102142864511100
2.1123-2.20830.12172220.103942244446100
2.2083-2.32460.11272250.101542974522100
2.3246-2.470.13792260.110742804506100
2.47-2.66030.14092280.119243234551100
2.6603-2.92730.15022280.130643444572100
2.9273-3.34910.15372290.139243294558100
3.3491-4.21310.13972310.131743834614100
4.2131-19.99960.13412400.123145494789100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る