PDB-4x1x: Crystal structure of RHDVb P domain in complex with Lewis Y

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x1x

タイトル

Crystal structure of RHDVb P domain in complex with Lewis Y

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Capsid spike / Protruding domain / HBGA binding

機能・相同性

Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / H type 2 antigen, alpha anomer / VP1

機能・相同性情報

生物種

Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a rabbit hemorrhagic disease virus binding to histo-blood group antigens.
著者: Leuthold, M.M. / Dalton, K.P. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x1x.cif.gz	364 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x1x.ent.gz	298.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x1x_validation.pdf.gz	789 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x1x_full_validation.pdf.gz	790.4 KB	表示
XML形式データ	4x1x_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	4x1x_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x1wSC 4x1zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x1w-2 4x1z-d 4egt-d 4x1w-1 2q66-d 2g04-1 1o96-1 4i2s-d 1o96-3 2i9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.440, 84.150, 62.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A	238 - 569	3 - 334
2	chain B	B	B	236 - 569	1 - 334

詳細

The biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

#1: タンパク質

VP1

分子量: 34430.020 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 236-569 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rabbit hemorrhagic disease virus (ウサギ出血病ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FLU3

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / H type 2 antigen / alpha anomer

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 2 antigen, alpha anomer

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 断片: ligand / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: Lithium chloride, PEG 6000, Citric Acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984463 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月10日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.984463 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.22 Å / Num. obs: 153487 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 14.29 Å² / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 0.921 / Net I/σ(I): 7.46 / Num. measured all: 243456

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		0.564	0.484	1.34	17153	12299	10733	0.671	87.3
1.59-1.63		0.658	0.391	1.65	17660	11918	11043	0.542	92.7
1.63-1.68		0.743	0.328	1.92	16152	11562	10401	0.454	90
1.68-1.73		0.823	0.26	2.44	16962	11294	10628	0.361	94.1
1.73-1.79		0.867	0.216	3.05	16876	10938	10356	0.3	94.7
1.79-1.85		0.911	0.179	3.65	15995	10516	9929	0.249	94.4
1.85-1.92		0.935	0.144	4.53	15172	10213	9552	0.2	93.5
1.92-2		0.952	0.124	5.4	13737	9793	8951	0.172	91.4
2-2.09		0.97	0.097	6.68	13994	9397	8878	0.136	94.5
2.09-2.19		0.975	0.086	7.85	13785	9027	8580	0.12	95
2.19-2.31		0.982	0.072	9.12	12962	8533	8114	0.101	95.1
2.31-2.45		0.986	0.062	10.33	11908	8059	7547	0.086	93.6
2.45-2.62		0.988	0.055	11.31	10336	7595	6865	0.077	90.4
2.62-2.83		0.992	0.047	13.32	10982	7111	6766	0.066	95.1
2.83-3.1		0.993	0.04	15.19	9782	6491	6096	0.056	93.9
3.1-3.47		0.994	0.036	17.22	8640	5902	5486	0.051	93
3.47-4		0.996	0.03	18.45	6941	5164	4635	0.042	89.8
4-4.9		0.996	0.027	21.21	6686	4394	4092	0.038	93.1
4.9-6.94		0.997	0.025	20.39	4928	3387	3091	0.035	91.3
	6.94	0.996	0.026	22.18	2805	1854	1744	0.037	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4x1w

4x1w

解像度: 1.6→48.22 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	7012	4.99 %
R_work	0.1545	133427	-
obs	0.1561	140439	93.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.88 Å² / B_iso mean: 18.7441 Å² / B_iso min: 7.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4846	0	51	663	5560
B_iso mean	-	-	23.74	26.66	-
残基数	-	-	-	-	666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	6954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	788
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.92	1750

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3576	X-RAY DIFFRACTION	6.021	TORSIONAL
1	2	B	3576	X-RAY DIFFRACTION	6.021	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2961	221	0.2447	4422	4643	93
1.6182-1.6372	0.3154	235	0.2428	4446	4681	93
1.6372-1.6572	0.2782	232	0.2402	4389	4621	92
1.6572-1.6782	0.2829	224	0.2344	4157	4381	89
1.6782-1.7003	0.2565	231	0.2229	4414	4645	92
1.7003-1.7235	0.2213	235	0.2082	4474	4709	95
1.7235-1.7482	0.2285	240	0.199	4613	4853	95
1.7482-1.7743	0.2285	238	0.2041	4438	4676	94
1.7743-1.802	0.2522	237	0.1906	4520	4757	95
1.802-1.8315	0.2205	236	0.1847	4476	4712	95
1.8315-1.8631	0.2121	231	0.1741	4549	4780	95
1.8631-1.897	0.2059	235	0.1686	4493	4728	94
1.897-1.9335	0.1641	231	0.1584	4401	4632	93
1.9335-1.973	0.1748	233	0.1539	4452	4685	93
1.973-2.0159	0.1958	226	0.1637	4262	4488	89
2.0159-2.0627	0.1922	241	0.158	4554	4795	95
2.0627-2.1143	0.1966	237	0.1556	4496	4733	95
2.1143-2.1715	0.1973	238	0.1526	4520	4758	95
2.1715-2.2354	0.1647	247	0.1403	4575	4822	95
2.2354-2.3075	0.159	235	0.1377	4489	4724	95
2.3075-2.39	0.1739	243	0.1383	4526	4769	94
2.39-2.4857	0.1743	226	0.1426	4405	4631	93
2.4857-2.5988	0.1702	228	0.143	4304	4532	89
2.5988-2.7358	0.1584	243	0.144	4484	4727	95
2.7358-2.9072	0.1762	235	0.1443	4534	4769	95
2.9072-3.1317	0.1833	233	0.142	4476	4709	94
3.1317-3.4467	0.1828	230	0.1454	4427	4657	93
3.4467-3.9453	0.1581	228	0.1436	4281	4509	90
3.9453-4.9698	0.1552	233	0.1223	4445	4678	93
4.9698-48.2427	0.1571	230	0.1409	4405	4635	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2623	-1.6137	-0.3246	5.8276	4.4594	5.0611	-0.1192	-0.075	-0.036	0.4284	0.1439	-0.0357	0.1889	-0.0502	-0.0336	0.1157	0.0081	0.0003	0.0934	0.0254	0.11	-36.4833	27.1939	-33.1228
2	1.0619	-0.2027	-0.2266	2.1741	0.522	0.4728	-0.05	0.0453	-0.1575	-0.0158	0.0602	0.3981	0.0612	-0.1034	-0.0095	0.0816	0.0035	-0.0104	0.12	0.0046	0.1689	-43.0261	18.1286	-38.5683
3	4.26	-1.4108	-3.1233	1.8987	1.5288	3.9975	-0.1583	-0.0531	-0.2657	0.0244	-0.0398	0.372	0.226	-0.0686	0.2146	0.1223	-0.0122	-0.0409	0.0932	0.0049	0.2179	-36.0463	-0.8195	-47.4016
4	2.5412	1.4817	1.3833	5.455	-1.6511	2.9519	0.0619	0.4152	-0.3356	-0.4648	-0.0148	-0.0661	0.158	0.274	-0.0504	0.0957	0.0306	-0.0517	0.1582	-0.055	0.1782	-34.4542	11.8916	-53.8896
5	0.7067	-0.5999	0.0434	0.9521	0.0021	0.6025	0.036	0.0265	-0.1372	-0.1265	-0.0547	0.2517	0.0873	-0.1112	0.0055	0.1071	-0.0159	-0.0311	0.1005	-0.0175	0.1449	-32.1474	5.2088	-49.8187
6	0.8727	-0.3057	-0.5409	1.0068	0.2745	1.0069	0.0314	0.0436	-0.0212	-0.1484	-0.063	0.2331	-0.0981	-0.1117	0.0166	0.1105	0.0093	-0.0406	0.1005	0.0025	0.1619	-39.8295	23.9952	-46.8212
7	1.9146	-1.059	-0.0099	1.1716	0.4344	1.3261	0.0986	-0.1231	0.1145	0.066	0.1102	0.3282	-0.187	-0.3136	-0.1716	0.0938	0.0088	0.0033	0.1227	-0.0016	0.2094	-41.2954	25.413	-35.558
8	1.5205	-0.2974	1.0215	1.7002	0.671	2.6288	-0.0103	-0.0147	0.1091	-0.0379	0.0261	0.2914	-0.2697	-0.079	-0.0236	0.1269	0.0313	0.0023	0.1107	0.007	0.1811	-44.8712	37.6912	-36.4818
9	1.5767	0.1276	-0.8049	0.5862	-0.1336	2.0578	-0.0012	0.0435	0.0209	0.0577	-0.0158	0.0236	-0.0761	-0.1216	0.0255	0.0883	0.0041	0.004	0.0794	-0.0039	0.0808	-23.3418	18.8495	-22.5556
10	4.9208	0.1322	-0.015	3.2066	1.7548	5.6184	-0.0183	0.1597	0.0278	-0.3921	0.0444	-0.2313	0.0704	0.1476	0.0085	0.1322	0.008	0.0344	0.1249	0.0306	0.0685	-6.837	6.8453	-49.7145
11	0.4341	0.024	-0.1892	0.7392	0.015	1.3513	0.0013	0.034	0.0157	-0.0138	0.0133	-0.0273	0.0084	0.0492	-0.0135	0.0848	0.0016	0.0157	0.1012	0.0053	0.1069	-11.3556	10.6203	-38.7043
12	0.8607	-0.052	0.5997	1.3375	1.9501	3.4961	-0.0136	-0.1145	-0.0288	0.1391	-0.0464	0.0604	0.2337	-0.0947	0.07	0.1042	0.0031	0.0254	0.0836	0.0307	0.0908	-18.4059	8.9965	-20.8882
13	1.0308	-0.4066	-0.4402	0.6264	0.2289	1.5207	-0.1131	-0.0585	-0.1175	0.0607	-0.0199	0.1029	0.1187	-0.1073	0.1026	0.1079	-0.0137	0.0177	0.1053	-0.0035	0.0968	-26.8403	15.8044	-13.5147
14	4.5709	1.6117	0.7957	3.1787	-1.7264	4.4436	-0.0086	-0.3453	0.0499	0.2698	-0.1559	-0.0235	-0.0343	-0.0997	0.1882	0.1619	0.0298	0.0444	0.1553	-0.0389	0.0823	-29.2559	17.4053	-3.2979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 238 through 260 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 261 through 297 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 298 through 334 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 335 through 354 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 355 through 436 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 437 through 476 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 477 through 510 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 511 through 569 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 236 through 297 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 298 through 314 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 315 through 436 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 437 through 476 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 477 through 551 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 552 through 569 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)