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万見
- PDB-4x1e: Crystal structure of unliganded E. coli transcriptional regulator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1e
タイトルCrystal structure of unliganded E. coli transcriptional regulator RutR, W167A mutant
要素HTH-type transcriptional regulator RutR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / TetR family member / arginine and pyrimidine biosynthesis / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator YcdC, C-terminal / Transcription regulator, pyrimidine utilisation, RutR / YcdC-like protein, C-terminal region / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...Transcription regulator YcdC, C-terminal / Transcription regulator, pyrimidine utilisation, RutR / YcdC-like protein, C-terminal region / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator RutR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nguyen Le Minh, P. / de Cima, S. / Bervoets, I. / Maes, D. / Rubio, V. / Charlier, D.
資金援助 ベルギー, スペイン, 6件
組織認可番号国
Research Foundation Flanders (FWO-Vlaanderen)G.0429.06 ベルギー
Research Council of the Vrije Universiteit Brussel (OZR-VUB) ベルギー
Vlaamse Gemeenschapscommissie ベルギー
Spanish GovernmentBFU2011-30407 スペイン
Valencian GovernmentPrometeo II/2014/029 スペイン
Instituto de Salud Carlos III-CIBERER スペイン
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2015
タイトル: Ligand binding specificity of RutR, a member of the TetR family of transcription regulators in Escherichia coli.
著者: Nguyen Le Minh, P. / de Cima, S. / Bervoets, I. / Maes, D. / Rubio, V. / Charlier, D.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator RutR
B: HTH-type transcriptional regulator RutR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2012
ポリマ－49,2012
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.420, 91.770, 97.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 211 / Label seq-ID: 21 - 211

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator RutR / Rut operon repressor


分子量: 24600.557 Da / 分子数: 2 / 変異: W167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: rutR, c1150 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACU3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % (w/v) methanol, 10 mM CaCl2 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→66.893 Å / Num. all: 17045 / Num. obs: 17045 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.087 / Net I/av σ(I): 6.333 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 61883
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.533.60.3322.1884824850.1890.3323.198.6
2.53-2.683.70.2762.5879923600.1520.276498.6
2.68-2.873.60.2083.2788521690.1170.2085.196
2.87-3.13.60.1524.2728020320.0850.1526.697.8
3.1-3.393.70.1076714419080.0570.1078.898.2
3.39-3.793.60.0837.7613716940.0460.08310.795.9
3.79-4.383.60.0639.6561115390.0350.06312.797.6
4.38-5.373.70.05810.5474312860.0320.05813.696.1
5.37-7.593.60.05511.3361210170.0310.05512.696.2
7.59-19.6983.30.04211.518245550.0240.04214.189.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.7 Å
Translation2.5 Å19.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.0.9データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LOC

3loc


解像度: 2.4→66.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2501 / WRfactor Rwork: 0.2002 / FOM work R set: 0.7703 / SU B: 21.792 / SU ML: 0.242 / SU R Cruickshank DPI: 0.4655 / SU Rfree: 0.2711 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 865 5.1 %RANDOM
Rwork0.1945 16147 --
obs0.1972 16147 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 264.55 Å2 / Biso mean: 58.072 Å2 / Biso min: 28.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→66.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3086 0 0 91 3177
Biso mean---48.56 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193160
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9784283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0337192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9935391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.56823.676136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34815555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.861521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7911.351567
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7881.3471566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7722.0151957
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11039 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 71 -
Rwork0.231 1184 -
all-1255 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.72620.3816-2.69454.99630.97136.08050.11480.46590.78-0.0364-0.0310.3056-0.2987-0.5711-0.08380.17780.01630.00310.06150.03210.57234.35527.417-20.472
24.45133.6798-3.357910.7529-6.07377.57070.2315-0.5149-0.186-0.2463-0.1928-0.61450.03030.5708-0.03870.0779-0.0272-0.01820.2326-0.05850.6615-0.9213.158-5.551
33.26451.94850.97554.48780.477812.6427-0.00340.43350.1516-0.4470.2215-0.1308-0.55470.8974-0.21810.0911-0.05720.02670.2586-0.03880.6848-5.10213.763-16.04
49.48562.8235-4.05318.3844-4.606910.4922-0.09010.0195-0.3823-0.3591-0.1923-0.6030.2490.54040.28240.09810.0472-0.05970.05-0.04990.6253-4.177-6.708-11.495
52.421-0.4768-0.19185.6180.40973.8006-0.033-0.34830.10820.16970.06170.0361-0.1517-0.1491-0.02870.0150.0002-0.00890.13-0.05270.609-15.6719.139-3.072
620.7172-3.048621.373632.6416-26.276939.7551.87911.73771.2477-6.4602-4.0339-2.70756.37814.26552.15481.97430.98540.83150.73790.53791.3462-23.38318.93-35.972
73.25690.7802-5.64551.284-2.110910.3262-0.71870.5417-0.3504-0.69230.86080.89161.4977-1.4467-0.1422.86230.7756-0.06821.45120.46291.2847-29.38423.029-43.223
81.61891.56621.271837.377-15.596924.17270.47270.54930.0819-0.2022-0.4022-0.7751-0.4969-0.1689-0.07050.24960.25280.05150.29410.02410.6653-29.06220.377-27.947
93.9651.4844-6.70055.4584-4.246815.6444-0.02330.1230.2233-0.0655-0.05330.5226-0.4077-0.7640.07660.09080.0139-0.09570.2590.09880.9132-33.231.542-9.716
102.1761-0.60440.16833.6126-0.66682.31660.1376-0.1009-0.0987-0.2956-0.10270.2681-0.0933-0.0165-0.03490.0452-0.001-0.07880.0447-0.01670.6443-21.9855.107-13.728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4A130 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5A161 - 211
6X-RAY DIFFRACTION6B15 - 43
7X-RAY DIFFRACTION7B44 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8B57 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9B77 - 96
10X-RAY DIFFRACTION10B97 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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