PDB-4x1c: Crystal structure of 4-OT from Pseudomonas putida mt-2 with an en...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x1c

タイトル

Crystal structure of 4-OT from Pseudomonas putida mt-2 with an enamine adduct on the N-terminal proline at 1.7 Angstrom resolution

要素

(2-hydroxymuconate tautomerase) x 2

キーワード

ISOMERASE / enamine formation

機能・相同性

機能・相同性情報

xylene catabolic process / 2-hydroxymuconate tautomerase / toluene catabolic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Thunnissen, A.M.W.H. / Poddar, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Evidence for the Formation of an Enamine Species during Aldol and Michael-type Addition Reactions Promiscuously Catalyzed by 4-Oxalocrotonate Tautomerase.
著者: Poddar, H. / Rahimi, M. / Geertsema, E.M. / Thunnissen, A.M. / Poelarends, G.J.

履歴

登録	2014年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x1c.cif.gz	190.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x1c.ent.gz	155.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x19SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x19-2 6ghw-1 5clo-3 6fps-1 4x19-4 5cln-5 4x19-5 1bjp-2 4x19-3 2ypd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-hydroxymuconate tautomerase

B: 2-hydroxymuconate tautomerase

C: 2-hydroxymuconate tautomerase

D: 2-hydroxymuconate tautomerase

E: 2-hydroxymuconate tautomerase

F: 2-hydroxymuconate tautomerase

G: 2-hydroxymuconate tautomerase

H: 2-hydroxymuconate tautomerase

I: 2-hydroxymuconate tautomerase

J: 2-hydroxymuconate tautomerase

K: 2-hydroxymuconate tautomerase

L: 2-hydroxymuconate tautomerase

M: 2-hydroxymuconate tautomerase

N: 2-hydroxymuconate tautomerase

O: 2-hydroxymuconate tautomerase

ヘテロ分子

103 kDa, 15 ポリマー
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1

A: 2-hydroxymuconate tautomerase

B: 2-hydroxymuconate tautomerase

C: 2-hydroxymuconate tautomerase

D: 2-hydroxymuconate tautomerase

E: 2-hydroxymuconate tautomerase

F: 2-hydroxymuconate tautomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 6 ポリマー
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2

G: 2-hydroxymuconate tautomerase

H: 2-hydroxymuconate tautomerase

I: 2-hydroxymuconate tautomerase

J: 2-hydroxymuconate tautomerase

K: 2-hydroxymuconate tautomerase

L: 2-hydroxymuconate tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 6 ポリマー
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3

M: 2-hydroxymuconate tautomerase

N: 2-hydroxymuconate tautomerase

O: 2-hydroxymuconate tautomerase

M: 2-hydroxymuconate tautomerase

N: 2-hydroxymuconate tautomerase

O: 2-hydroxymuconate tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.288, 85.129, 170.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.910, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	M-105- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J
11	1	chain K
12	1	chain L
13	1	chain M
14	1	chain N
15	1	chain O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	N80	N80	SER	SER	chain A	A	A	1 - 58	1 - 58
2	N80	N80	LEU	LEU	chain B	B	B	1 - 56	1 - 56
3	PRO	PRO	SER	SER	chain C	C	C	1 - 58	1 - 58
4	N80	N80	LYS	LYS	chain D	D	D	1 - 59	1 - 59
5	N80	N80	LYS	LYS	chain E	E	E	1 - 59	1 - 59
6	N80	N80	ALA	ALA	chain F	F	F	1 - 57	1 - 57
7	PRO	PRO	ARG	ARG	chain G	G	G	1 - 61	1 - 61
8	PRO	PRO	ARG	ARG	chain H	H	H	1 - 62	1 - 62
9	N80	N80	ALA	ALA	chain I	I	I	1 - 57	1 - 57
10	N80	N80	ALA	ALA	chain J	J	J	1 - 57	1 - 57
11	PRO	PRO	ALA	ALA	chain K	K	K	1 - 57	1 - 57
12	PRO	PRO	ALA	ALA	chain L	L	L	1 - 57	1 - 57
13	N80	N80	ALA	ALA	chain M	M	M	1 - 57	1 - 57
14	N80	N80	SER	SER	chain N	N	N	1 - 58	1 - 58
15	N80	N80	SER	SER	chain O	O	O	1 - 58	1 - 58

詳細

The biological unit is a hexamer. There are 2.5 hexamer or 15 chains in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT 分子量: 6847.876 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#2: タンパク質	2-hydroxymuconate tautomerase / 4-oxalocrotonate tautomerase / 4-OT 分子量: 6821.838 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xylH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01468, 2-hydroxymuconate tautomerase
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Hexaamine cobalt chloride, Bis-Tris Propane, 20% PEG3350, co-crystallised with Acetaldehyde

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.1 Å / Num. obs: 84590 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X19

4x19

解像度: 1.7→42.564 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2274	8149	5.05 %	Random selection
R_work	0.1958	153226	-	-
obs	0.1974	161375	94.37 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.45 Å² / B_iso mean: 45.2663 Å² / B_iso min: 15.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→42.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6641	0	14	305	6960
B_iso mean	-	-	55.4	43.98	-
残基数	-	-	-	-	871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6770
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	9107
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.079	2597

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	2	B	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	3	C	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	4	D	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	5	E	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	6	F	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	7	G	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	8	H	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	9	I	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	10	J	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	11	K	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	12	L	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	13	M	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	14	N	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL
1	15	O	5013	X-RAY DIFFRACTION	7.925	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6973-1.7166	0.3642	237	0.3566	4439	4676	83
1.7166-1.7368	0.3561	313	0.3269	5129	5442	95
1.7368-1.758	0.3065	280	0.3069	5114	5394	94
1.758-1.7802	0.3239	300	0.2942	4989	5289	94
1.7802-1.8036	0.3047	313	0.2848	5178	5491	95
1.8036-1.8284	0.2992	284	0.2745	5063	5347	94
1.8284-1.8545	0.2762	280	0.2589	5115	5395	95
1.8545-1.8822	0.2707	259	0.2501	5198	5457	94
1.8822-1.9116	0.2798	251	0.2388	4817	5068	91
1.9116-1.9429	0.2723	287	0.2296	5041	5328	92
1.9429-1.9764	0.2291	230	0.2177	5117	5347	95
1.9764-2.0123	0.241	273	0.2154	5164	5437	96
2.0123-2.051	0.269	247	0.2108	5232	5479	96
2.051-2.0929	0.2456	261	0.2103	5165	5426	96
2.0929-2.1384	0.2311	258	0.2012	5200	5458	95
2.1384-2.1882	0.2432	257	0.1993	5194	5451	95
2.1882-2.2429	0.2357	283	0.1987	5116	5399	95
2.2429-2.3035	0.2251	254	0.1985	5081	5335	92
2.3035-2.3713	0.2383	262	0.1909	4916	5178	93
2.3713-2.4478	0.2033	254	0.1874	5289	5543	96
2.4478-2.5353	0.2329	297	0.1976	5258	5555	96
2.5353-2.6368	0.2353	250	0.1938	5154	5404	96
2.6368-2.7568	0.2159	294	0.1936	5203	5497	97
2.7568-2.9021	0.206	251	0.1963	5246	5497	96
2.9021-3.0839	0.2713	255	0.2268	4926	5181	91
3.0839-3.3219	0.2377	259	0.1973	5329	5588	98
3.3219-3.656	0.2097	328	0.1855	5245	5573	97
3.656-4.1847	0.1659	287	0.1593	5210	5497	96
4.1847-5.2707	0.1957	273	0.1489	5029	5302	93
5.2707-42.5779	0.2481	272	0.2015	5069	5341	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4013	-1.7281	2.8203	8.9492	-2.4823	2.0116	-0.0726	0.333	0.0739	-0.0073	-0.0071	0.1241	-0.515	-0.0168	0.0106	0.1492	0.0192	0.0109	0.2193	-0.0076	0.2234	-4.956	-1.221	-29.2144
2	7.9953	-3.4543	7.8018	7.3571	-4.227	2.0923	0.8014	1.0778	-0.4624	-0.5928	-0.5069	-0.066	1.1352	1.2333	-0.3817	0.2471	0.133	0.003	0.3474	-0.0684	0.2823	2.8539	-10.3592	-29.0472
3	8.3768	-7.0058	3.7807	2.2209	-1.8659	5.0018	0.2811	0.2086	-0.3424	-0.1593	-0.3164	-0.0304	0.3148	0.2775	-0.1867	0.1787	-0.0272	-0.0512	0.1287	0.0052	0.3379	-4.2816	-6.7118	-24.8803
4	6.4432	3.9554	5.2036	2.0034	-2.9776	8.2313	-0.2008	1.1783	0.7791	-1.9141	-0.4809	-0.13	-1.3285	0.8782	0.7018	0.5126	-0.0472	-0.0255	0.3715	0.0729	0.249	-6.308	14.7777	-28.1577
5	8.2071	3.9327	3.975	6.3908	-0.3049	8.0325	-0.0533	-0.2798	-0.3295	-0.1988	0.0857	0.46	-0.2024	-0.6335	0.0074	0.1535	0.0397	0.0248	0.154	-0.0501	0.1652	-17.4888	7.7481	-22.3243
6	2.2437	3.0101	6.467	6.7006	1.1172	2.1461	-0.8083	0.0342	0.7004	-0.4647	0.1129	0.3809	-1.1936	-0.0191	0.7517	0.3144	0.0042	-0.0654	0.2545	-0.0015	0.3124	-11.6205	18.7954	-20.5713
7	9.0533	5.3679	4.6918	2.0101	1.063	6.2488	-0.6204	0.3953	0.027	-0.7714	0.5045	-0.8846	-0.737	0.8948	0.0088	0.3483	-0.1664	0.0165	0.3282	0.0421	0.3283	-0.5381	16.8821	-18.4559
8	7.8577	7.1157	1.2581	2.0658	0.2527	6.0143	-0.1591	0.0195	0.3367	-0.151	0.1323	0.5569	0.0112	-0.6172	0.0111	0.1704	0.0296	-0.0209	0.1916	0.0258	0.4526	-18.7579	3.442	-23.5402
9	2.0011	-4.0632	1.999	7.8624	-6.5489	2.0054	0.3644	-0.6372	0.2252	0.019	-0.0363	1.6383	0.3196	-2.1548	-0.2286	0.2338	-0.0535	0.056	0.7218	-0.0126	0.3748	-28.1122	-2.1962	-14.7925
10	2.0396	3.0688	3.4932	6.245	3.7825	9.3209	-0.0505	0.1799	-0.2484	0.1423	0.3387	-0.4409	0.0664	0.4456	-0.232	0.1592	0.0325	0.0158	0.1823	0.0034	0.2521	-5.5828	8.7313	-10.0593
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53	2.4878	0.2758	0.7855	8.8841	2.1569	3.2939	0.7452	-0.0392	-0.8202	0.1775	0.1618	-0.9449	1.1708	1.2843	-0.6733	0.5989	0.2495	-0.3042	0.4618	-0.0942	0.561	-33.2029	-6.6891	-80.41
54	6.6921	1.9426	2.6114	7.8458	2.6968	2.0434	-0.2518	-0.4208	0.0871	0.1882	0.3354	0.0142	-0.2769	-0.5555	-0.105	0.2661	0.04	0.0086	0.4364	0.0472	0.1572	-47.0372	6.2782	-74.1097
55	7.2484	1.7076	4.482	3.7661	2.1606	6.4947	-0.2186	-1.2217	0.1057	0.4508	0.2121	0.4005	-0.6345	-2.0328	-0.0281	0.212	0.1128	0.0391	1.2989	0.0622	0.3908	-58.4021	6.212	-72.0609
56	2.0479	2.0262	1.1232	3.8312	0.2331	4.2953	0.164	-1.0865	-0.0802	0.0146	-0.0813	0.3256	0.1319	-1.1918	-0.0993	0.2872	-0.0737	-0.0493	0.6809	0.0696	0.3053	-51.9258	1.8865	-76.0556
57	2.006	0.1255	4.5006	2.0023	-1.7741	2.0034	-0.4496	-0.2535	1.9688	0.5493	-0.1748	-0.7784	-2.2873	1.379	0.4875	0.6328	-0.1603	-0.0951	0.4944	0.0298	0.5854	-36.0798	15.8019	-79.8368
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60	8.1939	-4.6699	-1.3899	7.4565	3.3591	2.0084	0.1793	-0.7338	-0.4755	0.6319	0.4842	-0.0394	1.5821	-0.5152	-0.7518	0.5313	0.0036	-0.1608	0.4733	0.043	0.314	-43.9569	-5.8802	-73.7741
61	7.9878	0.2809	-3.1384	2.8111	0.5548	2.0022	-0.312	-1.5903	-0.4986	1.8234	0.4499	0.815	0.8403	-1.6263	-0.1178	0.6568	-0.1633	0.0562	1.4442	0.2574	0.5166	-56.7016	-3.4083	-69.3038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 12 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 31 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 49 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 58 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 12 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 13 through 31 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 39 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 40 through 49 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 56 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 12 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 13 through 31 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 32 through 58 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 2 through 12 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 13 through 31 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 32 through 49 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 50 through 59 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 2 through 12 )	E
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 13 through 31 )	E
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 32 through 49 )	E
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 50 through 59 )	E
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 2 through 12 )	F
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 13 through 31 )	F
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 32 through 39 )	F
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 40 through 49 )	F
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 50 through 57 )	F
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 1 through 12 )	G
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 13 through 31 )	G
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 32 through 45 )	G
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid 46 through 61 )	G
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'H' and (resid 1 through 12 )	H
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'H' and (resid 13 through 31 )	H
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'H' and (resid 32 through 38 )	H
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 39 through 45 )	H
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 46 through 56 )	H
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 57 through 62 )	H
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'I' and (resid 2 through 12 )	I
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 13 through 30 )	I
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 31 through 49 )	I
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 50 through 60 )	I
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'J' and (resid 2 through 12 )	J
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'J' and (resid 13 through 31 )	J
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'J' and (resid 32 through 57 )	J
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'K' and (resid 1 through 12 )	K
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 13 through 30 )	K
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 31 through 49 )	K
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'K' and (resid 50 through 57 )	K
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'L' and (resid 1 through 12 )	L
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'L' and (resid 13 through 31 )	L
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resid 32 through 57 )	L
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'M' and (resid 2 through 12 )	M
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'M' and (resid 13 through 30 )	M
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'M' and (resid 40 through 57 )	M
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'N' and (resid 2 through 12 )	N
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'N' and (resid 13 through 31 )	N
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'N' and (resid 32 through 49 )	N
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'N' and (resid 50 through 58 )	N
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'O' and (resid 2 through 12 )	O
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'O' and (resid 13 through 39 )	O
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'O' and (resid 40 through 49 )	O
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'O' and (resid 50 through 58 )	O

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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