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- PDB-4x17: JC Mad-1 polyomavirus VP1 in complex with GD1b oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x17
タイトルJC Mad-1 polyomavirus VP1 in complex with GD1b oligosaccharide
要素Major capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly-roll / viral major capsid protein / glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: The Greater Affinity of JC Polyomavirus Capsid for alpha 2,6-Linked Lactoseries Tetrasaccharide c than for Other Sialylated Glycans Is a Major Determinant of Infectivity.
著者: Stroh, L.J. / Maginnis, M.S. / Blaum, B.S. / Nelson, C.D. / Neu, U. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Motamedi, N. / DiMaio, D. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein VP1
B: Major capsid protein VP1
C: Major capsid protein VP1
D: Major capsid protein VP1
E: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,96834
ポリマ－150,3795
非ポリマー3,58929
水20,9511163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31740 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area43900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.740, 95.390, 128.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALAA26 - 299 - 12
21VALVALVALVALBB26 - 299 - 12
31VALVALVALVALCC26 - 299 - 12
41VALVALVALVALDD26 - 299 - 12
51VALVALVALVALEE26 - 299 - 12
12THRTHRASPASPAA31 - 5114 - 34
22THRTHRASPASPBB31 - 5114 - 34
32THRTHRASPASPCC31 - 5114 - 34
42THRTHRASPASPDD31 - 5114 - 34
52THRTHRASPASPEE31 - 5114 - 34
13HISHISPHEPHEAA53 - 5736 - 40
23HISHISPHEPHEBB53 - 5736 - 40
33HISHISPHEPHECC53 - 5736 - 40
43HISHISPHEPHEDD53 - 5736 - 40
53HISHISPHEPHEEE53 - 5736 - 40
14PROPROILEILEAA78 - 8561 - 68
24PROPROILEILEBB78 - 8561 - 68
34PROPROILEILECC78 - 8561 - 68
44PROPROILEILEDD78 - 8561 - 68
54PROPROILEILEEE78 - 8561 - 68
15METMETSERSERAA101 - 12284 - 105
25METMETSERSERBB101 - 12284 - 105
35METMETSERSERCC101 - 12284 - 105
45METMETSERSERDD101 - 12284 - 105
55METMETSERSEREE101 - 12284 - 105
16GLYGLYTHRTHRAA124 - 162107 - 145
26GLYGLYTHRTHRBB124 - 162107 - 145
36GLYGLYTHRTHRCC124 - 162107 - 145
46GLYGLYTHRTHRDD124 - 162107 - 145
56GLYGLYTHRTHREE124 - 162107 - 145
17ASNASNTHRTHRAA173 - 175156 - 158
27ASNASNTHRTHRBB173 - 175156 - 158
37ASNASNTHRTHRCC173 - 175156 - 158
47ASNASNTHRTHRDD173 - 175156 - 158
57ASNASNTHRTHREE173 - 175156 - 158
18GLNGLNLEULEUAA177 - 189160 - 172
28GLNGLNLEULEUBB177 - 189160 - 172
38GLNGLNLEULEUCC177 - 189160 - 172
48GLNGLNLEULEUDD177 - 189160 - 172
58GLNGLNLEULEUEE177 - 189160 - 172
19ALAALATHRTHRAA194 - 205177 - 188
29ALAALATHRTHRBB194 - 205177 - 188
39ALAALATHRTHRCC194 - 205177 - 188
49ALAALATHRTHRDD194 - 205177 - 188
59ALAALATHRTHREE194 - 205177 - 188
110LEULEUTHRTHRAA251 - 263234 - 246
210LEULEUTHRTHRBB251 - 263234 - 246
310LEULEUTHRTHRCC251 - 263234 - 246
410LEULEUTHRTHRDD251 - 263234 - 246
510LEULEUTHRTHREE251 - 263234 - 246
111SERSERVALVALAA266 - 280249 - 263
211SERSERVALVALBB266 - 280249 - 263
311SERSERVALVALCC266 - 280249 - 263
411SERSERVALVALDD266 - 280249 - 263
511SERSERVALVALEE266 - 280249 - 263
112ASNASNASPASPAA207 - 238190 - 221
212ASNASNASPASPBB207 - 238190 - 221
312ASNASNASPASPCC207 - 238190 - 221
412ASNASNASPASPDD207 - 238190 - 221
512ASNASNASPASPEE207 - 238190 - 221
113GLYGLYPROPROAA167 - 171150 - 154
213GLYGLYPROPROBB167 - 171150 - 154
313GLYGLYPROPROCC167 - 171150 - 154
413GLYGLYPROPRODD167 - 171150 - 154
513GLYGLYPROPROEE167 - 171150 - 154
114PHEPHEASPASPAA240 - 249223 - 232
214PHEPHEASPASPBB240 - 249223 - 232
314PHEPHEASPASPCC240 - 249223 - 232
414PHEPHEASPASPDD240 - 249223 - 232
514PHEPHEASPASPEE240 - 249223 - 232
115LEULEUVALVALAA282 - 287265 - 270
215LEULEUVALVALBB282 - 287265 - 270
315LEULEUVALVALCC282 - 287265 - 270
415LEULEUVALVALDD282 - 287265 - 270
515LEULEUVALVALEE282 - 287265 - 270

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.440374, 0.852862, 0.280529), (-0.857054, 0.306256, 0.414326), (0.267449, -0.422887, 0.865816)11.37457, 20.04656, -5.60428
3given(-0.450699, 0.512611, 0.730821), (-0.528674, -0.812945, 0.24418), (0.719287, -0.276315, 0.637398)31.46804, 14.13583, -15.58798
4given(-0.441742, -0.534776, 0.720332), (0.518263, -0.807506, -0.28167), (0.732303, 0.248896, 0.633864)32.44124, -9.09132, -16.53409
5given(0.451564, -0.850837, 0.268637), (0.845839, 0.312389, -0.4324), (0.283982, 0.42248, 0.860735)13.07301, -17.7489, -6.7847

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1


分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 600.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1/a8-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1189分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 170305 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0025精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXD

3nxd


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.913 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18149 8546 5 %RANDOM
Rwork0.15988 ---
obs0.16097 161759 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9948 0 235 1163 11346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0210591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.97214429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.749322689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38151348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00624.421475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43151684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0331559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022413
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5831.0395206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5821.0385205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9771.5536508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9771.5536509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8741.235385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8711.235385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3861.7827886
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.80810.16312545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.80810.16312545
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2989 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.240.5
Bmedium positional0.170.5
Cmedium positional0.170.5
Dmedium positional0.170.5
Emedium positional0.190.5
Amedium thermal0.632
Bmedium thermal0.612
Cmedium thermal0.622
Dmedium thermal0.642
Emedium thermal0.672
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 601 -
Rwork0.269 11479 -
obs--96.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2151-0.93354.17550.4845-1.13717.4986-0.05190.08890.1190.0835-0.0313-0.1387-0.23590.29070.08310.0648-0.0525-0.04420.09220.06140.115263.623314.434624.7261
20.6989-0.28330.1320.8940.00080.6951-0.01910.14180.0477-0.0202-0.0078-0.0608-0.01430.08870.02690.0119-0.0246-0.01430.06920.03410.02657.34616.080918.4334
33.38980.25623.44670.23350.47945.1444-0.1932-0.250.2710.08990.0277-0.0812-0.4509-0.15670.16560.15420.0199-0.06880.06210.00620.141534.4329.924936.6501
40.9871-0.0772-0.12380.2478-0.16610.9798-0.04760.00810.13810.0211-0.0058-0.0648-0.13910.01660.05340.0482-0.0084-0.04090.01440.0260.083338.779924.801328.0996
50.87860.11620.79540.93930.2362.04510.0286-0.18790.06290.16520.00790.0228-0.0482-0.3179-0.03650.04490.0198-0.0080.0866-0.00490.072212.87876.679642.0861
60.5960.00480.22221.0237-0.15590.5584-0.0123-0.02210.06760.07710.0152-0.0265-0.0816-0.0961-0.00290.0190.0178-0.00590.0374-0.00090.025817.432210.230839.5278
71.2097-0.12631.69822.14272.718916.0572-0.0307-0.116-0.08480.17620.0549-0.01360.33770.4012-0.02420.0642-0.038-0.01020.09680.03830.103235.3882-25.105656.1795
81.0493-0.32660.01830.47860.04670.6610.0108-0.0212-0.0685-0.00380.02220.08040.066-0.0748-0.03310.0182-0.0115-0.01930.01570.00760.040822.4866-17.495235.0508
92.6137-0.5392.1781.6553-3.658715.7352-0.0475-0.0163-0.03970.128-0.1088-0.12620.06730.49080.15630.07610.043-0.0340.0514-0.02260.074964.3352-20.77440.6228
100.83110.18070.15860.7003-0.18810.94540.01870.0739-0.063-0.0481-0.01330.03860.08380.0586-0.00540.01490.0131-0.00990.0169-0.01410.016347.707-19.539522.5958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3B24 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4B60 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5C25 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6C68 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7D24 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8D43 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9E24 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10E44 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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