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- PDB-4wz7: Crystal structure of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wz7
タイトルCrystal structure of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase from Yarrowia lipolytica.
要素
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 6
  • (unknown subunits ...) x 2
  • (unknown subunits) x 31
  • 39-kDa subunit
  • NADH dehydrogenase subunit 2
  • NUAM protein
  • NUBM protein
  • NUCM protein
  • NUGM protein
  • Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex I / respiratory chain / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane ...NADH dehydrogenase / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / mitochondrial membrane / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wirth, C. / Zickermann, V. / Brandt, U. / Hunte, C.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Excellence Initiative of the German Federal and State GovernmentsEXC 294 BIOSS ドイツ
German Research FoundationCRC 746 ドイツ
German Research FoundationZI 552/3-1 ドイツ
Excellence Initiative of the German Federal and State GovernmentsEXC 115 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Mechanistic insight from the crystal structure of mitochondrial complex I.
著者: Zickermann, V. / Wirth, C. / Nasiri, H. / Siegmund, K. / Schwalbe, H. / Hunte, C. / Brandt, U.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
2: NADH dehydrogenase subunit 2
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
A: NUAM protein
B: NUBM protein
C: NUCM protein
E: 39-kDa subunit
G: NUGM protein
H: Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
I: Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
K: Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
Z: unknown subunits 1
D: unknown subunits 1
F: unknown subunits 2
J: unknown subunits
M: unknown subunits
N: unknown subunits
O: unknown subunits
P: unknown subunits
Q: unknown subunits
R: unknown subunits
S: unknown subunits
T: unknown subunits
U: unknown subunits
V: unknown subunits
W: unknown subunits
X: unknown subunits
Y: unknown subunits
AA: unknown subunits
AB: unknown subunits
AC: unknown subunits
AD: unknown subunits
AE: unknown subunits
AF: unknown subunits
AG: unknown subunits
AH: unknown subunits
AI: unknown subunits
AJ: unknown subunits
AK: unknown subunits
AL: unknown subunits
AM: unknown subunits
AN: unknown subunits
AO: unknown subunits
AP: unknown subunits
AQ: unknown subunits
AR: unknown subunits
AS: unknown subunits
AT: unknown subunits
AU: unknown subunits
AV: unknown subunits
AW: unknown subunits
AX: unknown subunits
AY: unknown subunits
AZ: unknown subunits
BA: unknown subunits
BB: unknown subunits
BC: unknown subunits
BD: unknown subunits
BE: unknown subunits
BF: unknown subunits
BG: unknown subunits
BH: unknown subunits
BI: unknown subunits
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)656,10075
ポリマ－653,63867
非ポリマー2,4618
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)317.740, 317.740, 818.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 6種, 6分子 13456L

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / Subunit ND1


分子量: 33594.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#3: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / subunit ND3


分子量: 9394.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#4: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Subunit ND4


分子量: 46077.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Subunit ND5


分子量: 61819.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase subunit 6 / Subunit ND6


分子量: 20765.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6E9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#15: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L / subunit ND4L


分子量: 9815.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: Q9B6D4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
タンパク質 , 16種, 17分子 2ABCEGHIKJOQSAKANAUBI

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2 / Subunit ND2


分子量: 46159.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#7: タンパク質 NUAM protein


分子量: 54072.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NUBM protein


分子量: 33143.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#9: タンパク質 NUCM protein


分子量: 49820.746 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 23-466 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH dehydrogenase
#10: タンパク質 39-kDa subunit


分子量: 16613.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#11: タンパク質 NUGM protein


分子量: 13437.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 Subunit NUHM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 13290.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 Subunit NUIM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 13360.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 Subunit NUKM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I) / PSST subunit


分子量: 20446.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: Q9UUT7, NADH dehydrogenase
#18: タンパク質 unknown subunits


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#21: タンパク質 unknown subunits


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#23: タンパク質 unknown subunits


分子量: 4358.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#25: タンパク質 unknown subunits


分子量: 5890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#38: タンパク質 unknown subunits


分子量: 6485.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#43: タンパク質 unknown subunits


分子量: 4954.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#48: タンパク質 unknown subunits


分子量: 77037.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
Unknown subunits ... , 2種, 3分子 ZDF

#16: タンパク質 unknown subunits 1


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#17: タンパク質 unknown subunits 2


分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質・ペプチド , 24種, 41分子 MNPRTAHUVWABAYBEXAJAVBHYARATAAAWBBBGACADAEAFAGAIAL...

#19: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#20: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 4273.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#22: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#24: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#26: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#27: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#28: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#29: タンパク質・ペプチド
unknown subunits


分子量: 783.958 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質・ペプチド
unknown subunits


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#31: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#32: タンパク質・ペプチド
unknown subunits


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#33: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#34: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#35: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2996.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#36: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#37: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#39: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#40: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#41: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 954.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#42: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#44: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#45: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 3422.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#46: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#47: タンパク質・ペプチド unknown subunits


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#49: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#50: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: PEG 3350, calcium acetate, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 5 K / Ambient temp details: Helium Cooling
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 183009 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 50.6 % / Biso Wilson estimate: 82.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.518 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 32.6 % / Rmerge(I) obs: 5.94 / Num. unique all: 8970 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.787 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7687 / SU R Cruickshank DPI: 1.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.592 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.617
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3414 2183 1.41 %RANDOM
Rwork0.3164 ---
obs0.3168 154737 84.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 109.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4745 Å20 Å20 Å2
2---1.4745 Å20 Å2
3---2.9489 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35119 0 56 0 35175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01135419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.548898HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9208SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes235HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6041HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it35419HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion26.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance30HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact41160SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 13 1.25 %
Rwork0.176 1026 -
all0.176 1039 -
obs--84.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.189-0.3948-0.55830.80050.38893.66070.0124-0.04980.06970.02160.0027-0.0472-0.05020.0509-0.0151-0.08540.09860.0577-0.05950.077-0.2349-7.1244130.0398-116.533
22.4675-0.62570.60851.4630.06210.69970.0046-0.0115-0.02510.17240.02270.00040.03310.0745-0.02740.0856-0.1275-0.2965-0.73880.0524-0.149946.303439.8152-97.778
34.98920.8584-0.3451-0.67191.07940.7265-0.0106-0.20320.190.1903-0.0101-0.1073-0.02920.0060.02070.813-0.1309-0.10570.2244-0.02380.302-2.9345131.382717.8553
4-0.74010.32-1.09431.2155-1.26242.2528-0.0281-0.2269-0.12850.28720.0230.3940.0367-0.09350.00510.1553-0.06770.0109-0.11440.00580.0229.661720.572-88.1536
50.7635-0.68230.37992.6604-0.34080.52640.0518-0.0122-0.06820.02590.0324-0.51570.23130.3208-0.08420.18050.0595-0.326-0.1640.02460.117677.928125.6762-95.5825
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7-0.02512.95050.14097.2359-2.01051.7833-0.0358-0.0351-0.12970.10160.0284-0.02650.00050.01940.00740.1756-0.04060.18550.01030.03590.0803-25.569973.0173-20.8902
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142.9833-1.59480.134-0.4417-0.356200.0195-0.0012-0.0129-0.0294-0.01030.0003-0.0180.0309-0.00920.02180.0867-0.03940.1288-0.04870.076102.311113.2573-125.383
151.26240.4912-2.03040.9216-0.329200.0588-0.0906-0.01560.0346-0.08880.04170.0705-0.13210.03-0.00920.0202-0.0103-0.09010.0054-0.1325-6.4759115.6641-110.208
16-0.26571.54413.70439.2638-1.26877.953-0.02090.0074-0.05540.0403-0.0097-0.01180.0590.00270.03060.4934-0.1281-0.02850.0574-0.00290.0542-11.93993.0823-22.5326
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19-0.0019-0.1030.18820.36370.92080.5503-0.0170.1879-0.0214-0.10660.0248-0.05110.01290.0171-0.00780.0566-0.0621-0.1415-0.18990.0283-0.102253.89049.134-114.244
20-0.74282.03790.79964.27743.34424.32970.047-0.23040.07330.2591-0.0853-0.1287-0.1947-0.01640.03830.4499-0.13140.11340.1735-0.05690.1259-19.1217132.8993-32.0995
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22-0.24370.69541.88420.8842-1.951800.0224-0.0538-0.03450.0179-0.0110.0250.0077-0.0027-0.0113-0.0487-0.0733-0.0501-0.19570.1236-0.13218.30850.0459-99.3329
230.60910.8156-0.66470.7387-1.76380-0.01880.0049-0.05060.00560.01750.04180.00170.01930.0013-0.1062-0.10650.0342-0.1719-0.0696-0.204-9.486672.9988-105.388
242.15380.4672-1.4021.9530.63441.183-0.0358-0.14120.15790.2785-0.0319-0.0257-0.1604-0.20660.06770.171-0.09610.0911-0.30670.0148-0.2355-8.4742119.568-77.4085
251.59151.92780.93027.70462.84416.36330.03110.06620.0179-0.0469-0.0646-0.08060.0241-0.00880.03350.4484-0.12990.0143-0.04860.05550.0448-3.0997131.6418-44.7085
262.0477-0.5919-0.09561.81240.07360.16180.00420.00120.09450.08040.093-0.27020.0007-0.4663-0.0973-0.0833-0.3327-0.1869-0.76430.1302-0.179619.375573.9158-93.5671
271.77890.32251.09761.5005-0.49070-0.0392-0.13870.01820.16090.0335-0.11210.12820.04330.0056-0.0032-0.08210.008-0.37660.1762-0.19917.792799.0174-85.8987
280.09520.0481-0.0910.0240.11510.53670.0135-0.0034-0.06440.0625-0.0336-0.1337-0.0293-0.03420.02010.1332-0.0472-0.0923-0.02110.02860.016854.337339.2526-61.0715
290.21660.09291.12072.9217-1.90060-0.0081-0.02810.06710.033-0.00190.00080.0153-0.02930.010.0317-0.0684-0.1309-0.12450.0557-0.003551.152185.6128-95.3964
300.6876-0.2595-0.0196-0.5179-1.07650-0.00560.0223-0.018-0.00450.0175-0.0451-0.0304-0.007-0.0119-0.0359-0.02660.0315-0.12640.03-0.072824.9377107.4206-122.261
311.2659-0.4130.6404-0.0121-0.33033.7523-0.0159-0.13090.23050.09060.0321-0.1592-0.1560.0701-0.01620.042-0.02640.0518-0.16980.1292-0.1584-0.0569105.7899-83.4659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ P|700 - P|747 U|1300 - U|1325 V|1400 - V|1421 W|1500 - W|1508 X|1600 -X|1615 Y|1700 - Y|1712 AA|1800 - AA|1817 AB|1900 - AB|1908 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ 4|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ AN|3100 - AN|3175 AO|3200 - AO|3231 AP|3300 - AP|3310 AQ|3400 - AQ|3407 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ 5|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ BC|4600 - BC|4619 BD|4700 - BD|4718 BE|4800 - BE|4808 BF|4900 - BF|4918 BG|5000 - BG|5017 BH|5110 - BH|5115 BI|5200 - BI|5208 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ 6|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ AT|3700 - AT|3712 AU|3800 - AU|3857 AV|3900 - AV|3915 AW|4000 - AW|4017 AX|4100 - AX|4138 AY|4200 - AY|4208 AZ|4330 - AZ|4339 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ AK|2800 - AK|2875 AL2900 - AL|2935 AM|3000 - AM|3016 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ E|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ AC|2000 - AC|2046 AF|2300 - AF|2334 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ AI|2600 - AI|2635 AJ|2700 - AJ|2715 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ O|600 - O|669 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ G|* }
17X-RAY DIFFRACTION17{ Q|900 - Q|950 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ H|* }
19X-RAY DIFFRACTION19{ M|401 - M|429 N|500 - N|549 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ I|* }
21X-RAY DIFFRACTION21{ R|1000 - R|1029 S|1100 - S|1168 T|1200 - T|1214 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ J|301 - J|363 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|100 - D|156Z F|200 - F|253 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ 1|* }
25X-RAY DIFFRACTION25{ K|* }
26X-RAY DIFFRACTION26{ 2|* }
27X-RAY DIFFRACTION27{ L|* }
28X-RAY DIFFRACTION28{ AG|2400 - AG|2424 AH|2500 - AH|2514 AR|3500 - AR|3512 AS|3600 - AS|3610 BA|4400 - BA|4407 BB|4500 - BB|4517 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ AD|2100 - AD|2146 AE|2200 - AE|2247 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ Z|1 - Z|57 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ 3|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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