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万見
- PDB-4wyi: The crystal structure of Arabidopsis thaliana galactolipid syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wyi
タイトルThe crystal structure of Arabidopsis thaliana galactolipid synthase, MGD1 (apo-form)
要素Monogalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / monogalactosyldiacylglycerol synthase / GT-B fold / Glycosyltransferase / Galactolipid
機能・相同性
機能・相同性情報


monogalactosyldiacylglycerol synthase / 1,2-diacylglycerol 3-beta-galactosyltransferase activity / chloroplast inner membrane / thylakoid membrane organization / UDP-galactosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / embryo development ending in seed dormancy / chloroplast envelope / plastid / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol glucosyltransferase, N-terminal / Monogalactosyldiacylglycerol (MGDG) synthase / Glycosyl transferase, family 28, C-terminal / Glycosyltransferase family 28 C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Monogalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rocha, J. / Breton, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2016
タイトル: Structural insights and membrane binding properties of MGD1, the major galactolipid synthase in plants.
著者: Rocha, J. / Sarkis, J. / Thomas, A. / Pitou, L. / Radzimanowski, J. / Audry, M. / Chazalet, V. / de Sanctis, D. / Palcic, M.M. / Block, M.A. / Girard-Egrot, A. / Marechal, E. / Breton, C.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monogalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3341
ポリマ－45,3341
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.610, 65.619, 80.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Monogalactosyldiacylglycerol synthase 1, chloroplastic / AtMGD1 / MGDG synthase type A


分子量: 45333.730 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-533 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MGD1, MGDA, At4g31780, F28M20.30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O81770, monogalactosyldiacylglycerol synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium chloride, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9811 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.53 Å / Num. obs: 11358 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 41.51 Å2 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→32.81 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.9 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 983 4.78 %random selection
Rwork0.1806 ---
obs0.1815 11314 97.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2589 0 0 36 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0232636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4133554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0771010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5003-2.6320.32261350.25682821X-RAY DIFFRACTION98
2.632-2.79690.22421460.23952828X-RAY DIFFRACTION98
2.7969-3.01270.24791340.21672788X-RAY DIFFRACTION98
3.0127-3.31560.22851490.20112825X-RAY DIFFRACTION98
3.3156-3.79470.17371410.16722788X-RAY DIFFRACTION97
3.7947-4.77860.17141170.13982789X-RAY DIFFRACTION96
4.7786-32.81230.18121610.17152750X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3154-0.46490.05272.1852-0.8082.51950.00040.1739-0.1182-0.0426-0.08080.11280.0956-0.27480.03310.2392-0.02470.04170.2223-0.01740.2039-2.109516.336930.3153
21.85050.0574-0.27251.82870.25942.33980.02620.0641-0.0802-0.006-0.07150.00650.0123-0.07590.0370.1655-0.0116-0.00810.1980.02310.190313.613419.05783.5762
32.63531.4241-2.7232.2169-2.07574.66180.2601-0.4351-0.06410.2626-0.22870.0708-0.1630.52160.03960.26030.0118-0.06370.2468-0.00470.273214.621819.91626.8472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 140 through 333 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 334 through 489 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 490 through 523 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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