PDB-4wxo: SadC (300-487) from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wxo

タイトル

SadC (300-487) from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

Uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / GGDEF domain / DGC activity

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of single-species biofilm formation / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.805 Å

データ登録者

Liu, C. / Liu, S. / Gu, L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SadC (300-487) from Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Liu, C. / Liu, S. / Gu, L.

履歴

登録	2014年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wxo.cif.gz	234.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wxo.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wxo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wxo_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wxo_full_validation.pdf.gz	473.3 KB	表示
XML形式データ	4wxo_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	4wxo_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wxwS 4wxm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a3a-d 6a3e-d 1y7v-3 5dh9-d 4wvf-d 5dif-d 5uwo-d 3gxf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

72.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.419, 116.449, 88.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / SadC 分子量: 24110.160 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 300-487 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA4332 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HW69
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1.5 M NH4SO4, 12% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18174 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 46.74
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 7.99 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
SCALEPACK		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WXW

4wxw

解像度: 2.805→39.463 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2544	933	5.14 %	Random selection
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.2027	18161	98.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.805→39.463 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4332	0	0	13	4345

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	5967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.43	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8048-2.9526	0.3541	130	0.2427	2343	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9526-3.1375	0.2804	129	0.2309	2457	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1375-3.3796	0.2531	143	0.2043	2477	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3796-3.7195	0.2492	129	0.1987	2481	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7195-4.2572	0.2361	131	0.1873	2456	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2572-5.3615	0.2363	134	0.1831	2512	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3615-39.467	0.2583	137	0.2049	2502	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3664	0.073	-0.0481	0.0778	0.0915	0.2033	-0.0926	-0.0065	-0.2031	0.2018	-0.3132	0.2817	0.184	-0.4338	-0.0145	0.6965	0.0178	-0.0328	0.5159	-0.0257	0.4412	-21.5976	-10.1431	46.0889
2	0.1929	-0.0476	0.0672	0.6175	-0.6742	0.5582	0.1011	-0.0658	0.3221	-0.3439	-0.1582	0.0391	0.1018	-0.0378	0.031	0.4692	0.0038	-0.062	0.408	0.118	0.4069	-19.2756	-2.2913	18.6649
3	0.4058	-0.1777	0.4005	1.0994	-0.422	0.9603	0.2003	0.1552	-0.0171	-0.6482	-0.3393	-0.1175	0.5501	0.353	-1.8663	0.6742	0.2182	0.0309	0.4876	0.132	0.4048	-18.1023	-3.8653	9.6809
4	3.7411	-3.331	-1.52	3.2543	1.5484	0.7377	0.2722	0.3724	-1.3871	-0.466	0.0951	1.4951	1.076	-1.6051	-0.089	1.8557	0.2729	-0.2149	1.0029	0.2143	0.616	-31.1578	-9.9007	1.3587
5	3.0805	-0.5282	2.4372	2.4466	1.0033	3.0319	0.0064	0.6863	1.0342	0.2573	0.0747	-0.6903	-0.5665	0.3805	-0.026	0.5767	-0.0015	0.0493	0.4234	0.1102	0.6649	-13.3545	8.4775	16.2613
6	0.2593	-0.1085	0.108	0.0038	-0.0248	0.6559	0.2537	-0.2513	1.0042	0.3653	-0.829	-0.2514	-0.8013	-0.9599	-0.0138	0.7868	0.0902	-0.0542	0.5128	0.0709	0.4805	-22.0239	11.0022	16.026
7	0.2855	-0.0806	-0.4039	0.0622	0.1043	0.6048	0.2003	0.4006	0.1936	-0.0448	-0.4688	-1.0431	-0.6023	0.4838	0.7786	0.5317	-0.004	-0.0574	0.441	0.2075	0.6882	-20.3976	10.391	7.2754
8	0.0103	-0.3989	0.1187	1.609	1.2618	1.0545	-0.1194	-0.0172	-0.0925	0.0091	-0.0954	0.0637	0.2048	-0.1272	-0.0136	0.3881	-0.0494	0.0086	0.3312	-0.025	0.3097	-16.235	-35.2217	19.781
9	1.2125	0.4428	-0.4699	2.7211	-0.1667	3.0997	-0.8744	-0.1858	-0.5814	-0.5591	-0.1045	-0.5145	0.9647	0.1839	-1.3309	0.314	-0.429	-0.218	0.4726	-0.5412	-0.1078	-19.9868	-44.2071	10.4362
10	0.9584	-0.3565	-1.5363	0.1821	0.5321	2.434	0.3341	0.105	0.1091	0.7789	-0.1781	-0.3857	-0.4766	-0.0674	0.1021	0.4999	-0.0504	-0.0594	0.4494	-0.0359	0.4221	-7.2325	-19.9167	50.5643
11	0.185	-0.1971	0.2288	0.3651	-0.4209	0.6814	-0.3965	-0.4227	-0.9041	0.2416	-0.1492	-1.6453	-0.1405	1.2573	-0.1983	0.5893	-0.0894	0.1962	0.8508	0.1512	1.1184	10.2662	-18.2825	27.6276
12	0.1344	0.0652	-0.2737	0.5788	0.0739	0.3404	-0.0545	0.0414	-0.1615	-0.5449	0.1263	-1.3676	0.1078	0.6075	0.0079	0.962	-0.1463	0.3116	0.9428	0.0785	0.8963	12.2609	-16.03	19.3058
13	1.1403	-0.1798	1.8412	0.1287	-0.0878	3.0008	-0.9851	0.2127	-0.3888	-0.0408	-0.572	-0.7144	-0.5743	1.1262	-0.8761	0.678	0.363	0.9287	1.0173	0.2728	1.6631	16.7733	-15.1661	20.913
14	0.0011	0.0044	0.0026	0.0119	0.0623	0.2191	0.111	-0.0844	0.0665	0.1224	0.43	-0.3536	-0.2543	0.1717	0.0024	0.7409	0.2001	0.1583	1.8571	0.4434	1.8744	23.3344	-22.1372	29.8983
15	0.1295	-0.0787	0.2599	0.7165	-0.1444	0.5609	0.2617	0.6223	-0.6511	0.0312	0.1749	-0.1931	0.7475	0.3254	0.0394	1.1086	0.0431	0.6193	1.5862	0.0336	1.9702	26.0314	-20.7258	21.4682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 302 through 322 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 323 through 372 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 373 through 430 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 431 through 442 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 443 through 455 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 456 through 472 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 473 through 483 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 302 through 430 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 431 through 483 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 302 through 322 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 323 through 372 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 373 through 429 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 430 through 455 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 456 through 472 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 473 through 483 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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