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- PDB-4wwl: E. coli 5'-nucleotidase mutant I521C labeled with MTSL (intermedi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwl
タイトルE. coli 5'-nucleotidase mutant I521C labeled with MTSL (intermediate form)
要素Protein UshA
キーワードHYDROLASE / 5NT / Phosphatase / EPR label
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-sugar diphosphatase / UDP-sugar diphosphatase activity / nucleotide catabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Chem-MTN / Protein UshA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Krug, U. / Paithankar, K.S. / Schultz-Heienbrok, R. / Strater, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E. coli 5'-nucleotidase mutant I521C labeled with MTSL (intermediate form)
著者: Krug, U. / Paithankar, K.S. / Schultz-Heienbrok, R. / Strater, N.
履歴
登録2014年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein UshA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,81116
ポリマ－59,3391
非ポリマー1,47215
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.890, 68.890, 307.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-964-

HOH

21A-1072-

HOH

31A-1108-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein UshA / 5'-nucleotidase


分子量: 59338.750 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-550 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ushA, b0480, JW0469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07024, UDP-sugar diphosphatase, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 6種, 442分子

#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→38.18 Å / Num. obs: 36649 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 40.3
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
AMoRE位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HP1

1hp1


解像度: 2.23→38.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9435 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9327 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
詳細: THR 273 and PRO 274 were set to occupancies of 0.5 due to clashes with their symmetry mates. Electron density for a potential alternative conformation of the respective loop was missing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 1147 3.13 %RANDOM
Rwork0.1549 ---
obs0.1559 36647 97.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0423 Å20 Å20 Å2
2---1.0423 Å20 Å2
3---2.0846 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→38.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4111 0 73 427 4611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.085784HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1484SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes609HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4268HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion531SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5348SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1693 88 3.04 %
Rwork0.1515 2810 -
all0.152 2898 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.308-0.18120.21920.9081-0.21430.84140.04010.0097-0.0069-0.14590.0156-0.02290.05960.0423-0.0557-0.00830.0025-0.0027-0.076-0.0009-0.030120.77970.907196.7091
20.695-1.9748-0.16081.278-0.64610.76010.0188-0.0403-0.00660.01180.02460.0672-0.1191-0.0027-0.04340.00190.0320.00540.00780.01810.00095.515520.460598.6369
31.5568-0.41040.8140.8992-0.27151.53630.16860.2787-0.0208-0.2832-0.1131-0.10620.05310.2944-0.0555-0.04390.0140.0084-0.06520.007-0.062138.959928.4946101.141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|26 - A|342}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|343 - A|362}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|363 - A|550}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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