登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ww3 |
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タイトル | Crystal structure of the lumi intermediate of squid rhodopsin |
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要素 | Rhodopsin |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Animals / Decapodiformes / Inositol 1 / 4 / 5-Trisphosphate / Light / Models / Chemical / Photochemistry / Protein Conformation / Rhodopsin |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
rhabdomere membrane / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to light stimulus / retinal binding / phototransduction / visual perception / membrane / plasma membrane類似検索 - 分子機能 XYPPX repeat / XYPPX repeat (two copies) / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...XYPPX repeat / XYPPX repeat (two copies) / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha類似検索 - ドメイン・相同性 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITIC ACID / RETINAL / DOCOSANE / Rhodopsin類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Todarodes pacificus (イカ) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å |
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データ登録者 | Murakami, M. / Kouyama, T. |
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資金援助 | 日本, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Ministry of Education, Science, Sports and Culture(MEXT) | 23121513 | 日本 | Ministry of Education, Science, Sports and Culture(MEXT) | 24370043 | 日本 |
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: Crystallographic Study of the LUMI Intermediate of Squid Rhodopsin 著者: Murakami, M. / Kouyama, T. |
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履歴 | 登録 | 2014年11月10日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2015年6月17日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2020年2月5日 | Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation |
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改定 1.2 | 2020年7月29日 | Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 1.3 | 2023年11月8日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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