[日本語] English
万見
- PDB-4wvy: Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvy
タイトルDouble-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo)
要素
  • RuvB-like 1
  • RuvB-like 2
キーワードHYDROLASE / AAA+ ATPases / hexameric ring / dodecameric assemblies
機能・相同性
機能・相同性情報


R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / DNA helicase / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II ...R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / box C/D snoRNP assembly / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / DNA helicase / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities ...RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RuvB-like helicase / RuvB-like helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Hopfner, K.-P. / Lakomek, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Center 1064 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Dodecameric Assembly States and Conformational Plasticity of the Full-Length AAA+ ATPases Rvb1Rvb2.
著者: Lakomek, K. / Stoehr, G. / Tosi, A. / Schmailzl, M. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2014年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8993
ポリマ－106,3922
非ポリマー5071
水00
1
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)641,39218
ポリマ－638,34912
非ポリマー3,0436
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area71110 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area227770 Å2
手法PISA
2
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)641,39218
ポリマ－638,34912
非ポリマー3,0436
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area70520 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area228360 Å2
手法PISA
3
A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子

A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子

A: RuvB-like 1
B: RuvB-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,6969
ポリマ－319,1756
非ポリマー1,5223
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area30290 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area119150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.348, 210.348, 137.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細biological unit form 1 is a hetero-hexameric ring, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following two operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z\cf1\f0\fs18\lang1033 / biological unit form 2a is a dodecameric head-to-head assembly, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following five operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z and Y,X,-Z and \par -X,-X+Y,-Z and X-Y,-Y,-Z\cf1\f0\fs18\lang1033 / biological unit form 2b is a dodecameric tail-to-tail assembly, generated from the hetero-dimer in the asymmetric unit by the following five operations: \cf0\f1\fs22\lang1031 -Y,X-Y,Z and -X+Y,-X,Z and Y,X,-Z+1 and \par -X,-X+Y,-Z+1 and X-Y,-Y,-Z+1\cf1\f0\fs18\lang1033

-
要素

#1: タンパク質 RuvB-like 1


分子量: 50451.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006820 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0RYI5
#2: タンパク質 RuvB-like 2


分子量: 55939.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0006170 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0RYC2
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1 M sodium malonate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91889 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91889 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14.5 % / 数: 190173 / Rsym value: 0.129 / D res high: 3.64 Å / D res low: 109.748 Å / Num. obs: 13158 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
11.5133.6910.0730.07313.3
8.1411.5110.0560.05613.8
6.658.1410.0780.07814.9
5.766.6510.0960.09614.4
5.155.7610.1280.12814.4
4.75.1510.1440.14415.1
4.354.710.1860.18613.8
4.074.3510.3050.30514.2
3.844.0710.5590.55915.2
3.643.8411.0541.05414.3
反射解像度: 3.64→109.748 Å / Num. all: 13158 / Num. obs: 13158 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 99.52 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.129 / Net I/av σ(I): 3.897 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 190173
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible allRmerge(I) obs
3.64-3.8414.30.62698818920.2871.0543.9100
3.84-4.0715.21.12760918120.1470.5596.91000.559
4.07-4.3514.22.22401516910.0830.30510.61000.305
4.35-4.713.83.62195615860.0520.18614.91000.186
4.7-5.1515.14.72208814610.0380.14418.41000.144
5.15-5.7614.45.41900313200.0350.12819.21000.128
5.76-6.6514.471689711750.0260.09622.41000.096
6.65-8.1414.97.71507710090.0210.07829.21000.078
8.14-11.5113.89.9108397830.0150.05632.81000.056
11.51-33.69413.37.257014290.0210.07332.7960.073

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C9O

2c9o


解像度: 3.64→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9297 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.617
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 665 5.05 %RANDOM
Rwork0.2214 ---
obs0.2229 13156 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 262.79 Å2 / Biso mean: 143.65 Å2 / Biso min: 85.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4143 Å20 Å20 Å2
2---4.4143 Å20 Å2
3---8.8285 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.129 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.64→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6425 0 31 0 6456
Biso mean--143.81 --
残基数----835
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2386SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes938HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6538HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion900SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7302SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6538HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8826HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.85
LS精密化 シェル解像度: 3.64→3.93 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3445 141 5.24 %
Rwork0.2566 2548 -
all0.2612 2689 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64710.3322-1.40210.8898-0.23161.14290.007-0.0051-0.2861-0.029-0.31140.11150.5388-0.35760.3044-0.1377-0.257-0.040.128-0.2690.0025-30.1547-22.2264-33.1273
22.40640.1976-0.67891.2134-0.021.985-0.24860.2938-0.14060.24920.00930.0477-0.4182-0.42930.2393-0.28210.2847-0.16630.0699-0.1153-0.1019-33.110217.4736-40.6251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B26 - 457

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る