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- PDB-4wvs: Crystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with (S)-3-(4-met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvs
タイトルCrystal structure of XIAP-BIR2 domain complexed with (S)-3-(4-methoxyphenyl)-2-((S)-2-((S)-1-((S)-2-((S)-2-(methylamino)propanamido)pent-4-ynoyl)pyrrolidine-2-carboxamido)-3-phenylpropanamido)propanoic acid
要素
  • 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
  • E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードAPOPTOSIS / IAP / XIAP-BIR2
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / : / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Pokross, M.E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Discovery of Macrocyclic XIAP Antagonists from a DNA-Programmed Chemistry Library, and Their Optimization To Give Lead Compounds with in Vivo Antitumor Activity.
著者: Seigal, B.A. / Connors, W.H. / Fraley, A. / Borzilleri, R.M. / Carter, P.H. / Emanuel, S.L. / Fargnoli, J. / Kim, K. / Lei, M. / Naglich, J.G. / Pokross, M.E. / Posy, S.L. / Shen, H. / Surti, ...著者: Seigal, B.A. / Connors, W.H. / Fraley, A. / Borzilleri, R.M. / Carter, P.H. / Emanuel, S.L. / Fargnoli, J. / Kim, K. / Lei, M. / Naglich, J.G. / Pokross, M.E. / Posy, S.L. / Shen, H. / Surti, N. / Talbott, R. / Zhang, Y. / Terrett, N.K.
履歴
登録2014年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4817
ポリマ－12,0352
非ポリマー4465
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area4990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.187, 39.269, 32.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 11359.649 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 156-231 / 変異: C202A, C213G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM


分子量: 675.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 38分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown in 0.98 M Ammonium Sulfate and 0.1 M Ammonium Formate. Single crystals grew after streak seeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射モノクロメーター: MicroMax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→28.1 Å / Num. obs: 4272 / Biso Wilson estimate: 22.62 Å2
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / Rsym value: 0 / % possible all: 75.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→28.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9411 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9319 / SU R Cruickshank DPI: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.202
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 230 5.38 %RANDOM
Rwork0.1636 ---
obs0.1674 4272 98.37 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3685 Å20 Å2-2.9281 Å2
2--0.6699 Å20 Å2
3---0.6986 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.187 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→28.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 71 33 746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.911100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d260SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes16HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes138HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it782HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion80SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact902SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.34 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 67 5.75 %
Rwork0.1264 1098 -
all0.1309 1165 -
obs--98.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.7695 Å / Origin y: -847.322 Å / Origin z: 10.3596 Å
111213212223313233
T-0.0145 Å2-0.0084 Å2-0.0086 Å2--0.0264 Å20.0025 Å2---0.008 Å2
L0.5619 °2-0.0974 °20.1491 °2-1.1833 °20.4164 °2--1.2478 °2
S-0.0336 Å °0.0529 Å °-0.0026 Å °-0.0956 Å °0.0199 Å °0.0161 Å °-0.0117 Å °-0.0517 Å °0.0137 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-3 - A|231 B|1 - B|5 A|501 - A|501 }A-3 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|-3 - A|231 B|1 - B|5 A|501 - A|501 }B1 - 5
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|-3 - A|231 B|1 - B|5 A|501 - A|501 }A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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