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- PDB-4wvo: An engineered PYR1 mandipropamid receptor in complex with mandipr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvo
タイトルAn engineered PYR1 mandipropamid receptor in complex with mandipropamid and HAB1
要素
  • Abscisic acid receptor PYR1
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INTHIBITOR / PYR/PYL/RCAR / PYR1 / Hab1 / mandipropamid / PP2C inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INTHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity ...positive regulation of response to water deprivation / plant-type vacuole membrane / protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / ubiquitin-like protein ligase binding / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain ...Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UZ / Abscisic acid receptor PYR1 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Agrochemical control of plant water use using engineered abscisic acid receptors.
著者: Park, S.Y. / Peterson, F.C. / Mosquna, A. / Yao, J. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYR1
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7276
ポリマ－57,2422
非ポリマー4854
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.459, 66.999, 172.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYR1 / ABI1-binding protein 6 / Protein PYRABACTIN RESISTANCE 1 / Regulatory components of ABA receptor 11


分子量: 20659.332 Da / 分子数: 1 / 変異: K59R V81I F108A F159L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYR1, ABIP6, RCAR11, At4g17870, T6K21.50 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O49686
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 36582.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / プラスミド: pET11M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-3UZ / (2S)-2-(4-chlorophenyl)-N-{2-[3-methoxy-4-(prop-2-yn-1-yloxy)phenyl]ethyl}-2-(prop-2-yn-1-yloxy)ethanamide / Mandipropamid


分子量: 411.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClNO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22.5% PEG 2000 mono methyl ether 150 mM Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 25330 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3QN1

3qn1


解像度: 2.251→36.191 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 1885 7.91 %Random selection
Rwork0.1825 ---
obs0.1862 23834 92.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→36.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3684 0 32 192 3908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1495119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.181420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2512-2.3120.32681190.25051462X-RAY DIFFRACTION81
2.312-2.38010.30881290.24011469X-RAY DIFFRACTION83
2.3801-2.45690.33571340.23031555X-RAY DIFFRACTION88
2.4569-2.54460.26641370.22681557X-RAY DIFFRACTION87
2.5446-2.64650.3451370.22591636X-RAY DIFFRACTION91
2.6465-2.76690.28061450.21531656X-RAY DIFFRACTION92
2.7669-2.91270.29181460.22091686X-RAY DIFFRACTION93
2.9127-3.09510.27621480.20881709X-RAY DIFFRACTION95
3.0951-3.33390.27141510.19361768X-RAY DIFFRACTION97
3.3339-3.66920.23061560.17151808X-RAY DIFFRACTION99
3.6692-4.19940.19751560.15081833X-RAY DIFFRACTION99
4.1994-5.28820.17391590.14271846X-RAY DIFFRACTION99
5.2882-36.19550.17561680.17761964X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.387-0.21260.69271.91120.79215.9639-0.1284-0.1884-0.00360.22750.04790.09550.3033-0.05530.07380.29910.01890.01210.2948-0.05680.32724.539122.0381215.1733
20.9659-0.0197-0.08961.2915-0.28841.21990.0370.0374-0.0491-0.0866-0.0189-0.0710.20510.0507-0.02270.22850.0048-0.02130.2814-0.02040.28681.73773.681181.5599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A)A3 - 180
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B)B186 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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