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- PDB-4wvm: Stonustoxin structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvm
タイトルStonustoxin structure
要素
  • Stonustoxin subunit alpha
  • Stonustoxin subunit beta
キーワードTOXIN / MACPF CDC / Membrane Attack Complex / Perforin Cholesterol Dependent / Cytolysin / Venom / PRY / SPRY / Thioredoxin Focal adhesion targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel regulator activity / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SNTX, thioredoxin-like domain / : / : / Thioredoxin-like SNTX domain / Stonustoxin helical domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain ...SNTX, thioredoxin-like domain / : / : / Thioredoxin-like SNTX domain / Stonustoxin helical domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stonustoxin subunit beta / Stonustoxin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Synanceia horrida (ツノダルマオコゼ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ellisdon, A.M. / Panjikar, S. / Whisstock, J.C. / McGowan, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Stonefish toxin defines an ancient branch of the perforin-like superfamily.
著者: Ellisdon, A.M. / Reboul, C.F. / Panjikar, S. / Huynh, K. / Oellig, C.A. / Winter, K.L. / Dunstone, M.A. / Hodgson, W.C. / Seymour, J. / Dearden, P.K. / Tweten, R.K. / Whisstock, J.C. / McGowan, S.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stonustoxin subunit alpha
B: Stonustoxin subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,1392
ポリマ－159,1392
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area54040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.911, 107.911, 244.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Stonustoxin subunit alpha / SNTX subunit alpha


分子量: 79623.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synanceia horrida (ツノダルマオコゼ)
参照: UniProt: Q98989
#2: タンパク質 Stonustoxin subunit beta / SNTX subunit beta


分子量: 79516.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synanceia horrida (ツノダルマオコゼ)
参照: UniProt: Q91453

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 4.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95659 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95659 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→38.15 Å / Num. all: 50333 / Num. obs: 50233 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.59 % / Biso Wilson estimate: 33.47 Å2 / Net I/σ(I): 11.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1→38.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8648 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8319 / SU R Cruickshank DPI: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.511 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.322
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2364 2549 5.07 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2086 50233 99.59 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3---3.1801 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.604 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→38.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9691 0 0 0 9691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019892HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1213367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4559SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1407HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9892HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1299SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11024SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 174 4.69 %
Rwork0.2472 3533 -
all0.2484 3707 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.10770.1758-1.77362.7076-0.4534.6603-0.0594-0.0007-0.3083-0.1112-0.15540.27770.2831-0.63810.21480.0219-0.15650.1310.4096-0.15080.30313.297136.172311.6124
20.82330.1198-0.75191.1531-0.49942.1305-0.09390.3943-0.2386-0.2808-0.06920.23380.1747-0.5670.1631-0.00440.18-0.0748-0.05950.0247-0.247534.675352.8075-27.5967
34.6396-0.2359-1.94164.6678-0.54424.9805-0.066-0.1924-0.2290.0275-0.1326-0.03560.1437-0.04320.1987-0.1816-0.11210.2280.5413-0.01330.2148-1.301244.883933.257
40.96630.3189-1.01861.5861-1.71692.92730.1036-0.3590.06240.101-0.13250.1937-0.3161-0.2110.02890.12920.0527-0.0292-0.13670.0575-0.230439.028262.04252.7572
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|4 - 248 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|264 - 698 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|4 - 249 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|266 - 701 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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