PDB-4wv9: Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wv9

タイトル

Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from Aplysia Californica in complex with click chemistry compound (3-exo)-8,8-dimethyl-3-[4-(pyridin-4-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-8-azoniabicyclo[3.2.1]octane

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Nicotinic receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Talley, T.T. / Bobango, J. / Wu, J.M. / Sankaran, B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from Aplysia Californica in complex with click chemistry compound.
著者: Talley, T.T.

履歴

登録	2014年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wv9.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wv9.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wv9_validation.pdf.gz	908.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wv9_full_validation.pdf.gz	916.9 KB	表示
XML形式データ	4wv9_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	4wv9_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/4wv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/4wv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zk4-d 5tsf-d 4frr-1 4xk9-1 2wzy-2 2wnl-1 5tvc-d 2wnl-2 5jme-d 5syo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

123 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.014, 115.391, 130.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Soluble acetylcholine receptor 分子量: 24570.291 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 18-224 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-MD4 / (3-exo)-8,8-dimethyl-3-[4-(pyridin-4-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-8-azoniabicyclo[3.2.1]octane 分子量: 284.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 88913 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.004 / Net I/av σ(I): 24.968 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 904966

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	9.6	0.55	8784	0.83	100
2.07-2.15	10.4	0.421	8756	0.884	100
2.15-2.25	10.4	0.333	8808	0.898	100
2.25-2.37	10.3	0.25	8823	0.951	100
2.37-2.52	10.4	0.195	8808	0.997	100
2.52-2.71	10.3	0.148	8864	1.106	100
2.71-2.99	10.3	0.103	8857	1.17	100
2.99-3.42	10.2	0.072	8927	0.981	100
3.42-4.31	10.1	0.074	8972	1.203	100
4.31-50	9.7	0.057	9314	1.007	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.085 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	4452	5.01 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1844	88823	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8152	0	42	744	8938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.046	11569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.221	3051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1489

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0239	0.3049	139	0.2163	2686	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0239-2.0477	0.2639	134	0.1942	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0477-2.0727	0.228	150	0.1944	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0727-2.0989	0.2224	157	0.1879	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0989-2.1266	0.2264	152	0.1817	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1266-2.1557	0.2118	136	0.1825	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1557-2.1865	0.2693	132	0.1857	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1865-2.2191	0.2376	125	0.1872	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2191-2.2538	0.2357	146	0.191	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2538-2.2907	0.219	130	0.1876	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2907-2.3302	0.2589	151	0.1871	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.3726	0.2223	155	0.1822	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3726-2.4182	0.2249	159	0.1846	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4182-2.4676	0.2502	152	0.1842	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4676-2.5213	0.2426	166	0.1913	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5213-2.5799	0.2248	146	0.1936	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5799-2.6444	0.251	159	0.1976	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6444-2.7159	0.2432	140	0.2013	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7159-2.7958	0.2514	137	0.1955	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7958-2.8861	0.2613	146	0.1928	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8861-2.9892	0.2544	140	0.2066	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9892-3.1089	0.2681	157	0.199	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1089-3.2503	0.2187	143	0.1903	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2503-3.4216	0.2276	162	0.1847	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4216-3.6359	0.1823	152	0.1794	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6359-3.9166	0.2198	157	0.1767	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9166-4.3105	0.1846	155	0.1488	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3105-4.9337	0.1513	154	0.141	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9337-6.2138	0.1886	158	0.1794	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2138-48.0993	0.2319	162	0.1964	3016	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)