PDB-4wv4: Heterodimer of TAF8/TAF10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wv4

タイトル

Heterodimer of TAF8/TAF10

要素

Transcription initiation factor TFIID subunit 10
Transcription initiation factor TFIID subunit 8

キーワード

TRANSCRIPTION / TBP-associated factor / Heterodimer / Histone fold domain

機能・相同性

機能・相同性情報

SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / transcription factor TFTC complex / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus / RNA polymerase binding / regulation of fat cell differentiation / limb development ...SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / DNA-templated transcription open complex formation / allantois development / transcription factor TFTC complex / hepatocyte differentiation / maintenance of protein location in nucleus / RNA polymerase binding / regulation of fat cell differentiation / limb development / SAGA complex / transcription preinitiation complex / inner cell mass cell proliferation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / embryonic placenta development / somitogenesis / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / male germ cell nucleus / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / promoter-specific chromatin binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / multicellular organism growth / G1/S transition of mitotic cell cycle / HATs acetylate histones / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.909 Å

データ登録者

Trowitzsch, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Cytoplasmic TAF2-TAF8-TAF10 complex provides evidence for nuclear holo-TFIID assembly from preformed submodules.
著者: Trowitzsch, S. / Viola, C. / Scheer, E. / Conic, S. / Chavant, V. / Fournier, M. / Papai, G. / Ebong, I.O. / Schaffitzel, C. / Zou, J. / Haffke, M. / Rappsilber, J. / Robinson, C.V. / ...

履歴

登録	2014年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wv4.cif.gz	120.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wv4.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/4wv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/4wv4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wv6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mej-1 1j2j-d 5t93-1 6s60-1 6gi0-1 4n85-d 1zly-d 3cdf-2 3gw8-1 6gnr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (9) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription initiation factor TFIID subunit 10

B: Transcription initiation factor TFIID subunit 8

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.320, 51.320, 144.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-409- HOH

#1: タンパク質	Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / STAF28 / Transcription initiation factor TFIID 30 kDa subunit / TAFII30 / TAF10 分子量: 11219.706 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP 112-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF10, TAF2A, TAF2H, TAFII30 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q12962
#2: タンパク質	Transcription initiation factor TFIID subunit 8 / Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription ...Protein taube nuss / TBP-associated factor 43 kDa / TBP-associated factor 8 / Transcription initiation factor TFIID 43 kDa subunit / hTAFII43 / TAF8 分子量: 10823.312 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF8, TAFII43, TBN 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q7Z7C8
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化	温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: sodium/potassium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.909→44.444 Å / Num. obs: 16793 / % possible obs: 93.91 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.0292 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.8798 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / % possible all: 58.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.909→44.444 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	852	5.07 %
R_work	0.2048	-	-
obs	0.2064	16793	93.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.909→44.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1404	0	7	63	1474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.681	1935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.077	533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.909-2.0286	0.3382	122	0.309	2005	X-RAY DIFFRACTION	73
2.0286-2.1852	0.3268	142	0.2608	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1852-2.4051	0.2712	147	0.2367	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4051-2.7531	0.2524	147	0.2223	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7531-3.4684	0.2638	151	0.2216	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4684-44.4565	0.1906	143	0.1713	2960	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7879	1.7545	-1.7376	4.0421	2.3506	2.2114	0.7271	-0.9311	0.7727	2.3932	-0.0847	-0.5785	-1.5933	0.3567	-0.4966	0.9889	0.0527	0.0758	0.5671	-0.1123	0.4731	15.162	0.0583	24.653
2	8.7721	2.4827	3.8099	7.4961	6.0429	5.2833	0.8872	-0.3417	0.8641	1.1964	-0.5242	-0.6727	-1.3279	0.7687	-0.5258	0.7425	-0.2196	0.1665	0.4849	-0.0164	0.5757	18.3747	1.9989	11.2004
3	4.5661	0.5286	-1.7715	1.249	0.0451	4.291	0.1471	0.7188	0.1129	-0.1232	0.5269	0.056	-0.5081	-0.9228	0.4384	0.3149	0.3698	0.4268	0.758	0.2543	0.3542	6.4822	-0.1785	2.9093
4	2.5205	0.8947	1.73	0.4867	0.3021	1.7648	-0.1066	0.3969	0.7504	0.1682	0.2908	0.6464	-1.0663	-0.4745	0.5864	0.8072	0.4125	0.2513	0.6733	0.321	0.5344	1.5672	2.5152	10.6283
5	4.7453	-1.363	-2.7968	3.5655	0.757	5.1606	0.0428	0.1799	-0.1859	0.3616	0.5557	-0.6122	-0.2093	0.4444	-0.4486	0.3814	0.1512	0.0115	0.3358	-0.1154	0.4415	16.8943	-10.2645	10.6807
6	3.2362	-1.3976	-2.0776	2.5479	-1.5701	4.4734	-0.4903	-0.2324	-0.974	0.3801	0.3494	-1.3558	0.7923	0.8039	-0.3946	0.5448	0.2824	0.0024	0.7657	-0.4029	1.1115	30.3071	-22.4064	3.1686
7	3.6406	-1.0782	2.3818	5.4355	0.1252	3.6263	-0.2638	-0.4242	-0.3712	0.8468	0.5679	0.1993	0.1331	0.1594	-0.2317	0.5542	0.1879	0.1342	0.4603	-0.1484	0.6044	12.2437	-24.0817	4.044
8	8.9003	-2.7797	0.9759	8.1918	-2.6956	6.651	0.0053	1.3289	0.262	-0.5136	0.2619	-0.3578	-0.0058	-0.5075	-0.2379	0.2481	-0.0003	0.1109	0.7153	-0.0972	0.408	18.239	-4.1451	-2.0528
9	5.7656	-1.3371	-1.0017	4.7952	0.0865	4.0696	0.0936	0.7661	-0.3439	0.1213	0.2164	0.3001	-0.4853	-0.9372	-0.1132	0.3002	0.1802	0.0641	0.4935	0.0367	0.2907	7.9773	-8.5028	6.8386
10	0.4824	-1.1664	0.475	4.4733	0.5822	6.7601	0.0771	0.2347	-0.1454	0.8118	0.4743	-0.6914	-0.1947	0.8946	-0.472	0.4315	0.1579	-0.0163	0.4632	-0.0896	0.4373	15.0279	-6.8771	16.5249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 113 through 124 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 125 through 131 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 149 through 174 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 196 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 197 through 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 48 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 49 through 89 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 90 through 120 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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