PDB-4wuv: Crystal Structure of a putative D-Mannonate oxidoreductase from H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wuv

タイトル

Crystal Structure of a putative D-Mannonate oxidoreductase from Haemophilus influenza (Avi_5165, TARGET EFI-513796) with bound NAD

要素

2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae RdAW (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.551 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative D-Mannonate oxidoreductase from Haemophilus influenza (Avi_5165, TARGET EFI-513796) with bound NAD
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...

履歴

登録	2014年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wuv.cif.gz	331.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wuv.ent.gz	275.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wuv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wuv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4wuv_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	4wuv_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1cg0-1 2gcq-1 2jqx-d 1n8w-1 1qf5-1 2gna-2 1fsa-d 5ccz-d 6dta-d 5yxy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-513796

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase

B: 2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.976, 138.382, 115.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-466- HOH
2	1	B-485- HOH
3	1	B-500- HOH

詳細

biological unit is a dimer

#1: タンパク質	2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase 分子量: 33771.172 Da / 分子数: 2 / 断片: oxidoreductase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae RdAW (インフルエンザ菌) 遺伝子: HICG_00830 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9MHP6
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (16.36 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 5% Glycerol, 10 mM NAD); Reservoir (0.2 M Lithium Chloride, 20 %(w/v) PEG 3350 ); Cryoprotection (80% Reservoir + 20% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 79010 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 0.965 / Net I/av σ(I): 20.554 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 644817

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.55-1.58	8	0.893	3933	1.005	100
1.58-1.61	8	0.743	3923	0.99	100
1.61-1.64	8	0.671	3922	1.028	100
1.64-1.67	8.1	0.567	3903	0.987	100
1.67-1.71	8.1	0.516	3929	1.009	100
1.71-1.75	8.1	0.412	3924	0.98	100
1.75-1.79	8.1	0.36	3939	0.964	100
1.79-1.84	8.2	0.284	3941	0.945	100
1.84-1.89	8.2	0.237	3904	0.942	100
1.89-1.95	8.2	0.193	3925	0.944	100
1.95-2.02	8.3	0.147	3948	0.859	100
2.02-2.1	8.3	0.114	3936	0.833	100
2.1-2.2	8.3	0.093	3980	0.751	100
2.2-2.32	8.3	0.079	3951	0.713	100
2.32-2.46	8.3	0.077	3934	0.77	100
2.46-2.65	8.3	0.093	3995	1.276	100
2.65-2.92	8.3	0.104	3984	1.794	100
2.92-3.34	8.3	0.083	3999	1.583	100
3.34-4.21	8.2	0.039	4045	0.506	99.8
4.21-100	7.6	0.034	3995	0.369	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless		データスケーリング
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.551→23.084 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1716	3688	4.94 %
R_work	0.1407	70947	-
obs	0.1422	74635	94.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.96 Å² / B_iso mean: 21.6162 Å² / B_iso min: 5.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.551→23.084 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4270	0	180	561	5011
B_iso mean	-	-	29.8	33.29	-
残基数	-	-	-	-	560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	6091
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.927	1611

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5511-1.5715	0.1807	64	0.1657	1250	1314	43
1.5715-1.5931	0.2041	93	0.1728	1581	1674	56
1.5931-1.6158	0.2315	102	0.1671	2009	2111	70
1.6158-1.6399	0.2287	129	0.1699	2620	2749	90
1.6399-1.6655	0.1926	138	0.173	2775	2913	98
1.6655-1.6928	0.2235	133	0.1663	2823	2956	99
1.6928-1.722	0.2019	149	0.1636	2878	3027	99
1.722-1.7533	0.1811	134	0.1537	2899	3033	100
1.7533-1.787	0.2086	141	0.1593	2887	3028	100
1.787-1.8235	0.1819	140	0.1529	2858	2998	100
1.8235-1.8631	0.1875	156	0.1558	2855	3011	100
1.8631-1.9064	0.1838	131	0.157	2892	3023	100
1.9064-1.9541	0.2004	165	0.1456	2872	3037	100
1.9541-2.0069	0.1674	167	0.1394	2869	3036	100
2.0069-2.0659	0.1799	169	0.1335	2856	3025	100
2.0659-2.1326	0.1656	171	0.1275	2892	3063	100
2.1326-2.2087	0.149	140	0.1253	2887	3027	100
2.2087-2.2971	0.1476	156	0.1242	2859	3015	100
2.2971-2.4015	0.161	145	0.1307	2923	3068	100
2.4015-2.528	0.1629	147	0.1315	2910	3057	100
2.528-2.6861	0.163	146	0.1337	2914	3060	100
2.6861-2.8932	0.1868	156	0.1433	2902	3058	100
2.8932-3.1837	0.1733	158	0.1399	2914	3072	100
3.1837-3.6428	0.1512	166	0.1374	2934	3100	100
3.6428-4.5836	0.1441	142	0.1182	2965	3107	99
4.5836-23.0864	0.187	150	0.1602	2923	3073	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8354	0.6714	-0.0036	1.533	-0.099	0.5705	0.0389	-0.0362	0.039	0.0625	-0.0888	0.2227	-0.0151	-0.123	0.0315	0.134	0.0279	0.0267	0.1569	-0.0104	0.1756	42.4583	86.2699	40.9691
2	2.2118	0.3299	-0.2008	1.3152	-0.0117	1.2254	-0.0419	-0.0526	0.2219	0.0671	0.0187	0.1941	-0.111	-0.1338	0.0249	0.1667	0.0443	0.0097	0.1087	-0.0066	0.1776	45.4031	99.3994	41.5986
3	0.6245	-0.0809	-0.6007	0.4841	0.3431	1.6155	0.0239	0.0512	0.0152	-0.0344	-0.0111	0.0312	-0.1436	-0.159	-0.0194	0.1212	0.0222	-0.0115	0.08	0.0074	0.0978	60.0054	91.8871	27.7491
4	0.1519	-0.0053	0.3095	0.2142	-0.487	2.5769	-0.0005	-0.0031	-0.0116	-0.0052	0.001	-0.0043	-0.0915	-0.1905	-0.0082	0.0897	0.0042	0.0017	0.0814	-0.004	0.0722	64.7203	86.4634	34.5782
5	0.8599	0.0466	-0.3447	0.836	0.1119	0.5352	-0.0708	0.1692	0.1437	-0.1696	-0.0258	0.2398	-0.2937	-0.3274	0.0554	0.1496	0.0464	-0.0432	0.1626	0.0161	0.1622	50.1162	83.9025	26.203
6	0.446	0.1221	-0.006	0.3846	0.0355	1.2578	0.0159	0.0507	0.0135	-0.0485	-0.0084	0.0466	-0.06	-0.103	-0.0039	0.0864	0.0147	-0.0073	0.0966	0.0022	0.1052	51.562	75.9058	28.4539
7	1.0301	-0.0374	-0.0775	1.223	0.4118	1.1259	0.0341	-0.1305	-0.1134	0.0883	-0.0362	0.059	0.1464	-0.1637	0.0009	0.1138	-0.0384	-0.0074	0.1568	0.0334	0.1424	45.241	51.5731	43.0055
8	1.8994	0.4678	-0.1016	0.3325	0.1134	0.4427	0.0348	-0.1403	-0.1431	0.0109	-0.0153	-0.0126	0.057	-0.0224	-0.0293	0.1166	-0.0043	-0.0209	0.0871	0.0201	0.1157	65.4065	54.2565	36.6663
9	0.2928	-0.0879	0.1307	0.1227	0.0693	0.6498	-0.0022	-0.0337	-0.0147	0.0367	0.002	0.0231	0.018	-0.0333	-0.0073	0.0828	-0.0053	-0.0043	0.0782	0.009	0.0855	60.964	65.5706	41.2633

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 38 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 89 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 90 through 178 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 179 through 198 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 199 through 231 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 232 through 285 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 89 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 90 through 178 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 179 through 285 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)