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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wuj
タイトルStructural Biochemistry of a Fungal LOV Domain Photoreceptor Reveals an Evolutionarily Conserved Pathway Integrating Blue-Light and Oxidative Stress
要素Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / LOV domain / blue-light / photoreceptor / circadian clock
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / nucleotide binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Hopkins, H.C. / Lokhandwala, J. / Zoltowski, B.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Herman Frasch Foundation739-HF12 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Biochemistry of a Fungal LOV Domain Photoreceptor Reveals an Evolutionarily Conserved Pathway Integrating Light and Oxidative Stress.
著者: Lokhandwala, J. / Hopkins, H.C. / Rodriguez-Iglesias, A. / Dattenbock, C. / Schmoll, M. / Zoltowski, B.D.
履歴
登録2014年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
B: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
C: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
D: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23514
ポリマ－63,8334
非ポリマー2,40210
水4,522251
1
C: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
ヘテロ分子

A: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1177
ポリマ－31,9172
非ポリマー1,2015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area5160 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
D: Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1177
ポリマ－31,9172
非ポリマー1,2015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area29460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.342, 102.225, 71.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase family 15, cellulose signaling associated protein envoy


分子量: 15958.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: QM6a / 遺伝子: env1, TRIREDRAFT_81609 / プラスミド: pGST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RUC2
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5 buffer, 6% (v/v) Peg400 and 1.4M ammonium sulfate
PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 30153 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 2.669 / Net I/av σ(I): 46.174 / Net I/σ(I): 25.6 / Num. measured all: 121511
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.23-2.273.20.11812062.28878.3
2.27-2.313.40.11515372.35497
2.31-2.353.50.10914852.28696.9
2.35-2.43.80.10315122.39597.2
2.4-2.4540.09615662.50997.7
2.45-2.514.20.0915262.67498.8
2.51-2.574.20.0815332.6498.2
2.57-2.644.20.07615422.7698.5
2.64-2.724.30.06615362.54298.5
2.72-2.814.30.06415452.66898.2
2.81-2.914.20.05815212.66698.4
2.91-3.034.20.05315632.6998.9
3.03-3.164.20.0515512.80498.7
3.16-3.334.20.04515362.71998.5
3.33-3.544.20.0415412.65998.7
3.54-3.814.10.03915602.7698.1
3.81-4.24.10.03815362.72897.5
4.2-4.840.03614612.70692.6
4.8-6.0540.03715332.79796.6
6.05-503.80.04413633.56884.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D72

3d72


解像度: 2.23→44.334 Å / FOM work R set: 0.7969 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 1514 5.03 %Random Selection
Rwork0.206 28588 --
obs0.2087 30102 96.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.759 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.19 Å2 / Biso mean: 40.3 Å2 / Biso min: 14.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8911 Å2-0 Å26.0038 Å2
2---8.8425 Å2-0 Å2
3---13.7335 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→44.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4309 0 230 251 4790
Biso mean--31.4 41.73 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4856244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2671654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2291-2.30110.32991390.2292509264894
2.3011-2.38330.30021450.22562582272797
2.3833-2.47870.26541330.22342638277198
2.4787-2.59150.26491320.21212634276698
2.5915-2.72810.25981450.21592622276799
2.7281-2.8990.31291160.21232655277198
2.899-3.12280.29011650.21422645281099
3.1228-3.4370.27091260.20712659278599
3.437-3.93410.26111370.20772641277898
3.9341-4.95550.21981370.17222561269895
4.9555-44.3430.22761390.21352442258189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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