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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wtd | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS5B GENOTYPE 2A JFH-1 ISOLATE WITH S15G E86Q E87Q C223H V321I MUTATIONS AND DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION IN COMPLEX WITH ADP, MN2+ AND SYMMETRICAL PRIMER TEMPLATE 5'-AUAAAUUU | ||||||
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![]() | Transferase/RNA / HCV / VIRAL / NS5B / RDRP / RESISTANCE MUTATION / TEMPLATE / PRIMER / PRIMED INITIATION / DELTA8 BETA HAIRPIN LOOP DELETION / Transferase-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / Dectin-2 family / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, T.E. / Fox III, D. / Appleby, T.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for RNA replication by the hepatitis C virus polymerase. 著者: Appleby, T.C. / Perry, J.K. / Murakami, E. / Barauskas, O. / Feng, J. / Cho, A. / Fox, D. / Wetmore, D.R. / McGrath, M.E. / Ray, A.S. / Sofia, M.J. / Swaminathan, S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 829.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 830.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4wt9C ![]() 4wtaC ![]() 4wtcC ![]() 4wteC ![]() 4wtfC ![]() 4wtgC ![]() 4wtiC ![]() 4wtjC ![]() 4wtkC ![]() 4wtlC ![]() 4wtmC ![]() 4e76S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 3分子 TPA
#1: RNA鎖 | 分子量: 2496.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: タンパク質 | | 分子量: 63755.211 Da / 分子数: 1 Mutation: S2457G, E2528Q, E2529Q, C2665H, V2763I, UNP residues 2886-2895 NFEMYGSVYS deleted and replaced by GG linker 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Variant: S15G C223H V321I DELTA8 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 58分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ADP / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: NS5B AT 5.1 MG/ML IN 5 MM TRIS PH 7.5, 200 MM NH4OAC, 1 MM EDTA, 1 MM DTT AGAINST 25% PEG 550 MME, 50 MM MGCL2, 0.1 M HEPES PH 7.5 FOR CRYSTAL GROWTH SOAKED INTO 28% PEG 550 MME, 0.2 M ...詳細: NS5B AT 5.1 MG/ML IN 5 MM TRIS PH 7.5, 200 MM NH4OAC, 1 MM EDTA, 1 MM DTT AGAINST 25% PEG 550 MME, 50 MM MGCL2, 0.1 M HEPES PH 7.5 FOR CRYSTAL GROWTH SOAKED INTO 28% PEG 550 MME, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.05 M BISTRIS PROPANE PH 6.0, 0.05 M TRIS PH 7.2, 6 MM MNCL2, 10 MM ADP, 4 MM 5'-AUAAAUUU WITH 8% GLYCEROL AS CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 250962A8, UNIQUE PUCK ID ZMG4-5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 28528 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 56.49 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 22.64 / Num. measured all: 172931 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured obs: 1658 / Num. possible: 344 / Num. unique obs: 329 / Rrim(I) all: 0.026 / Rejects: 0 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4E76 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.654 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.84 Å2 / Biso mean: 53.98 Å2 / Biso min: 32.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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