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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wsy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Pim-1 kinase in complex with a thiazolamine-indazole inhibitor. | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase pim-1 | ||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / TRANSFERASE (転移酵素) / serine/threonine protein kinase / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mohr, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Discovery of 5-(1H-indol-5-yl)-1,3,4-thiadiazol-2-amines as potent PIM inhibitors. 著者: Wu, B. / Wang, H.L. / Cee, V.J. / Lanman, B.A. / Nixey, T. / Pettus, L. / Reed, A.B. / Wurz, R.P. / Guerrero, N. / Sastri, C. / Winston, J. / Lipford, J.R. / Lee, M.R. / Mohr, C. / Andrews, K.L. / Tasker, A.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wsy.cif.gz | 72.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wsy.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wsy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33064.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-3U5 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M LiCl, 0.1M TRIS, 20% PEG6K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 19337 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.169 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.188 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.659 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.61 Å
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拘束条件 |
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