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- PDB-4wri: Crystal structure of okadaic acid binding protein 2.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wri
タイトルCrystal structure of okadaic acid binding protein 2.1
要素Okadaic acid binding protein 2-alpha
キーワードTOXIN/TOXIN INHIBITOR / Inhibitor / Toxin / TOXIN-TOXIN INHIBITOR complex
機能・相同性EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / OKADAIC ACID / Okadaic acid binding protein 2-alpha
機能・相同性情報
生物種Halichondria okadai (クロイソカイメン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ehara, H. / Makino, M. / Kodama, K. / Ito, T. / Sekine, S. / Fukuzawa, S. / Yokoyama, S. / Tachibana, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science21603006 日本
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Okadaic Acid Binding Protein 2.1: A Sponge Protein Implicated in Cytotoxin Accumulation
著者: Ehara, H. / Makino, M. / Kodama, K. / Konoki, K. / Ito, T. / Sekine, S. / Fukuzawa, S. / Yokoyama, S. / Tachibana, K.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Okadaic acid binding protein 2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6242
ポリマ－22,8191
非ポリマー8051
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.970, 64.620, 145.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Okadaic acid binding protein 2-alpha


分子量: 22819.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: lysine-methylated
由来: (組換発現) Halichondria okadai (クロイソカイメン)
遺伝子: OABP2A,OABP2.1 / プラスミド: pGEX-5X2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: Q2MHR1
#2: 化合物 ChemComp-OKA / OKADAIC ACID / 9,10-DEEPITHIO-9,10-DIDEHYDROACANTHIFOLICIN / オカダ酸


分子量: 805.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H68O13 / コメント: 阻害剤, 毒素*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M NaOAc, 0.1 M Tris-HCl(pH 8.0), 30-40% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→34.743 Å / Num. obs: 39985 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.94 % / Biso Wilson estimate: 14.48 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 28.58 / Num. measured all: 277458
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.4-1.445.370.9540.354.6415533297628920.38897.2
1.44-1.480.9790.2577.2319978284128410.277100
1.48-1.520.9890.2019.1920087277427740.217100
1.52-1.570.990.16111.2819691272527250.173100
1.57-1.620.9930.13813.2219136264426440.149100
1.62-1.670.9960.11115.9618378255125500.12100
1.67-1.740.9970.09219.1417527242724250.199.9
1.74-1.810.9970.07822.4817209240224000.08499.9
1.81-1.890.9980.06327.1416102224522450.068100
1.89-1.980.9980.0533.3915494219121900.054100
1.98-2.090.9990.04338.7614509207320690.04799.8
2.09-2.210.9990.03844.2913790197419720.04199.9
2.21-2.370.9990.03449.0713052186318600.03799.8
2.37-2.560.9990.03152.4312239174917480.03499.9
2.56-2.80.9990.02956.3811319160216000.03299.9
2.8-3.130.9990.02758.0910228144714450.0399.9
3.13-3.620.9990.02561.569112131713120.02799.6
3.62-4.430.9990.0262.397049109710690.02297.4
4.43-6.260.9990.02159.5551308798370.02395.2
6.260.9990.02152.8318955173870.02474.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.4→34.743 Å / FOM work R set: 0.8589 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 2009 5.03 %
Rwork0.1736 37965 -
obs0.1752 39974 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.27 Å2 / Biso mean: 22.28 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→34.743 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1577 0 57 319 1953
Biso mean--14.14 34.22 -
残基数----187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1862283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006279
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.046623
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4002-1.43520.29451470.23732657280497
1.4352-1.4740.27831400.219626562796100
1.474-1.51740.26031360.209426772813100
1.5174-1.56640.23321400.205327192859100
1.5664-1.62240.24791330.1927222855100
1.6224-1.68730.24561540.187526972851100
1.6873-1.76410.2251340.191227212855100
1.7641-1.85710.20721480.184526992847100
1.8571-1.97350.18811470.179327022849100
1.9735-2.12580.23581520.171927232875100
2.1258-2.33970.18971530.168527282881100
2.3397-2.67820.19561190.167427862905100
2.6782-3.37380.19991620.161627612923100
3.3738-34.75320.17631440.15892717286193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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