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- PDB-4wqm: Structure of the toluene 4-monooxygenase NADH oxidoreductase T4mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wqm
タイトルStructure of the toluene 4-monooxygenase NADH oxidoreductase T4moF, K270S K271S variant
要素Toluene-4-monooxygenase electron transfer component
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron-sulfur / ferredoxin-NAD reductase / electron-transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NAD+ reductase / ferredoxin-NAD+ reductase activity / toluene catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily ...: / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / NICKEL (II) ION / Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin--NAD(+) reductase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure of T4moF, the Toluene 4-Monooxygenase Ferredoxin Oxidoreductase.
著者: Acheson, J.F. / Moseson, H. / Fox, B.G.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase electron transfer component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,71510
ポリマ－35,8911
非ポリマー1,8249
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.334, 69.074, 68.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase electron transfer component


分子量: 35890.855 Da / 分子数: 1 / 変異: K270S K271S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / Variant (発現宿主): RILP / 参照: UniProt: Q03304, ferredoxin-NAD+ reductase

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非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 16% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris, 200 mM Ammonium Acetate, 50 mM Guanidine-HCl, 5 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 43392 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.098 / Net I/av σ(I): 18.801 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 168856
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.62-1.653.70.31720380.71591.3
1.65-1.683.90.27421150.75295.3
1.68-1.713.90.26221340.7895.3
1.71-1.753.90.22521390.82695.9
1.75-1.783.90.19221540.86996.2
1.78-1.823.90.17521520.95296.1
1.82-1.873.90.15121521.09896.3
1.87-1.923.90.13521301.08696.5
1.92-1.983.90.11821771.18796.6
1.98-2.043.90.121691.29296.9
2.04-2.113.90.09221741.39997.1
2.11-2.23.90.08421641.44597
2.2-2.33.90.07621811.28897.4
2.3-2.423.90.07121651.3697.7
2.42-2.573.90.06822201.1997.8
2.57-2.773.90.06421941.29898
2.77-3.053.90.06122151.22898.4
3.05-3.493.90.05722230.95698.6
3.49-4.43.80.04822391.01998.9
4.4-503.70.04322571.15897.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-20002.4.1データ収集
PHENIX1.9-1675精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→27.125 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 2000 4.61 %
Rwork0.1448 41388 -
obs0.1469 43388 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.75 Å2 / Biso mean: 24.9711 Å2 / Biso min: 7.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→27.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 103 420 3038
Biso mean--27.31 34.92 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072733
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1543703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7931020
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6154-1.65580.23631330.16482757289090
1.6558-1.70050.21531400.14092897303795
1.7005-1.75060.19631410.12692912305396
1.7506-1.80710.17541420.12762922306496
1.8071-1.87160.20451410.13172944308596
1.8716-1.94660.20731430.14282950309396
1.9466-2.03510.21071430.13942946308997
2.0351-2.14240.21571410.13342943308497
2.1424-2.27650.20011450.13282997314297
2.2765-2.45220.16461430.14492966310998
2.4522-2.69880.2141470.15513016316398
2.6988-3.08880.20861440.15963011315598
3.0888-3.88980.15311480.15193055320399
3.8898-27.12920.17421490.14273072322198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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