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- PDB-4wq9: Thiosulfate dehydrogenase (TsdA) from Allochromatium vinosum - di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wq9
タイトルThiosulfate dehydrogenase (TsdA) from Allochromatium vinosum - dithionite soak
要素Thiosulfate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tetrathionate / TsdA / c-type cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate dehydrogenase / thiosulfate dehydrogenase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SoxA/TsdA, cytochrome c domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / HEME C / IODIDE ION / THIOSULFATE / Thiosulfate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Brito, J.A. / Denkmann, K. / Pereira, I.A.C. / Dahl, C. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/QUI-BIQ/100591/2008 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-PRO/118535/2010 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPEst-OE/EQB/LA0004/2011 ポルトガル
German Academic Exchange Service ドイツ
Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas ポルトガル
BioStruct-X1493
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BPD/79224/2011 ポルトガル
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Thiosulfate Dehydrogenase (TsdA) from Allochromatium vinosum: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS INTO THIOSULFATE OXIDATION.
著者: Brito, J.A. / Denkmann, K. / Pereira, I.A. / Archer, M. / Dahl, C.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2014
タイトル: Production, crystallization and preliminary crystallographic analysis of Allochromatium vinosum thiosulfate dehydrogenase TsdA, an unusual acidophilic c-type cytochrome.
著者: Brito, J.A. / Gutierres, A. / Denkmann, K. / Dahl, C. / Archer, M.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02021年9月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiosulfate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7689
ポリマ－26,9731
非ポリマー1,7958
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.289, 69.864, 57.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1178-

HOH

21A-1195-

HOH

31A-1283-

HOH

41A-1315-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thiosulfate dehydrogenase / Tetrathionate synthase


分子量: 26973.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
株: ATCC 17899 / DSM 180 / NBRC 103801 / D / 遺伝子: tsdA, Alvin_0091 / プラスミド: pPR-IBAAvtsdAs / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3RVD4, thiosulfate dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 242分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.28
詳細: 23.5% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-tris pH 6.28, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2395 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→34.96 Å / Num. obs: 66925 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.01
反射 シェル解像度: 1.47→1.52 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 5738 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Coot0.7.1モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1830)精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→34.96 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1785 3272 4.9 %
Rwork0.1402 --
obs0.1421 66843 82.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→34.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 103 234 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5242632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.262693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4704-1.49240.3121030.28692254X-RAY DIFFRACTION66
1.4924-1.51570.30471180.25052419X-RAY DIFFRACTION73
1.5157-1.54050.2636970.22232774X-RAY DIFFRACTION81
1.5405-1.56710.23441410.18982718X-RAY DIFFRACTION81
1.5671-1.59560.24321490.18592762X-RAY DIFFRACTION82
1.5956-1.62630.231500.17532807X-RAY DIFFRACTION84
1.6263-1.65950.22151530.16522843X-RAY DIFFRACTION84
1.6595-1.69560.18811600.152849X-RAY DIFFRACTION85
1.6956-1.7350.16881610.14062820X-RAY DIFFRACTION86
1.735-1.77840.18051550.12992932X-RAY DIFFRACTION86
1.7784-1.82650.19611290.13372866X-RAY DIFFRACTION84
1.8265-1.88020.2061360.13842845X-RAY DIFFRACTION84
1.8802-1.94090.18561580.1372880X-RAY DIFFRACTION86
1.9409-2.01030.19241470.13772751X-RAY DIFFRACTION82
2.0103-2.09080.18441350.13052701X-RAY DIFFRACTION80
2.0908-2.1860.14321540.12452781X-RAY DIFFRACTION82
2.186-2.30120.14321510.11872897X-RAY DIFFRACTION86
2.3012-2.44540.16771490.11982775X-RAY DIFFRACTION83
2.4454-2.63410.17771420.12752819X-RAY DIFFRACTION83
2.6341-2.89920.20281600.1382709X-RAY DIFFRACTION81
2.8992-3.31860.15311550.14112858X-RAY DIFFRACTION85
3.3186-4.18060.15051450.12322934X-RAY DIFFRACTION87
4.1806-44.36260.16661240.13622577X-RAY DIFFRACTION76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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