PDB-4wop: Nucleotide Triphosphate Promiscuity in Mycobacterium tuberculosis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wop

タイトル

Nucleotide Triphosphate Promiscuity in Mycobacterium tuberculosis Dethiobiotin Synthetase

要素

ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

キーワード

LIGASE / biotin protein ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 / 解像度: 2.393 Å

データ登録者

Salaemae, W. / Yap, M.Y. / Wegener, K.L. / Booker, G.W. / Wilce, M.C.J. / Polyak, S.W.

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Nucleotide triphosphate promiscuity in Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase.
著者: Salaemae, W. / Yap, M.Y. / Wegener, K.L. / Booker, G.W. / Wilce, M.C. / Polyak, S.W.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月27日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wop.cif.gz	332 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wop.ent.gz	272.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6nvd-1 6cve-1 6nmz-1 6nnz-1 6e06-1 6cze-2 6cvf-1 6nve-2 6nmz-2 6nwg-1 6cze-1 6cvv-2 6cvf-2 6cvv-1 6nkb-1 6nvc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

ヘテロ分子

91.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.560, 104.330, 152.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase 分子量: 22356.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: bioD, MRA_1582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U2S7, UniProt: P9WPQ5*PLUS, dethiobiotin synthase
#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Crystals grew from the following range of buffers: 0.8 - 1.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 7 - 8.5 with 10 % glycerol.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.39→37 Å / Num. all: 182745 / Num. obs: 64617 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / R_merge F obs: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 182745

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.39-2.54		0.695	0.554	1.94	27990	10681	10151	0.692	95
2.54-2.71		0.801	0.406	2.63	28555	10079	10056	0.505	99.8
2.71-2.93		0.892	0.268	4.11	26573	9315	9302	0.332	99.9
2.93-3.21		0.954	0.167	6.46	24853	8679	8664	0.207	99.8
3.21-3.58		0.986	0.098	10.68	21997	7757	7668	0.122	98.9
3.58-4.13		0.99	0.068	16.21	16139	6895	6080	0.086	88.2
4.13-5.05		0.996	0.046	20.63	16514	5811	5716	0.057	98.4
5.05-7.1		0.995	0.05	18.67	12979	4489	4471	0.062	99.6
	7.1	0.999	0.025	31.36	7145	2546	2509	0.03	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 2.393→37 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	3247	5.03 %
R_work	0.1805	61358	-
obs	0.1842	64605	97.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.42 Å² / B_iso mean: 38.0978 Å² / B_iso min: 15.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.393→37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6257	0	112	344	6713
B_iso mean	-	-	55.79	36.48	-
残基数	-	-	-	-	900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	8884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1115
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1151
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.824	2249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3932-2.4289	0.3655	120	0.3144	2243	2363	82
2.4289-2.4669	0.379	146	0.2762	2752	2898	100
2.4669-2.5073	0.2928	148	0.2449	2717	2865	100
2.5073-2.5505	0.3805	143	0.2472	2697	2840	100
2.5505-2.5969	0.3074	149	0.2472	2801	2950	100
2.5969-2.6468	0.3303	140	0.249	2661	2801	100
2.6468-2.7009	0.3577	144	0.2334	2749	2893	100
2.7009-2.7596	0.2956	146	0.2097	2724	2870	100
2.7596-2.8238	0.2778	145	0.208	2716	2861	100
2.8238-2.8944	0.264	147	0.2082	2752	2899	100
2.8944-2.9726	0.244	146	0.1852	2712	2858	100
2.9726-3.0601	0.2667	145	0.1902	2741	2886	100
3.0601-3.1588	0.276	141	0.1923	2728	2869	100
3.1588-3.2717	0.2837	140	0.175	2742	2882	100
3.2717-3.4026	0.2348	145	0.1711	2736	2881	100
3.4026-3.5575	0.2571	143	0.1779	2677	2820	99
3.5575-3.7449	0.2836	136	0.1994	2530	2666	93
3.7449-3.9794	0.2598	132	0.1716	2580	2712	94
3.9794-4.2865	0.2676	116	0.195	2242	2358	82
4.2865-4.7175	0.1755	140	0.1257	2718	2858	99
4.7175-5.3992	0.2145	141	0.1314	2734	2875	99
5.3992-6.7989	0.2119	145	0.139	2719	2864	100
6.7989-46.0913	0.1417	149	0.1167	2687	2836	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.837	0.311	-0.2038	2.4773	-0.0032	3.0247	-0.0043	-0.3129	0.3269	-0.1901	0.1473	-0.0812	-0.1542	-0.1493	0.0598	0.2929	0.0419	0.0355	0.2159	-0.0228	0.1892	14.3714	28.6649	-14.6123
2	4.3507	1.7751	-0.4393	2.1329	0.3364	1.4812	-0.0636	-0.1815	0.0909	-0.044	-0.0641	0.0525	-0.2271	0.0714	-0.0303	0.4051	-0.0125	0.0225	0.3077	-0.0362	0.2408	22.4417	35.7273	-12.183
3	2.8259	0.4922	-0.2138	1.7393	0.2161	2.1052	0.1021	-0.1128	0.4642	0.4246	-0.107	0.1675	-0.3079	0.0186	0.0106	0.49	-0.0302	-0.0063	0.3022	-0.0548	0.2969	22.9187	37.8783	-12.3079
4	3.1623	0.8239	0.6248	5.0347	-0.5415	2.5346	0.268	-0.1894	0.1252	0.2436	-0.25	-0.4861	-0.055	0.6284	0.0544	0.4509	-0.1187	-0.0357	0.4987	-0.0096	0.2293	38.9395	34.1663	-15.0249
5	3.3199	0.3298	-0.0091	1.6798	0.2698	1.8415	-0.0497	-0.8279	0.1335	0.3276	-0.0221	0.0116	0.2047	0.1371	0.0499	0.4387	0	-0.0047	0.4638	0.0184	0.2194	22.7083	25.9107	-3.5376
6	2.2166	0.7373	-0.0914	5.4156	0.483	5.8638	0.0647	0.0652	0.0458	0.3066	-0.1767	-0.3799	-0.2973	0.7453	0.0546	0.4118	-0.0287	-0.0121	0.3214	0.0162	0.1919	32.4377	24.1819	-16.5728
7	2.3228	0.6344	-0.2372	2.3111	0.0643	3.4909	-0.1394	-0.0829	-0.242	-0.1581	0.041	-0.124	0.0258	-0.0371	0.0607	0.3268	-0.01	0.0192	0.2506	0.0112	0.2594	21.7925	18.8302	-21.5072
8	2.9826	0.7927	0.262	2.3409	0.4226	4.1267	0.0303	-0.1541	0.172	-0.2008	0.022	0.2452	-0.3302	-0.3453	0.0313	0.2576	0.0211	0.0307	0.2167	0.0036	0.1903	11.6718	24.2055	-25.142
9	2.474	0.5756	-0.0082	3.2126	-1.7137	5.6312	-0.3513	0.1756	0.0155	-0.3718	-0.0701	0.0741	0.5519	-0.1896	0.1089	0.4334	-0.0112	-0.0879	0.3511	-0.0486	0.3392	9.3906	19.773	-32.9569
10	2.2939	0.2689	-0.2603	2.7103	0.2772	3.029	0.0917	0.0631	0.171	0.1941	-0.1954	0.4734	-0.4185	-0.6491	0.0726	0.2152	0.0306	-0.0166	0.3766	-0.0651	0.2667	5.5056	29.2326	-17.2257
11	2.9299	1.1604	0.0978	1.5936	1.3378	2.2536	0.0256	0.1351	-0.011	0.0335	-0.0715	0.1807	0.1811	-0.2005	0.0833	0.3678	0.0063	0.0038	0.2551	0.007	0.2433	27.7466	14.6516	-49.1328
12	1.8639	0.5987	-0.3826	2.1378	0.3179	3.0787	0.0084	-0.0722	-0.0628	0.2186	0.0255	-0.0764	0.0186	0.1686	-0.039	0.274	0.0159	-0.0157	0.2424	-0.0223	0.2145	35.7355	20.3936	-37.5463
13	2.5651	1.1765	-0.4458	1.3857	1.005	3.0119	0.005	-0.1042	0.3782	-0.1033	-0.0004	-0.0708	-0.5941	-0.279	0.0884	0.4104	0.0331	-0.0124	0.211	-0.033	0.3955	-2.1143	1.7555	-23.4057
14	2.4834	0.4612	-0.2221	2.5988	0.3572	2.1205	-0.0356	0.1376	-0.0826	-0.1885	0.1018	0.201	-0.1142	-0.0366	-0.1007	0.3617	0.0354	-0.0355	0.2266	-0.0157	0.2227	4.87	-7.8806	-29.1601
15	3.5985	0.3037	0.9165	2.6135	0.3552	3.6752	0.0279	0.5006	0.3089	-0.0886	0.1918	0.1925	-0.1207	0.1951	-0.0568	0.3316	0.0319	0.0068	0.2133	0.0166	0.2915	5.3324	3.6187	-27.4689
16	2.1379	0.294	0.2842	2.3861	0.7638	3.2102	0.0229	-0.2397	0.0191	-0.0849	-0.1248	0.5762	0.0497	-0.455	-0.0175	0.2277	0.0673	0.0061	0.3016	0.0186	0.3936	-7.0405	-5.9343	-15.797
17	1.6196	0.4633	0.0712	1.3695	-0.3946	4.2368	0.0028	0.0438	-0.2623	0.0496	-0.0464	-0.0984	0.2029	0.2744	-0.0361	0.3875	0.0395	-0.0085	0.3067	0.0228	0.3052	12.5661	-11.4047	12.1242
18	3.2223	1.0188	0.4871	2.12	-0.1596	4.1114	0.066	0.0736	0.2168	0.1076	-0.1034	0.2367	-0.0504	-0.2479	-0.0756	0.3341	0.0109	0.023	0.2566	0.0133	0.193	0.8147	-6.7882	14.0315
19	2.6705	0.1728	0.0192	5.087	-0.4458	7.626	-0.0511	0.0089	0.1011	0.0457	-0.0062	0.7623	0.0457	-0.6691	-0.0747	0.3579	-0.0046	0.0757	0.3509	0.0472	0.2468	-1.3795	-2.9729	5.3342
20	1.0545	0.4536	0.015	1.8027	-0.2071	4.6849	0.0642	0.1428	-0.0934	-0.2958	0.0014	-0.1177	0.0161	0.5511	-0.0311	0.3483	0.0358	0.0174	0.306	0.0127	0.2541	14.3501	-3.3919	-3.4993
21	2.1344	0.3012	0.0723	3.1263	-0.1073	5.1367	0.3362	0.2179	-0.3439	0.6306	-0.4178	-0.4339	0.2784	1.2476	0.0167	0.323	0.0717	-0.0255	0.5973	0.0044	0.3226	24.6003	-10.2511	6.9923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 29 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 73 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 74 through 87 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 108 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 109 through 123 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 124 through 159 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 160 through 176 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 177 through 189 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 190 through 225 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 108 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 109 through 225 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid -2 through 14 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 15 through 87 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 88 through 123 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 124 through 225 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 63 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 64 through 108 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 109 through 123 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 124 through 189 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 190 through 225 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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