PDB-4wok: Crystal structure of UDP-glucose 4-epimerase from Brucella ovis i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wok

タイトル

Crystal structure of UDP-glucose 4-epimerase from Brucella ovis in complex with NAD

要素

UDP-glucose 4-epimerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / UDP-glucose 4-epimerase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucose 4-epimerase / UDP-glucose 4-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway / galactose metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella ovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of UDP-glucose 4-epimerase from Brucella ovis in complex with NAD
著者: SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2014年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wok.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wok.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c20S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4twr-d 5abq-d 5hd6-1 5os5-d 5dpv-d 3fmu-d 2dwb-d 6vre-1 2p5y-d 3fdn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrovA.00085.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-glucose 4-epimerase

ヘテロ分子

37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.480, 86.460, 126.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- HOH
2	1	A-538- HOH
3	1	A-577- HOH
4	1	A-582- HOH

#1: タンパク質	UDP-glucose 4-epimerase 分子量: 36258.766 Da / 分子数: 1 / 断片: BrovA.00085.C / 変異: V68A, Y321H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella ovis (バクテリア) / 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: galE-1, BOV_A0474 / プラスミド: BrovA.00085.c.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A5VUK4, UniProt: A0A0H3ASR6*PLUS, UDP-glucose 4-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MCSG1 screen, g11 40% PEG 300, 100mM NaPhosphate pH 4.2; BrovA.00085.c.B1.PS02133 at 15mg/ml, supplemented with 2.5mM NAD; direct cryo; tray 257996g11, puck kpy8-8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 36273 / Num. obs: 36182 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.87 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_rim(I) all: 0.04 / R_sym value: 0.035 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 26.39 / Num. measured all: 170114

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9		2.8	0.768	0.556	2.01	7333	2648	2625	0.693	99.1
1.9-1.95			0.854	0.374	3.1	7593	2612	2600	0.462	99.5
1.95-2.01			0.89	0.324	3.7	7476	2485	2476	0.396	99.6
2.01-2.07			0.94	0.22	5.52	7597	2435	2431	0.267	99.8
2.07-2.14			0.96	0.185	7.33	8224	2385	2377	0.219	99.7
2.14-2.21			0.981	0.147	10.35	9397	2283	2279	0.169	99.8
2.21-2.29			0.987	0.114	13.85	9520	2198	2195	0.13	99.9
2.29-2.39			0.991	0.101	15.54	9751	2156	2151	0.115	99.8
2.39-2.49			0.995	0.073	20.64	9659	2039	2036	0.082	99.9
2.49-2.62			0.997	0.065	23.37	9971	1973	1971	0.073	99.9
2.62-2.76			0.998	0.057	27.6	10427	1890	1887	0.063	99.8
2.76-2.93			0.999	0.049	34.27	11362	1757	1755	0.053	99.9
2.93-3.13			0.999	0.038	42.04	11146	1659	1659	0.042	100
3.13-3.38			0.999	0.029	52.47	10541	1575	1575	0.031	100
3.38-3.7			1	0.024	65.92	9618	1436	1436	0.026	100
3.7-4.14			1	0.021	73.06	8800	1324	1324	0.023	100
4.14-4.78			1	0.019	79.62	7709	1170	1170	0.021	100
4.78-5.85			1	0.02	76.96	6458	991	991	0.021	100
5.85-8.27			1	0.02	77.08	4966	787	787	0.022	100
	8.27		0.999	0.019	87.59	2566	470	457	0.021	97.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	38.07 Å
Translation	2 Å	38.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE	2.5.6	データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2c20, modified with CCP4 program CHAINSAW

2c20

解像度: 1.85→43.23 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1993	1810	5 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.167	34369	-	-
obs	0.1686	36179	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.87 Å² / B_iso mean: 35.5764 Å² / B_iso min: 13.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→43.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2418	0	50	242	2710
B_iso mean	-	-	28.88	41.1	-
残基数	-	-	-	-	325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2612
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	3583
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	468
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.862	924

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.9001	0.3546	138	0.2824	2603	2741	99
1.9001-1.956	0.2864	136	0.2428	2589	2725	100
1.956-2.0191	0.2838	142	0.2212	2604	2746	100
2.0191-2.0913	0.2539	130	0.2012	2630	2760	100
2.0913-2.175	0.2242	138	0.1887	2598	2736	100
2.175-2.274	0.213	141	0.1753	2628	2769	100
2.274-2.3939	0.214	141	0.1761	2643	2784	100
2.3939-2.5438	0.1862	133	0.1653	2623	2756	100
2.5438-2.7402	0.2174	140	0.169	2643	2783	100
2.7402-3.0159	0.2095	137	0.1703	2647	2784	100
3.0159-3.4522	0.1932	142	0.1664	2677	2819	100
3.4522-4.3487	0.1806	143	0.1378	2684	2827	100
4.3487-43.2418	0.1487	149	0.1446	2800	2949	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7863	-0.0716	-0.3878	1.4368	0.4463	1.5489	0.0335	0.229	0.0118	-0.1922	-0.1893	-0.1627	-0.1195	0.4653	0.1204	0.1664	-0.0011	0.0118	0.2737	0.1176	0.2005	12.2416	6.0299	42.9859
2	1.9021	0.2229	-0.4121	1.0533	0.0936	2.0475	0.042	0.0537	0.3131	-0.028	-0.1987	-0.0739	-0.3317	0.0667	0.1462	0.209	-0.0247	-0.0312	0.1783	0.0599	0.2134	5.5873	15.2871	55.3578
3	0.2943	0.3625	-0.1528	0.798	-0.0512	1.5331	-0.0612	0.3021	0.3274	-0.1124	-0.0955	0.0026	-0.4403	0.1356	0.0579	0.3496	-0.0152	-0.0398	0.3163	0.1893	0.3618	3.9146	22.1108	39.9922
4	0.0882	0.0514	-0.1346	0.3813	0.1247	0.8238	0.0019	0.2143	0.2247	-0.1319	-0.0797	-0.0418	-0.4651	-0.0314	-0.1765	0.475	-0.0052	-0.0884	0.4708	0.2698	0.4451	0.5311	26.7853	33.2395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 56 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 161 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 260 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 261 through 327 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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