PDB-4wnc: Crystal structure of human wild-type GAPDH at 1.99 angstroms reso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wnc

タイトル

Crystal structure of human wild-type GAPDH at 1.99 angstroms resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / glycolytic / Rossman fold / NAD-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / peptidyl-cysteine S-nitrosylase activity / killing by host of symbiont cells / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / negative regulation of endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / GAIT complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Garcin, E.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Dimer Interface Mutation in Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase Regulates Its Binding to AU-rich RNA.
著者: White, M.R. / Khan, M.M. / Deredge, D. / Ross, C.R. / Quintyn, R. / Zucconi, B.E. / Wysocki, V.H. / Wintrode, P.L. / Wilson, G.M. / Garcin, E.D.

履歴

登録	2014年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wnc.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wnc.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wnc_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wnc_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4wnc_validation.xml.gz	114.3 KB	表示
CIF形式データ	4wnc_validation.cif.gz	169.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wniC 1u8fS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pfw-1 1dss-1 6lgm-d 2b4t-d 5c7o-1 6lgk-d 1szj-1 1j0x-d 5c7i-1 4wni-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

293 kDa, 8 ポリマー
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1

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
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2

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.537, 81.423, 147.802
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase GAPDH 分子量: 36099.168 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPDH, GAPD, CDABP0047, OK/SW-cl.12 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRIPL 参照: UniProt: P04406, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating), 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 20% (w/v) PEG6000, 0.1 M sodium acetate, 0.01 M ZnCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.116 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.116 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 216430 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.311 / Net I/av σ(I): 11.221 / Net I/σ(I): 19.1 / Num. measured all: 795088

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.99-2.02	3.3	0.336	10672	2.387	99.9
2.02-2.06	3.6	0.31	10789	2.05	100
2.06-2.1	3.6	0.314	10772	1.964	99.8
2.1-2.14	3.7	0.236	10812	1.498	100
2.14-2.19	3.7	0.208	10737	1.391	100
2.19-2.24	3.7	0.196	10763	1.449	100
2.24-2.3	3.6	0.198	10768	1.487	99.9
2.3-2.36	3.7	0.154	10836	1.137	100
2.36-2.43	3.7	0.141	10720	1.116	100
2.43-2.51	3.7	0.131	10842	1.171	100
2.51-2.6	3.7	0.116	10840	1.125	100
2.6-2.7	3.7	0.118	10737	1.149	99.9
2.7-2.82	3.7	0.099	10868	1.102	100
2.82-2.97	3.7	0.088	10794	1.04	100
2.97-3.16	3.7	0.077	10851	1.082	99.9
3.16-3.4	3.7	0.07	10840	1.067	100
3.4-3.74	3.7	0.071	10859	1.108	99.9
3.74-4.29	3.7	0.065	10901	1.083	99.9
4.29-5.4	3.6	0.05	10934	1.041	99.9
5.4-50	3.7	0.04	11095	1.038	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類	NB
PHENIX	精密化
Blu-Ice	データ収集
HKL-2000	データスケーリング
SCALEPACK	データスケーリング
PHASER	位相決定
Coot	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8F

1u8f

解像度: 1.99→49.361 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.179	2000	0.93 %
R_work	0.1387	213842	-
obs	0.139	215842	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.82 Å² / B_iso mean: 24.7573 Å² / B_iso min: 5.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→49.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20184	0	440	2399	23023
B_iso mean	-	-	31.18	33.1	-
残基数	-	-	-	-	2664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	20909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	28361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	3215
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.928	7475

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9861-2.0357	0.1896	135	0.1634	14642	14777	96
2.0357-2.0908	0.2012	137	0.1614	15125	15262	99
2.0908-2.1523	0.1972	140	0.147	15200	15340	100
2.1523-2.2218	0.1888	144	0.1393	15224	15368	100
2.2218-2.3012	0.1847	145	0.1434	15193	15338	99
2.3012-2.3933	0.1803	144	0.1331	15357	15501	100
2.3933-2.5022	0.2137	145	0.1377	15279	15424	100
2.5022-2.6341	0.1863	142	0.1345	15313	15455	100
2.6341-2.7992	0.2402	139	0.147	15304	15443	100
2.7992-3.0152	0.1866	143	0.1497	15368	15511	100
3.0152-3.3186	0.1601	145	0.1423	15342	15487	100
3.3186-3.7987	0.2253	144	0.1333	15415	15559	100
3.7987-4.7853	0.1191	145	0.1122	15470	15615	100
4.7853-49.3766	0.1547	152	0.1462	15610	15762	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.466	0.1539	-0.0988	1.5443	0.5695	1.3449	-0.0266	-0.0539	-0.0291	0.1022	0.0493	0.1658	0.1184	-0.0296	-0.0179	0.0953	-0.015	0.0288	0.0932	0.0244	0.1552	-52.931	-24.5069	-52.9216
2	1.6851	0.6034	1.2947	0.3352	0.5139	1.7842	0.0369	0.0362	-0.1339	-0.0321	0.0139	-0.0067	0.1719	-0.0269	-0.074	0.1223	-0.0055	0.0013	0.0628	0.0076	0.1152	-38.3618	-18.0588	-70.9521
3	0.7524	0.2011	0.0516	0.8135	0.1107	1.1186	-0.0084	0.0938	0.0129	-0.1274	0.0398	0.1255	-0.0011	-0.0804	-0.0255	0.0832	-0.01	-0.0199	0.0718	0.0139	0.1209	-49.0681	-11.1559	-74.7701
4	0.2589	-0.0541	-0.2253	1.3949	-0.8929	1.8138	-0.0057	0.0504	-0.0123	-0.0706	0.0903	-0.0319	0.1251	-0.1174	-0.0741	0.0703	-0.0042	0.0104	0.0855	-0.0141	0.1484	-13.1219	-58.2843	-132.0227
5	1.4016	-0.4504	1.1629	0.4841	-0.5953	2.1985	0.0431	-0.0071	-0.1637	0.0208	0.0054	0.0036	0.25	0.0811	-0.0502	0.1427	0.018	0.0422	0.0723	0.0044	0.1516	-30.1345	-50.4911	-117.3887
6	4.2854	-3.6785	5.0669	3.6274	-4.373	7.3006	0.0529	-0.038	-0.3446	0.0107	0.0592	0.1554	0.2828	0.0007	-0.0881	0.1069	0.0124	0.0562	0.0885	0.0047	0.1855	-31.7541	-53.3159	-116.0299
7	1.0263	-0.6571	0.0509	0.9178	-0.0023	0.548	-0.0413	-0.1565	-0.003	0.1398	0.067	-0.0449	-0.0335	0.0001	-0.0212	0.097	0.0077	0.0105	0.0819	0.0044	0.1064	-20.6757	-44.8249	-111.2296
8	0.257	-0.0658	0.2921	1.1799	0.7301	1.5198	-0.0245	0.0399	0.0175	-0.051	0.0912	0.015	-0.1127	0.1153	0.028	0.0755	-0.0061	0.0199	0.0863	0.0104	0.1484	-52.9545	23.0222	-58.1413
9	0.8008	-0.3719	-0.5688	0.6954	0.4337	1.2416	0.006	-0.0258	0.1291	0.0272	0.0099	-0.0105	-0.1996	-0.0761	-0.0932	0.1204	0.0217	-0.0257	0.0814	-0.0055	0.1392	-35.9864	15.2301	-43.495
10	3.3419	-2.52	-3.312	3.0063	3.036	4.5974	0.0479	-0.0279	0.3756	0.0148	0.048	-0.1599	-0.2486	-0.0226	-0.1951	0.1107	0.0218	-0.0274	0.1007	-0.0066	0.184	-34.3711	18.0509	-42.1442
11	0.8665	-0.5861	-0.0233	0.9958	-0.0861	0.5562	-0.0631	-0.1412	-0.008	0.1571	0.0808	0.0449	0.0296	-0.0143	0.0388	0.1022	0.0151	0.0213	0.0869	-0.0034	0.1083	-45.4586	9.5566	-37.3366
12	0.4866	-0.3059	0.3737	0.6741	0.2853	2.4055	0.0039	0.0412	-0.0429	0.0192	-0.0941	-0.0413	0.1389	-0.1636	-0.0164	0.0819	0.0073	0.0168	0.1591	-0.0054	0.1219	-11.3712	-18.6079	-43.1363
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39	1.2429	0.535	0.1394	1.1858	0.1357	1.1907	-0.0553	0.1507	0.1013	-0.1	0.0765	0.1867	-0.0357	-0.3103	0.014	0.0869	0.0033	-0.0121	0.1652	0.0064	0.131	-48.5411	-26.6571	-152.1088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'O' and (resid 3 through 151 )	O
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'O' and (resid 152 through 227 )	O
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'O' and (resid 228 through 335 )	O
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 3 through 151 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 152 through 199 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 227 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 228 through 335 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 151 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 152 through 199 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 200 through 227 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 228 through 335 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 3 through 151 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 152 through 227 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 228 through 335 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 3 through 112 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 113 through 151 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 152 through 199 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 200 through 227 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 228 through 254 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 255 through 335 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 3 through 34 )	E
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 35 through 69 )	E
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 70 through 136 )	E
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 137 through 151 )	E
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 152 through 199 )	E
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 200 through 227 )	E
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 228 through 254 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 255 through 335 )	E
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 3 through 151 )	F
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 152 through 199 )	F
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 200 through 227 )	F
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 228 through 335 )	F
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 3 through 34 )	G
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 35 through 69 )	G
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 70 through 151 )	G
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 200 through 227 )	G
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 228 through 254 )	G
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 255 through 335 )	G

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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