PDB-4wnb: Crystal structure of the ChsH1-ChsH2 complex from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wnb

タイトル

Crystal structure of the ChsH1-ChsH2 complex from Mycobacterium tuberculosis bound to 3-OPC-CoA

要素

Hydratase ChsH1
Hydratase ChsH2

キーワード

LYASE

機能・相同性

Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Roll / Alpha Beta / 3-oxo-4-pregnene-20-carboxyl-Coenzyme A / : / : / :

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis KZN 4207 (結核菌)

Mycobacterium tuberculosis C (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Guja, K.E. / Yang, M. / Sampson, N. / Garcia-Diaz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A Distinct MaoC-like Enoyl-CoA Hydratase Architecture Mediates Cholesterol Catabolism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Yang, M. / Guja, K.E. / Thomas, S.T. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.

履歴

登録	2014年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年10月29日	ID: 4W7B
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wnb.cif.gz	140.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wnb.ent.gz	108.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wnb_validation.pdf.gz	755.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wnb_full_validation.pdf.gz	762 KB	表示
XML形式データ	4wnb_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4wnb_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w78C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pw0-2 3om3-2 3dtu-2 4zm3-2 3fye-2 4f9d-2 1bjw-d 3omi-2 1toj-1 6ci0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydratase ChsH2

B: Hydratase ChsH1

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydratase ChsH2

B: Hydratase ChsH1

ヘテロ分子

A: Hydratase ChsH2

B: Hydratase ChsH1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.882, 51.882, 436.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-346- HOH
2	1	B-314- HOH
3	1	B-318- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hydratase ChsH2 分子量: 20213.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis KZN 4207 (結核菌) 遺伝子: TBSG_03608, V459_03372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1SFB1
#2: タンパク質	Hydratase ChsH1 分子量: 13965.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis C (結核菌) 遺伝子: TBCG_03470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2VPV3

-
非ポリマー , 4種, 269分子

#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-4BN / 3-oxo-4-pregnene-20-carboxyl-Coenzyme A 分子量: 1094.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₆₆N₇O₁₈P₃S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 mM CaCl2, 20 mM CdCl2, 20mM CoCl2, 20 mM NaCl, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→72.7 Å / Num. obs: 40369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS	autoPROC	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→72.7 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2548	1824	5 %	Random selection
R_work	0.2158	-	-	-
obs	0.2176	36445	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→72.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2229	0	75	265	2569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	3276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.15	870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8076	0.3261	156	0.2932	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8608	0.3047	156	0.2753	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8608-1.9209	0.3179	125	0.265	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9209-1.9895	0.2752	145	0.2621	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.0692	0.2712	120	0.252	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0692-2.1634	0.2833	145	0.2385	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.2774	0.2577	136	0.2353	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.4201	0.2331	137	0.2236	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4201-2.607	0.2766	143	0.2314	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.8694	0.3007	126	0.2212	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8694-3.2846	0.267	167	0.2196	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2846-4.1382	0.2126	131	0.1801	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1382-72.7679	0.2161	137	0.1846	3034	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.295	-0.1813	1.1674	1.5318	0.3298	2.6921	-0.0553	-0.4022	0.1426	0.3115	-0.0123	-0.2398	-0.178	-0.2013	0.0523	0.2212	0.1166	-0.0098	0.5174	-0.0315	0.2097	16.5513	27.2839	-8.6166
2	0.9463	-0.1393	0.0116	0.4017	0.595	0.9343	-0.0058	0.0409	-0.128	-0.0021	-0.1424	0.2393	0.0576	-0.6555	0.1004	0.0296	0.0097	0.0198	0.6374	-0.0491	0.2526	1.0153	16.1166	-31.8694
3	0.1113	0.2846	0.6012	0.8426	1.7695	3.7347	-0.0277	-0.3884	0.1539	0.1191	0.0705	-0.2764	-0.1747	0.0815	-0.0591	0.263	0.0071	0.0264	0.3706	-0.0329	0.268	18.6172	29.1895	-19.4162
4	1.9816	-2.0873	-0.135	3.6111	-0.4448	3.1255	-0.074	-0.3734	0.1616	0.2531	0.1759	-0.4506	0.0036	0.1038	-0.0946	0.2288	-0.0104	-0.0477	0.6237	-0.0599	0.3514	26.0291	23.9472	-7.902
5	1.8858	-0.3397	0.3864	1.5157	0.6149	1.0285	-0.014	-0.2983	-0.0917	0.2439	0.0111	-0.1193	0.1909	-0.1851	-0.0133	0.1792	0.0759	0.007	0.5669	0.0136	0.181	13.1423	17.1053	-13.148
6	5.4289	-2.167	3.4728	2.7864	-1.2072	3.5564	-0.1192	-0.4038	0.0878	0.2758	0.1292	-0.3001	0.1521	-0.2055	0.031	0.2169	0.1402	-0.0428	0.4789	-0.0186	0.2015	14.9344	18.4708	-9.5003
7	4.3079	-1.4779	1.186	1.8508	-0.2267	1.3253	-0.1807	-0.3393	0.0171	0.2901	0.1587	-0.2061	0.0789	-0.1567	0.0294	0.2123	0.125	-0.0281	0.5255	-0.0133	0.2285	13.8816	17.7512	-11.9895
8	0.3016	0.5169	-0.8328	1.8596	-0.851	2.9962	-0.1127	-0.4415	-0.3496	0.6797	-0.251	0.1938	0.6696	-0.6733	0.3609	0.8113	-0.4449	0.142	0.7037	0.0353	0.6153	0.7176	-6.5872	-22.9742
9	6.134	2.688	0.7163	4.596	1.2331	2.7441	-0.1967	-0.0384	-0.4574	-0.0702	0.1203	-0.1493	0.442	-0.232	0.0601	0.3574	-0.0559	-0.0093	0.1195	-0.005	0.3148	16.1995	1.065	-34.3743
10	2.9855	-1.0195	-0.5968	2.6458	1.4629	2.6175	0.0005	-0.1043	-0.1801	0.0305	0.0211	-0.0087	0.1209	-0.1025	-0.0026	0.0625	0.0083	-0.0041	0.0818	0.0246	0.1728	17.7849	13.2767	-33.7928
11	2.8764	-1.4658	-0.4922	1.7336	0.2661	1.8483	-0.0176	-0.1378	0.0898	0.0738	0.0484	-0.1519	0.0285	0.1459	-0.0288	0.0617	0.0732	-0.0211	0.1502	-0.0047	0.2095	22.0869	19.0449	-28.8918
12	3.3568	0.0078	-0.3065	0.7208	-0.1267	0.7607	-0.0241	-0.2326	-0.0922	0.1255	0.0543	-0.2683	0.1013	0.2024	0.0142	0.1247	0.1604	-0.0491	0.2673	0.0111	0.2542	29.4554	11.3571	-27.8575
13	2.1054	1.1614	-0.1543	1.4012	0.6989	1.1118	0.0533	-0.1041	-0.4336	0.0519	-0.1806	0.1576	0.5616	-0.6918	0.09	0.3347	-0.2052	0.0429	0.3809	0.0239	0.2499	6.7344	6.2935	-26.3948
14	2.4966	0.9787	-1.0257	1.1582	0.8021	2.7436	0.0487	-0.373	-0.2236	0.0213	-0.1595	0.1074	0.3709	-0.751	0.0977	0.3097	-0.2319	0.0436	0.4797	0.0413	0.2219	3.0886	7.7284	-20.2205
15	1.1658	0.1282	-0.5007	1.1889	-0.6449	0.5109	-0.0806	-0.162	-0.1847	0.175	0.0821	-0.1893	0.2827	0.1249	0.0028	0.3975	0.1288	-0.0402	0.1353	0.0363	0.3162	23.4735	3.4195	-28.0881
16	3.7001	0.4791	-2.2067	1.1629	0.268	3.6567	-0.0458	-0.4084	-0.4482	0.5164	-0.1466	0.2645	0.6649	-0.6074	0.2159	0.7317	-0.2636	0.1092	0.4331	0.0674	0.4706	6.2612	-2.8533	-21.3239
17	2.1259	-0.3799	-0.5853	1.7482	0.5709	2.3761	-0.0706	-0.2918	-0.5514	0.4377	-0.1224	0.2469	0.6336	-0.6159	0.1762	0.6175	-0.234	0.0767	0.4085	0.0978	0.3278	7.6693	1.0326	-19.5583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 97 through 138 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 169 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 10 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 11 through 16 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 17 through 27 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 28 through 36 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 37 through 51 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 52 through 67 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 68 through 80 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 81 through 88 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 89 through 100 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 101 through 126 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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