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- PDB-4wn0: Xenopus laevis embryonic epidermal lectin in complex with glycero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wn0
タイトルXenopus laevis embryonic epidermal lectin in complex with glycerol phosphate
要素XEEL protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / carbohydrate-binding protein / calcium / trimer / fibrinogen-like domain / X-type lectin / innate immunity / glycerol phosphate / microbial epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / protein hexamerization / transport vesicle / secretory granule / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Intelectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structures of Xenopus Embryonic Epidermal Lectin Reveal a Conserved Mechanism of Microbial Glycan Recognition.
著者: Wangkanont, K. / Wesener, D.A. / Vidani, J.A. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
履歴
登録2014年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XEEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,99310
ポリマ－31,6531
非ポリマー1,3409
水3,009167
1
A: XEEL protein
ヘテロ分子

A: XEEL protein
ヘテロ分子

A: XEEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,98030
ポリマ－94,9593
非ポリマー4,02127
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area11140 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.628, 124.628, 55.585
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
詳細The biological unit is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -x+y+1, -x, z and -y, x-y-1, z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 XEEL protein


分子量: 31653.029 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XEEL / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q5PPM0

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非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20-24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30.4 Å / Num. obs: 25366 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.89 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.127 / Χ2: 0.925 / Net I/av σ(I): 19.421 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 285681
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.2-2.2811.10.75525260.8660.2370.7920.822
2.28-2.3711.30.63324970.9090.1960.6630.838
2.37-2.4811.40.4925150.9390.1520.5130.851
2.48-2.6111.40.38625240.9650.1190.4040.839
2.61-2.7711.40.27625310.9760.0850.2890.91
2.77-2.9911.40.2125200.9880.0650.220.934
2.99-3.2911.40.13925440.9930.0430.1460.95
3.29-3.7611.40.09725240.9970.030.1011.106
3.76-4.7311.20.06825630.9980.0210.0711.197
4.73-30.410.60.04826220.9980.0160.0510.796

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.72 Å30.2 Å
Translation6.72 Å30.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.935 Å / FOM work R set: 0.9043 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1692 1264 4.99 %random
Rwork0.1515 24092 --
obs0.1524 25356 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.4 Å2 / Biso mean: 25.8 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→29.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 0 82 167 2388
Biso mean--52.27 33.71 -
残基数----277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0893139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.631849
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1957-2.28360.23631380.19772616275499
2.2836-2.38740.21881380.1826792817100
2.3874-2.51330.22151400.168926422782100
2.5133-2.67060.19091420.161926742816100
2.6706-2.87670.17151400.148426572797100
2.8767-3.16590.18771390.150626782817100
3.1659-3.62330.14511380.139826832821100
3.6233-4.56240.15951380.12827062844100
4.5624-29.93740.14171510.160127572908100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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