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- PDB-4wmy: Structure of Human intelectin-1 in complex with allyl-beta-galact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wmy
タイトルStructure of Human intelectin-1 in complex with allyl-beta-galactofuranose
要素Intelectin-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / disulfide-linked / carbohydrate-binding / innate immunity / calcium / microbe-binding / microbe-specific / galactose / galactofuranose / diol
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / response to nematode / Antimicrobial peptides / protein homotrimerization / side of membrane / positive regulation of glucose import / brush border membrane / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft ...oligosaccharide binding / response to nematode / Antimicrobial peptides / protein homotrimerization / side of membrane / positive regulation of glucose import / brush border membrane / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / calcium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
prop-2-en-1-yl beta-D-galactofuranoside / Intelectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Recognition of microbial glycans by human intelectin-1.
著者: Wesener, D.A. / Wangkanont, K. / McBride, R. / Song, X. / Kraft, M.B. / Hodges, H.L. / Zarling, L.C. / Splain, R.A. / Smith, D.F. / Cummings, R.D. / Paulson, J.C. / Forest, K.T. / Kiessling, L.L.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月24日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intelectin-1
B: Intelectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,19810
ポリマ－68,5172
非ポリマー6818
水11,097616
1
A: Intelectin-1
ヘテロ分子

A: Intelectin-1
ヘテロ分子

A: Intelectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,79715
ポリマ－102,7763
非ポリマー1,02112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
2
B: Intelectin-1
ヘテロ分子

B: Intelectin-1
ヘテロ分子

B: Intelectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,79715
ポリマ－102,7763
非ポリマー1,02112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.865, 117.865, 117.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-775-

HOH

21B-742-

HOH

31B-814-

HOH

41B-826-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer. Application of the operations Z,X,Y and Y,Z,X will generate one trimer from the dimer in the asymmetric unit. The peripheral molecules correspond to another distinct trimer.

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要素

#1: タンパク質 Intelectin-1 / ITLN-1 / Endothelial lectin HL-1 / Galactofuranose-binding lectin / Intestinal lactoferrin receptor / Omentin


分子量: 34258.516 Da / 分子数: 2 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITLN1, INTL, ITLN, LFR, UNQ640/PRO1270 / プラスミド: pcDNA4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWA0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-3S6 / prop-2-en-1-yl beta-D-galactofuranoside / prop-2-en-1-yl beta-D-galactoside / prop-2-en-1-yl D-galactoside / prop-2-en-1-yl galactoside / アリルβ-D-ガラクトフラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 220.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00394 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.4 Å / Num. obs: 71869 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 18.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.974 / Net I/av σ(I): 29.455 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 801024
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6610.90.77371340.870.2450.8110.779100
1.66-1.72110.57570840.9250.1810.6030.807100
1.72-1.811.10.38771280.9650.1210.4060.823100
1.8-1.911.20.26871670.9820.0840.2810.849100
1.9-2.0211.20.18271320.9910.0570.1910.936100
2.02-2.1711.20.13471540.9940.0420.1411.109100
2.17-2.3911.30.09571710.9970.0290.0991.015100
2.39-2.7411.30.07472150.9980.0230.0781.008100
2.74-3.4511.30.06472410.9980.020.0681.339100
3.45-30.410.90.04574430.9990.0140.0471.05799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.601→28.586 Å / FOM work R set: 0.8915 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1796 3578 4.98 %random
Rwork0.1546 68253 --
obs0.1559 71831 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.02 Å2 / Biso mean: 21.68 Å2 / Biso min: 7.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→28.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 36 616 5076
Biso mean--30.7 32.55 -
残基数----564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1196651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.251746
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6007-1.65790.26383530.199967807133
1.6579-1.72430.21743620.18367877149
1.7243-1.80270.21223490.171767527101
1.8027-1.89770.19733540.16167907144
1.8977-2.01660.20283560.156867667122
2.0166-2.17230.18723590.147668137172
2.1723-2.39080.17873570.148367807137
2.3908-2.73650.18183560.153568567212
2.7365-3.44670.1743590.155868777236
3.4467-28.5910.15663730.146770527425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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