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- PDB-4wmo: Selenomethionine derivative of Xenopus laevis embryonic epidermal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wmo
タイトルSelenomethionine derivative of Xenopus laevis embryonic epidermal lectin carbohydrate-binding domain
要素XEEL protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / carbohydrate-binding protein / calcium / trimer / fibrinogen-like domain / X-type lectin / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / protein hexamerization / transport vesicle / secretory granule / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structures of Xenopus Embryonic Epidermal Lectin Reveal a Conserved Mechanism of Microbial Glycan Recognition.
著者: Wangkanont, K. / Wesener, D.A. / Vidani, J.A. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: XEEL protein
C: XEEL protein
B: XEEL protein
D: XEEL protein
E: XEEL protein
A: XEEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,94538
ポリマ－191,8886
非ポリマー4,05732
水26,4821470
1
F: XEEL protein
D: XEEL protein
E: XEEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,73418
ポリマ－95,9443
非ポリマー1,79015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
2
C: XEEL protein
B: XEEL protein
A: XEEL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,21120
ポリマ－95,9443
非ポリマー2,26717
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area27510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.654, 111.069, 123.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a trimer. There are 2 biological units in the assymetric unit (chains A, B, & C and chain D, E, & F)

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要素

#1: タンパク質
XEEL protein


分子量: 31981.291 Da / 分子数: 6 / 断片: carbohydrate binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XEEL / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichopulsia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q5PPM0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, 20-24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.4 Å / Num. obs: 129043 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 19.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.18 / Rsym value: 0.168 / Χ2: 1.149 / Net I/av σ(I): 13.714 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 991049
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.387.70.6252.6128850.8970.2410.670.602100
2.38-2.487.70.533128300.9260.2050.5710.624100
2.48-2.597.70.431128490.9510.1650.4620.659100
2.59-2.737.70.331128290.970.1270.3550.737100
2.73-2.97.70.269128510.9780.1030.2880.823100
2.9-3.127.70.215129100.9850.0830.2310.993100
3.12-3.437.70.157129030.9910.060.1681.246100
3.43-3.937.70.11128860.9940.0430.1181.535100
3.93-4.957.60.096129780.9950.0380.1031.953100
4.95-30.47.40.098131220.9940.0390.1052.35599.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→30.087 Å / FOM work R set: 0.8737 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1881 12676 5 %random
Rwork0.1597 241062 --
obs0.1612 253738 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.24 Å2 / Biso mean: 14.61 Å2 / Biso min: 1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12834 0 242 1470 14546
Biso mean--40.44 24.36 -
残基数----1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1718593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.974895
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2973-2.37940.267312540.2152238512510598
2.3794-2.47460.241212640.20252418125445100
2.4746-2.58720.225412620.18942413625398100
2.5872-2.72350.209312440.17322415825402100
2.7235-2.8940.219212440.16642421425458100
2.894-3.11720.196112720.15942420125473100
3.1172-3.43060.186412910.15222416225453100
3.4306-3.9260.144112720.13242416625438100
3.926-4.94280.151712980.12672416325461100
4.9428-30.090.173612750.165238302510599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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