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- PDB-4wlw: CRYSTAL STRUCTURE OF THE AG(I) (ACTIVATOR) FORM OF E. COLI CUER, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wlw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE AG(I) (ACTIVATOR) FORM OF E. COLI CUER, A COPPER EFFLUX REGULATOR, BOUND TO COPA PROMOTER DNA
要素
  • DNA NON-TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP *DTP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP *DAP*DGP*DGP*DTP*DC)-3
  • DNA TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP *DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP *DGP*DGP*DTP*DC)-3
  • HTH-type transcriptional regulator CueR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / MERR-FAMILY TRANSCRIPTION REGULATOR / AG(I)FORM / ACTIVATOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cu(I)-responsive transcriptional regulator / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. ...Cu(I)-responsive transcriptional regulator / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SILVER ION / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator CueR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Philips, S.J. / Canalizo-Hernandez, M. / Mondragon, A. / O'Halloran, T.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM038784-26 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: TRANSCRIPTION. Allosteric transcriptional regulation via changes in the overall topology of the core promoter.
著者: Philips, S.J. / Canalizo-Hernandez, M. / Yildirim, I. / Schatz, G.C. / Mondragon, A. / O'Halloran, T.V.
履歴
登録2014年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Derived calculations
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator CueR
X: DNA NON-TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP *DTP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP *DAP*DGP*DGP*DTP*DC)-3
Y: DNA TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP *DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP *DGP*DGP*DTP*DC)-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6294
ポリマ－29,5213
非ポリマー1081
水00
1
A: HTH-type transcriptional regulator CueR
X: DNA NON-TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP *DTP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP *DAP*DGP*DGP*DTP*DC)-3
Y: DNA TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP *DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP *DGP*DGP*DTP*DC)-3
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator CueR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1346
ポリマ－44,9184
非ポリマー2162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
2
A: HTH-type transcriptional regulator CueR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator CueR
X: DNA NON-TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP *DTP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP *DAP*DGP*DGP*DTP*DC)-3
Y: DNA TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP *DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP *DGP*DGP*DTP*DC)-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1346
ポリマ－44,9184
非ポリマー2162
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)162.965, 162.965, 53.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
詳細THE BIOLOGICAL OLIGOMERIZATION STATE OF CUER IS A DIMER. IN THE STRUCTURE, THE CUER MONOMER IS BOUND TO DNA DUPLEX (CHAINS X AND Y)

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator CueR / Copper efflux regulator / Copper export regulator


分子量: 15396.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cueR, ybbI, b0487, JW0476 / プラスミド: PET24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9G4
#2: DNA鎖 DNA NON-TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP *DTP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP *DAP*DGP*DGP*DTP*DC)-3


分子量: 7008.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA TEMPLATE STRAND (5-D(*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP *DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DAP *DGP*DGP*DTP*DC)-3


分子量: 7115.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ag
Has protein modificationY
配列の詳細MICRO-HETEROGENEITY IS OBSERVED. TWO ORIENTATIONS OF THE DNA WERE OBSERVED. THE GIVEN SEQRES ...MICRO-HETEROGENEITY IS OBSERVED. TWO ORIENTATIONS OF THE DNA WERE OBSERVED. THE GIVEN SEQRES SEQUENCE CORRESPONDS TO ONE ALTERNATIVE. THE OTHER ALTERNATIVE CAN BE OBTAINED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY IN REMARK 290

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M IMIDAZOLE, PH 8.0, 0.2M CA(C2H3O2)2 AND 8% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP TEMPERATURE 296K
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.42 Å / Num. obs: 10637 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q06

1q06


解像度: 2.8→24.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 14.231 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.556 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26416 509 4.8 %RANDOM
Rwork0.20941 ---
obs0.21203 10121 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1025 937 1 0 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0162505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.5473018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.7123.0013518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6385129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76124.6354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.74615183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1514.91519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1514.903518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3117.356647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3077.365648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9224.9341572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9234.9341571
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0417.3162371
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.86644.7592753
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.86444.7612754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 43 -
Rwork0.421 698 -
obs--98.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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