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- PDB-4wl1: Structure of WzzE Polysaccharide Co-polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wl1
タイトルStructure of WzzE Polysaccharide Co-polymerase
要素Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ECA / Enterobacterial common antigen / chain length regulator / polysaccharide co-polymerase
機能・相同性ECA polysaccharide chain length modulation protein WzzE / enterobacterial common antigen biosynthetic process / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / identical protein binding / plasma membrane / ECA polysaccharide chain length modulation protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.989 Å
データ登録者Kalynych, S. / Cherney, M. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Quaternary structure of WzzB and WzzE polysaccharide copolymerases.
著者: Kalynych, S. / Cherney, M. / Bostina, M. / Rouiller, I. / Cygler, M.
履歴
登録2014年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
B: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
C: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
D: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
E: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
F: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
G: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
H: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
I: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
J: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
K: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
L: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
M: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
N: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
O: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
P: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
Q: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
R: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
S: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
T: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
U: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
V: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
W: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
X: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
Y: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
Z: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
a: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
b: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
c: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
d: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
e: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
f: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,296,16132
ポリマ－1,296,16132
非ポリマー00
水00
1
A: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
B: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
C: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
D: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
E: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
F: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
G: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
H: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,0408
ポリマ－324,0408
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17340 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area89330 Å2
手法PISA
2
I: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
J: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
K: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
L: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
M: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
N: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
O: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
P: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,0408
ポリマ－324,0408
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17930 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area89210 Å2
手法PISA
3
Q: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
R: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
S: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
T: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
U: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
V: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
W: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
X: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,0408
ポリマ－324,0408
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18180 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area89110 Å2
手法PISA
4
Y: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
Z: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
a: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
b: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
c: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
d: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
e: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE
f: Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,0408
ポリマ－324,0408
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18530 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area88580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)276.849, 246.306, 133.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
Lipopolysaccharide biosynthesis protein WzzE


分子量: 40505.016 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: wzzE, wzz, Z5296, ECs4718 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AG01

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2M NaCl, 15% glycerol
Temp details: 22C - Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.99→47.81 Å / Num. all: 43381 / Num. obs: 43381 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.73
反射 シェル解像度: 5.9→6.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / % possible all: 83.54

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B8O

3b8o


解像度: 5.989→47.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 2205 5.08 %
Rwork0.234 --
obs0.2369 43379 96.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.989→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数57504 0 0 0 57504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01258560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.24879200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.85122144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2758512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00910496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.9923-6.13120.27261130.2942297X-RAY DIFFRACTION77
6.1312-6.2840.30951400.29672655X-RAY DIFFRACTION89
6.284-6.45320.29161270.29552709X-RAY DIFFRACTION91
6.4532-6.64230.30511380.28112768X-RAY DIFFRACTION93
6.6423-6.85570.271380.27572772X-RAY DIFFRACTION94
6.8557-7.09940.28361660.26982801X-RAY DIFFRACTION94
7.0994-7.3820.2451410.25122849X-RAY DIFFRACTION95
7.382-7.71570.27851530.24422836X-RAY DIFFRACTION95
7.7157-8.11940.23281490.23052790X-RAY DIFFRACTION95
8.1194-8.62340.20961280.21952859X-RAY DIFFRACTION96
8.6234-9.28160.20871560.20212840X-RAY DIFFRACTION95
9.2816-10.20190.19671790.19922809X-RAY DIFFRACTION93
10.2019-11.64660.20781620.19312768X-RAY DIFFRACTION92
11.6466-14.5570.23861420.19242748X-RAY DIFFRACTION91
14.557-40.22520.31381380.29322663X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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