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- PDB-4wkx: Reversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkx
タイトルReversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas aeruginosa Azurin with Red Copper Site
要素Azurin
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein engineering / Red copper site / S-nitrosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Tian, S. / Lu, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1413328 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reversible S-Nitrosylation in an Engineered Mutant of Pseudomonas aeruginosa Azurin with Red Copper Site
著者: Tian, S. / Lu, Y.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4188
ポリマ－27,9192
非ポリマー4986
水2,270126
1
A: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2094
ポリマ－13,9601
非ポリマー2493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2094
ポリマ－13,9601
非ポリマー2493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Azurin
ヘテロ分子

B: Azurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4188
ポリマ－27,9192
非ポリマー4986
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.774, 47.774, 241.641
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-330-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Azurin


分子量: 13959.717 Da / 分子数: 2 / 変異: H66E, M141H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 100 mM LiNO3, 10 mM CuSO4 and 100 mM Tris
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 24998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 0.896 / Net I/av σ(I): 21.5 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 310962
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-2.0112.60.3424440.815100
2.01-2.0912.70.26424250.848100
2.09-2.1812.60.21524700.852100
2.18-2.312.50.18424420.892100
2.3-2.4412.50.15524370.848100
2.44-2.6312.30.12924820.821100
2.63-2.912.30.10524490.84100
2.9-3.3212.20.08825430.901100
3.32-4.1812.40.08225591.007100
4.18-5012.30.08127471.10999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→41.373 Å / FOM work R set: 0.857 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 3655 7.99 %
Rwork0.1977 42082 -
obs0.2007 24998 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 63.17 Å2 / Biso mean: 19.7 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→41.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1950 0 45 126 2121
Biso mean--22.5 23.94 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072010
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0312711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.076737
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9389-1.96440.2711400.21331622176299
1.9644-1.99130.24111320.208916521784100
1.9913-2.01980.23251380.184415971735100
2.0198-2.04990.21321300.189816161746100
2.0499-2.08190.26121410.19416651806100
2.0819-2.11610.25381400.190615641704100
2.1161-2.15260.22871350.186516061741100
2.1526-2.19170.22731380.189416371775100
2.1917-2.23390.21891400.174216361776100
2.2339-2.27950.21111440.188716431787100
2.2795-2.3290.20221420.180615741716100
2.329-2.38320.23751520.200416431795100
2.3832-2.44280.241400.205615821722100
2.4428-2.50880.24821440.197116681812100
2.5088-2.58260.26051320.198415771709100
2.5826-2.6660.19741500.195716561806100
2.666-2.76120.2291420.199315801722100
2.7612-2.87180.23511320.209616391771100
2.8718-3.00240.2511440.224816231767100
3.0024-3.16070.26061440.233216211765100
3.1607-3.35860.2761440.217215851729100
3.3586-3.61780.29971540.219516301784100
3.6178-3.98160.21551440.1916171761100
3.9816-4.55710.22021380.186316031741100
4.5571-5.73910.18291380.170816221760100
5.7391-41.38290.21951370.18651624176199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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