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- PDB-4wkr: LaRP7 wrapping up the 3' hairpin of 7SK non-coding RNA (302-332) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wkr
タイトルLaRP7 wrapping up the 3' hairpin of 7SK non-coding RNA (302-332)
要素
  • 7SK GGHP4 (300-332)
  • La-related protein 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA-BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA RECOGNITION MOTIF (RNA認識モチーフ) / PHOSPHOPROTEIN / PROTEIN (タンパク質) / NUCLEUS (細胞核) / LA MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to Cajal body / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding ...U6 2'-O-snRNA methylation / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to Cajal body / negative regulation of viral transcription / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / U6 snRNA binding / RNA splicing / 転写後修飾 / 精子形成 / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / xRRM domain profile. / La protein, xRRM domain / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function ...LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA binding motif / Lupus La protein / xRRM domain profile. / La protein, xRRM domain / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / La-related protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Uchikawa, E. / Natchiar, K.S. / Han, X. / Proux, F. / Roblin, P. / Zhang, E. / Durand, A. / Klaholz, B.P. / Dock-Bregeon, A.-C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into the mechanism of stabilization of the 7SK small nuclear RNA by LARP7.
著者: Uchikawa, E. / Natchiar, K.S. / Han, X. / Proux, F. / Roblin, P. / Zhang, E. / Durand, A. / Klaholz, B.P. / Dock-Bregeon, A.C.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 7
B: La-related protein 7
C: 7SK GGHP4 (300-332)
D: 7SK GGHP4 (300-332)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7174
ポリマ－67,7174
非ポリマー00
水905
1
A: La-related protein 7
C: 7SK GGHP4 (300-332)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8582
ポリマ－33,8582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: La-related protein 7
D: 7SK GGHP4 (300-332)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8582
ポリマ－33,8582
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.452, 33.500, 119.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 La-related protein 7 / La ribonucleoprotein domain family member 7 / P-TEFb-interaction protein for 7SK stability / PIP7S


分子量: 24022.566 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP Residues 1-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP7, HDCMA18P / プラスミド: PET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q4G0J3
#2: RNA鎖 7SK GGHP4 (300-332)


分子量: 9835.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG 3350 & 0.1 M succinic acid, pH 7.0 / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→92.58 Å / Num. all: 27542 / Num. obs: 8165 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 106.93 Å2 / Net I/σ(I): 5.41
反射 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VOO

2voo


解像度: 3.2→59.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.505
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 382 4.68 %RANDOM
Rwork0.2206 ---
obs0.2232 8155 94.04 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9841 Å20 Å2-14.7608 Å2
2--6.3558 Å20 Å2
3---1.6283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.707 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→59.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 168 0 5 2695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012749HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.323743HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d990SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes386HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2749HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion366SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3109SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.58 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3076 111 4.92 %
Rwork0.257 2146 -
all0.2596 2257 -
obs--94.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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