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- PDB-4wj0: Structure of PH1245, a cas1 from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wj0
タイトルStructure of PH1245, a cas1 from Pyrococcus horikoshii
要素CRISPR-associated endonuclease Cas1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRISPR-ASSOCIATED CAS1 / METALLONUCLEASE / DNASE / PROK IMMUNE SYSTEM / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, HMARI/TNEAP subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...CRISPR-associated protein Cas1, HMARI/TNEAP subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Petit, P. / Brown, G. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PH1245, a cas1 from Pyrococcus horikoshii
著者: Petit, P. / Brown, G. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年10月15日ID: 3PV9
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7044
ポリマ－75,6332
非ポリマー712
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.890, 58.672, 90.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 37816.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: cas1, PH1245 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O58938, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 19% PEG 3350, 0.1M CITRIC ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→29.34 Å / Num. obs: 15944 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1702)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LFX

3lfx
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.85→29.336 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 796 5 %Random
Rwork0.2266 ---
obs0.2294 15923 98.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5142 0 2 21 5165
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1217075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0112000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-3.02850.35111500.29742492X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.2620.33621240.28042523X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.58980.32091310.2562506X-RAY DIFFRACTION99
3.5898-4.1080.30031430.21332487X-RAY DIFFRACTION98
4.108-5.1710.25131240.18622511X-RAY DIFFRACTION97
5.171-29.33750.23111240.21912608X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2722 Å / Origin y: -39.2619 Å / Origin z: 6.3532 Å
111213212223313233
T0.2713 Å2-0.07 Å20.039 Å2-0.2948 Å2-0.0883 Å2--0.2956 Å2
L1.2517 °2-0.6309 °2-0.0807 °2-1.263 °2-0.5682 °2--1.336 °2
S-0.0306 Å °0.2465 Å °-0.1008 Å °0.0694 Å °0.0486 Å °0.1408 Å °0.025 Å °-0.1563 Å °-0.0114 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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