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万見
- PDB-4wiz: Crystal structure of Grouper nervous necrosis virus-like particle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wiz
タイトルCrystal structure of Grouper nervous necrosis virus-like particle at 3.6A
要素Coat protein
キーワードVIRUS / Betanodavirus
機能・相同性Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Viral coat protein subunit / viral capsid / metal ion binding / Capsid protein alpha
機能・相同性情報
生物種Epinephelus coioides nervous necrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen, N.C. / Chen, C.J. / Yoshimura, M. / Guan, H.H. / Chen, T.Y.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of a Piscine Betanodavirus: Mechanisms of Capsid Assembly and Viral Infection
著者: Chen, N.C. / Yoshimura, M. / Guan, H.H. / Wang, T.Y. / Misumi, Y. / Lin, C.C. / Chuankhayan, P. / Nakagawa, A. / Chan, S.I. / Tsukihara, T. / Chen, T.Y. / Chen, C.J.
履歴
登録2014年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Derived calculations
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BA: Coat protein
AA: Coat protein
CA: Coat protein
BB: Coat protein
AB: Coat protein
CB: Coat protein
BC: Coat protein
AC: Coat protein
CC: Coat protein
BD: Coat protein
AD: Coat protein
CD: Coat protein
BE: Coat protein
AE: Coat protein
CE: Coat protein
BF: Coat protein
AF: Coat protein
CF: Coat protein
BG: Coat protein
AG: Coat protein
CG: Coat protein
BH: Coat protein
AH: Coat protein
CH: Coat protein
BI: Coat protein
AI: Coat protein
CI: Coat protein
BJ: Coat protein
AJ: Coat protein
CJ: Coat protein
BK: Coat protein
AK: Coat protein
CK: Coat protein
BL: Coat protein
AL: Coat protein
CL: Coat protein
BM: Coat protein
AM: Coat protein
CM: Coat protein
BN: Coat protein
AN: Coat protein
CN: Coat protein
BO: Coat protein
AO: Coat protein
CO: Coat protein
BP: Coat protein
AP: Coat protein
CP: Coat protein
BQ: Coat protein
AQ: Coat protein
CQ: Coat protein
BR: Coat protein
AR: Coat protein
CR: Coat protein
BS: Coat protein
AS: Coat protein
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BT: Coat protein
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CT: Coat protein
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BW: Coat protein
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CW: Coat protein
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BY: Coat protein
AY: Coat protein
CY: Coat protein
BZ: Coat protein
AZ: Coat protein
CZ: Coat protein
Ba: Coat protein
Aa: Coat protein
Ca: Coat protein
Bb: Coat protein
Ab: Coat protein
Cb: Coat protein
Bc: Coat protein
Ac: Coat protein
Cc: Coat protein
Bd: Coat protein
Ad: Coat protein
Cd: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,344,021180
ポリマ－3,340,41490
非ポリマー3,60790
水00
1
BA: Coat protein
AA: Coat protein
CA: Coat protein
BB: Coat protein
AB: Coat protein
CB: Coat protein
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Bb: Coat protein
Ab: Coat protein
Cb: Coat protein
Bc: Coat protein
Ac: Coat protein
Cc: Coat protein
Bd: Coat protein
Ad: Coat protein
Cd: Coat protein
ヘテロ分子

BA: Coat protein
AA: Coat protein
CA: Coat protein
BB: Coat protein
AB: Coat protein
CB: Coat protein
BC: Coat protein
AC: Coat protein
CC: Coat protein
BD: Coat protein
AD: Coat protein
CD: Coat protein
BE: Coat protein
AE: Coat protein
CE: Coat protein
BF: Coat protein
AF: Coat protein
CF: Coat protein
BG: Coat protein
AG: Coat protein
CG: Coat protein
BH: Coat protein
AH: Coat protein
CH: Coat protein
BI: Coat protein
AI: Coat protein
CI: Coat protein
BJ: Coat protein
AJ: Coat protein
CJ: Coat protein
BK: Coat protein
AK: Coat protein
CK: Coat protein
BL: Coat protein
AL: Coat protein
CL: Coat protein
BM: Coat protein
AM: Coat protein
CM: Coat protein
BN: Coat protein
AN: Coat protein
CN: Coat protein
BO: Coat protein
AO: Coat protein
CO: Coat protein
BP: Coat protein
AP: Coat protein
CP: Coat protein
BQ: Coat protein
AQ: Coat protein
CQ: Coat protein
BR: Coat protein
AR: Coat protein
CR: Coat protein
BS: Coat protein
AS: Coat protein
CS: Coat protein
BT: Coat protein
AT: Coat protein
CT: Coat protein
BU: Coat protein
AU: Coat protein
CU: Coat protein
BV: Coat protein
AV: Coat protein
CV: Coat protein
BW: Coat protein
AW: Coat protein
CW: Coat protein
BX: Coat protein
AX: Coat protein
CX: Coat protein
BY: Coat protein
AY: Coat protein
CY: Coat protein
BZ: Coat protein
AZ: Coat protein
CZ: Coat protein
Ba: Coat protein
Aa: Coat protein
Ca: Coat protein
Bb: Coat protein
Ab: Coat protein
Cb: Coat protein
Bc: Coat protein
Ac: Coat protein
Cc: Coat protein
Bd: Coat protein
Ad: Coat protein
Cd: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,688,043360
ポリマ－6,680,829180
非ポリマー7,214180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
BA: Coat protein
AA: Coat protein
CA: Coat protein
BB: Coat protein
AB: Coat protein
CB: Coat protein
BC: Coat protein
AC: Coat protein
CC: Coat protein
BD: Coat protein
AD: Coat protein
CD: Coat protein
BE: Coat protein
AE: Coat protein
CE: Coat protein
BF: Coat protein
AF: Coat protein
CF: Coat protein
BG: Coat protein
AG: Coat protein
CG: Coat protein
BH: Coat protein
AH: Coat protein
CH: Coat protein
BI: Coat protein
AI: Coat protein
CI: Coat protein
BJ: Coat protein
AJ: Coat protein
CJ: Coat protein
BK: Coat protein
AK: Coat protein
CK: Coat protein
BL: Coat protein
AL: Coat protein
CL: Coat protein
BM: Coat protein
AM: Coat protein
CM: Coat protein
BN: Coat protein
AN: Coat protein
CN: Coat protein
BO: Coat protein
AO: Coat protein
CO: Coat protein
BP: Coat protein
AP: Coat protein
CP: Coat protein
BQ: Coat protein
AQ: Coat protein
CQ: Coat protein
BR: Coat protein
AR: Coat protein
CR: Coat protein
BS: Coat protein
AS: Coat protein
CS: Coat protein
BT: Coat protein
AT: Coat protein
CT: Coat protein
BU: Coat protein
AU: Coat protein
CU: Coat protein
BV: Coat protein
AV: Coat protein
CV: Coat protein
BW: Coat protein
AW: Coat protein
CW: Coat protein
BX: Coat protein
AX: Coat protein
CX: Coat protein
BY: Coat protein
AY: Coat protein
CY: Coat protein
BZ: Coat protein
AZ: Coat protein
CZ: Coat protein
Ba: Coat protein
Aa: Coat protein
Ca: Coat protein
Bb: Coat protein
Ab: Coat protein
Cb: Coat protein
Bc: Coat protein
Ac: Coat protein
Cc: Coat protein
Bd: Coat protein
Ad: Coat protein
Cd: Coat protein
ヘテロ分子


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.34 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,344,021180
ポリマ－3,340,41490
非ポリマー3,60790
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)477.355, 422.735, 337.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.030, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BI-318-

GLU

-
要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 37115.715 Da / 分子数: 90 / 変異: T214N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epinephelus coioides nervous necrosis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JNX5
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.2 M Sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→266 Å / Num. obs: 549703 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 7.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.6→263.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.848 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 41.4 / SU ML: 0.596 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.68 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2968 27556 5 %RANDOM
Rwork0.2546 522147 --
obs0.2567 549703 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 449.48 Å2 / Biso mean: 103.7458 Å2 / Biso min: 19.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å20 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→263.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数203160 0 90 0 203250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02208260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02192810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7671.949284970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0623442650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.384526220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7923.4859210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.7271531260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.138151590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.232280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021238650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0248540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.14810.06105150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other14.14810.06105149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it22.37115.061131280
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 1905 -
Rwork0.36 36166 -
all-38071 -
obs--92.93 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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