PDB-4wis: Crystal structure of the lipid scramblase nhTMEM16 in crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wis

タイトル

Crystal structure of the lipid scramblase nhTMEM16 in crystal form 1

要素

lipid scramblase

キーワード

LIPID TRANSPORT / membrane protein / calcium activation / transport protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cortical endoplasmic reticulum / chloride channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nectria haematococca (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Dutzler, R. / Brunner, J.D. / Lim, N.K. / Schenck, S.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of a calcium-activated TMEM16 lipid scramblase.
著者: Brunner, J.D. / Lim, N.K. / Schenck, S. / Duerst, A. / Dutzler, R.

履歴

登録	2014年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.3	2018年4月25日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary カテゴリ: entity / pdbx_audit_support / reflns_shell Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wis.cif.gz	546.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wis.ent.gz	457.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wis_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wis_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	4wis_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	4wis_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4witC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wit-d 6qm9-d 6qma-d 6qm5-d 6qm6-d 6qm4-d 6qmb-d 6h7n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: lipid scramblase

B: lipid scramblase

ヘテロ分子

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.480, 113.690, 235.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	lipid scramblase 分子量: 83200.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nectria haematococca (菌類) / 株: 77-13-4 / ATCC MYA-4622 / FGSC 9596 / MPVI / 遺伝子: NECHADRAFT_66456 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: C7Z7K1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 21-23% PEG 400, 100 mM Capso pH 9.4, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl PH範囲: 9.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 39477 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.235 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1760)	精密化
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.3→14.984 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	1954	5.01 %
R_work	0.2375	-	-
obs	0.2399	38985	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→14.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10570	0	4	0	10574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	14716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.36	3892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3816	0.3618	128	0.3137	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3816-3.4719	0.3254	149	0.2902	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4719-3.5728	0.3321	137	0.2652	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5728-3.6864	0.3221	135	0.2472	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6864-3.8161	0.2741	133	0.2324	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8161-3.9662	0.2951	150	0.2387	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9662-4.143	0.2718	140	0.2257	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
4.143-4.3564	0.2729	136	0.2298	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3564-4.6218	0.2443	139	0.2137	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6218-4.9666	0.2615	128	0.2105	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9666-5.4445	0.2545	135	0.2314	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4445-6.1833	0.3419	131	0.2639	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1833-7.6161	0.3344	155	0.2757	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6161-14.9843	0.2587	158	0.2186	2770	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1862	-0.7587	-1.0892	2.6472	0.764	5.2642	-0.15	-0.6153	-0.3491	0.1698	-0.2597	0.9384	-0.5044	-1.5085	0.2632	0.7596	0.1444	-0.0125	1.1818	-0.0879	1.3724	-23.367	40.2009	81.865
2	6.0307	-1.14	-0.62	1.7962	0.2938	2.503	-0.2399	-0.5195	-0.767	0.3017	0.0798	0.446	0.4287	-0.3287	0.1759	0.8104	-0.0646	-0.1381	0.5903	0.112	1.0239	-0.9354	26.1076	79.1918
3	4.0875	0.0159	0.5037	3.8857	-0.4478	3.4464	-0.0901	-1.0828	0.3186	0.9404	0.0684	-0.1355	-0.1618	0.0901	-0.0815	0.8086	0.0371	-0.0594	0.789	-0.0948	0.7675	16.1404	42.6216	88.8794
4	3.9078	-0.1393	-0.1273	1.9011	-0.4998	3.5838	-0.0377	-0.4766	-0.0397	0.4168	0.0219	-0.171	0.0369	0.1629	-0.014	0.7459	0.0088	-0.2373	0.5567	0.1049	0.8773	11.782	30.0541	81.5072
5	1.6361	-0.0378	0.8251	0.6071	-0.4323	4.8222	-0.3222	1.0797	0.0613	-0.654	0.1363	0.2295	0.8496	-0.091	-0.2704	1.5811	-0.2483	-0.3791	1.5743	0.0744	1.3646	-5.9891	25.3414	22.7576
6	2.8707	-0.0041	0.3096	1.6138	-0.0224	2.8293	-0.0697	0.8921	-0.0611	-0.7785	-0.1359	0.2264	0.0212	-0.3678	0.1826	0.9346	0.0673	-0.1296	0.8207	-0.0186	0.9715	8.1898	37.5701	30.6859
7	3.4158	0.0439	0.4419	2.6426	0.1091	2.2243	0.2052	0.8054	-0.2785	-0.3097	-0.0478	-0.4349	0.2036	0.4322	-0.1353	0.7528	0.1124	-0.0604	0.7661	-0.062	0.8603	34.4981	30.0539	40.7288
8	2.9227	-0.027	-1.6648	1.0604	-0.1757	2.3697	-0.0247	0.06	0.2884	0.0376	0.0451	0.0867	-0.0615	-0.3958	-0.0254	0.6543	0.0281	-0.1608	0.5558	0.0486	0.8963	4.9277	41.1745	56.0719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 103 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 463 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 464 through 625 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 626 through 719 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 19 through 245 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 246 through 463 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 464 through 719 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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