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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whx
タイトルX-ray Crystal Structure of an Amino Acid Aminotransferase from Burkholderia pseudomallei Bound to the Co-factor Pyridoxal Phosphate
要素Branched-chain-amino-acid transaminase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Burkholderia pseudomallei / pyridoxal phosphate / aminotransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase I / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase / Branched-chain-amino-acid aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei 576 (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal Structure of an Amino Acid Aminotransferase from Burkholderia pseudomallei Bound to the Co-factor Pyridoxal Phosphate
著者: SSGCID / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Structure summary
改定 2.02017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid transaminase
B: Branched-chain-amino-acid transaminase
C: Branched-chain-amino-acid transaminase
D: Branched-chain-amino-acid transaminase
E: Branched-chain-amino-acid transaminase
F: Branched-chain-amino-acid transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,82912
ポリマ－207,3486
非ポリマー4816
水16,898938
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27710 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area53690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.140, 230.350, 77.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Branched-chain-amino-acid transaminase


分子量: 34558.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 576 (類鼻疽菌)
遺伝子: ilvE, BUC_1039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B7CIR9, UniProt: A0A0E1U3Z8*PLUS, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 938 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ well H8 - 0.1 M BIS-TRIS pH 5.50, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, cryoprotected in 20% EG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月13日
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 115291 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.21 % / Biso Wilson estimate: 30.77 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 17.99 / Num. measured all: 485486
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.05-2.10.7820.5092.5836148860385590.57999.5
2.1-2.160.8480.413.1935352841283490.46699.3
2.16-2.220.90.324.1134312815980800.36399
2.22-2.290.9310.2615.0833183788777880.29798.7
2.29-2.370.9450.2285.8532550775076620.25998.9
2.37-2.450.9690.1817.3331161741672940.20698.4
2.45-2.540.9750.1528.7230183720270940.17398.5
2.54-2.650.9820.12310.829079695568270.1498.2
2.65-2.760.990.09513.5727660664265020.10897.9
2.76-2.90.9930.0816.3226476637762260.09197.6
2.9-3.060.9950.06220.8124996606559030.07197.3
3.06-3.240.9970.04826.0123640577656050.05597
3.24-3.470.9980.03831.5821826538652060.04396.7
3.47-3.740.9990.03237.0720391508349210.03796.8
3.74-4.10.9990.02842.4818684467745480.03297.2
4.1-4.580.9990.02448.3816919424841360.02897.4
4.58-5.290.9990.02348.8215011378336770.02697.2
5.29-6.480.9990.02345.4212835323131310.02696.9
6.48-9.1710.01950.69931252624360.02196.4
9.170.9990.01755.535149149213470.0290.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: dev_1769)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→42.254 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 5630 4.88 %RANDOM
Rwork0.1622 109649 --
obs0.1639 115279 98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.57 Å2 / Biso mean: 35.3044 Å2 / Biso min: 17.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→42.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14178 0 8 938 15124
Biso mean--47.6 37.79 -
残基数----1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90319751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0322210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6845123
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.07330.29181800.23083661384199
2.0733-2.09770.2661970.224237013898100
2.0977-2.12330.28241930.22483615380899
2.1233-2.15010.29281830.21993663384699
2.1501-2.17840.30511800.21013667384799
2.1784-2.20830.23751780.20193665384399
2.2083-2.23980.23461740.19083656383099
2.2398-2.27330.21752160.18613646386299
2.2733-2.30880.23052070.18633583379099
2.3088-2.34660.22221940.17833646384099
2.3466-2.38710.23741780.17763655383398
2.3871-2.43050.22151980.17583662386099
2.4305-2.47720.23221930.17593608380198
2.4772-2.52780.21021950.17583646384199
2.5278-2.58270.22181780.17763674385298
2.5827-2.64280.23381880.17713619380798
2.6428-2.70890.22861790.17683642382198
2.7089-2.78210.2281850.16773627381298
2.7821-2.8640.20441970.16943640383798
2.864-2.95640.21511710.16573645381698
2.9564-3.0620.22831630.17093628379197
3.062-3.18460.18251890.16723633382297
3.1846-3.32950.18521740.16693653382797
3.3295-3.50490.20011840.16513608379297
3.5049-3.72440.18292090.15533607381697
3.7244-4.01180.16431880.14823660384897
4.0118-4.41510.15311800.12623691387197
4.4151-5.0530.15651940.12063703389797
5.053-6.36280.16731990.1453729392897
6.3628-42.26250.16441860.14693816400295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3450.1201-0.23061.46870.19891.98490.0785-0.22510.0220.17780.0303-0.31630.00560.2068-0.12860.2013-0.0066-0.04090.309-0.04220.340450.3181-18.3357-5.1255
24.0499-0.4452-0.40773.21290.67655.0989-0.00460.0986-0.2581-0.0767-0.1146-0.14710.17360.18860.11850.1148-0.0269-0.00030.1940.02040.246350.5722-19.7099-11.4977
32.1224-0.1060.08060.4178-0.06790.17330.0598-0.22530.25010.1168-0.0019-0.0397-0.02140.0797-0.05740.2466-0.02950.0310.2458-0.04560.303930.7297-16.3287-9.9165
42.51810.27810.63750.8321-0.38741.35110.1123-0.45060.20110.2409-0.0841-0.0636-0.07190.0054-0.01540.2976-0.04820.02040.3246-0.09190.263525.536-16.81194.9137
52.31651.2045-0.63110.6686-0.04952.77680.05140.05610.0689-0.1480.1085-0.3155-0.01340.5557-0.13490.2080.01260.07050.3083-0.01920.399952.1112-15.1428-26.2826
62.1815-0.1773-1.01942.21490.57732.72770.04640.37110.2532-0.30420.0035-0.1551-0.09120.0518-0.06750.2749-0.01350.07640.2810.03780.298443.1873-16.7299-40.3615
71.41110.86460.24582.05320.18312.7897-0.0519-0.09710.15550.06830.0582-0.1028-0.06810.26540.01140.1664-0.01050.02970.21490.03170.344646.4828-14.7161-27.6403
80.8196-0.3809-0.66364.05431.91032.218-0.06890.1994-0.2844-0.0101-0.1026-0.460.4568-0.02420.20940.33980.01880.14970.3893-0.01940.479249.6933-30.0115-37.941
90.89870.55690.15271.0210.05411.0448-0.0250.1211-0.1937-0.01620.057-0.19440.06760.126-0.01520.2042-0.00480.02070.1865-0.0090.261435.3905-34.545-24.8788
102.83050.6784-0.7442.4631-0.77113.5291-0.06610.2357-0.0723-0.1727-0.0480.12270.199-0.15840.09470.2272-0.00930.04580.2806-0.03880.255929.5989-35.2931-40.7887
112.03610.752-0.23331.5409-1.28141.46030.08840.255-0.416-0.2279-0.1104-0.18020.23690.09720.04410.36220.0260.05390.2688-0.0860.337832.909-44.1354-36.7031
121.58471.9339-1.07155.6431-1.63351.3255-0.24010.41760.0218-0.93260.1391-0.27730.0792-0.05410.0950.4980.01150.12860.4649-0.0320.298441.0245-32.3417-50.5866
131.3231-0.3841-0.17571.1613-0.19981.7299-0.0017-0.32360.1930.3160.01050.2812-0.0111-0.4408-0.08270.3048-0.03770.12340.3943-0.05910.3337-9.9357-14.6909-0.8942
141.4932-0.90931.04565.2715-0.98791.9123-0.0573-0.20540.3047-0.2064-0.12110.1201-0.0499-0.22410.12350.1483-0.03440.03750.3319-0.08720.3133-9.6918-13.4335-7.1939
150.3409-0.47090.030.87610.02690.01140.0821-0.1822-0.14030.3275-0.07670.3777-0.0123-0.1588-0.02820.3794-0.10650.10740.4580.02260.3497-10.6882-31.5056-1.5787
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342.62190.9921-0.45972.7004-1.1441.0095-0.01210.49050.2415-0.0840.10360.004-0.0299-0.1868-0.090.32930.03150.01130.34580.03390.245-2.9761-7.6471-34.5322
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362.1693-0.76121.39040.89810.04091.86180.06740.2430.1565-0.17070.005-0.1072-0.04060.0745-0.06720.2535-0.00450.0740.26790.06040.250515.0116-17.9012-37.2692
374.24530.17051.81771.2301-0.12041.6931-0.00550.52580.2272-0.3857-0.01040.1079-0.0155-0.00330.04240.36080.02240.02340.39520.06680.20081.7921-13.3211-48.0954
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 91 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 118 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 199 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 307 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 40 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 41 through 91 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 92 through 118 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 119 through 140 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 141 through 199 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 232 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 233 through 279 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 280 through 307 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 2 through 91 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 92 through 118 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 119 through 145 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 146 through 307 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 40 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 41 through 91 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 92 through 118 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 119 through 145 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 146 through 199 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 200 through 279 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 280 through 307 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 2 through 91 )E0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 92 through 118 )E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 119 through 145 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 146 through 199 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 200 through 232 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 233 through 279 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 280 through 307 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 2 through 21 )F0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 22 through 91 )F0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 92 through 118 )F0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 119 through 140 )F0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 141 through 199 )F0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 200 through 279 )F0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 280 through 307 )F0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 1 through 4 )G0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る