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- PDB-4wh6: Crystal structure of HCV NS3/4A protease variant R155K in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wh6
タイトルCrystal structure of HCV NS3/4A protease variant R155K in complex with Asunaprevir
要素Genome polyprotein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV Drug resistant / protease-inhibitor complex / Asunaprevir / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2R9 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Soumana, D.I. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI085051 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31-GM103259 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of Asunaprevir Resistance in HCV NS3/4A Protease.
著者: Soumana, D.I. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2014年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Data collection
改定 1.32015年11月25日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2405
ポリマ－21,2341
非ポリマー1,0064
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.924, 58.415, 60.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 21234.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8DG50
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-2R9 / N-(tert-butoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-[(7-chloro-4-methoxyisoquinolin-1-yl)oxy]-N-{(1R,2S)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethenylcyclopropyl}-L-prolinamide / Asunaprevir / アスナプレビル


分子量: 748.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H46ClN5O9S / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 to 26% PEG-3350, 0.1 M sodium MES buffer, and 4% ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.5 Å / Num. all: 61851 / Num. obs: 61851 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.2 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.27 Å
Translation2.5 Å20.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.784 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 638 5.1 %RANDOM
Rwork0.1686 11958 --
obs0.1711 61851 91.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.26 Å2 / Biso mean: 10.243 Å2 / Biso min: 6.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1433 0 108 159 1700
Biso mean--21.47 28.43 -
残基数----200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5122.0032103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0313.0052401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1575203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64923.46949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47515224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.878159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02292
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 43 -
Rwork0.198 802 -
all-845 -
obs--92.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.24220.008-8.316325.289620.266719.66420.37470.02320.1843-0.6509-0.2351-0.0705-0.6891-0.1931-0.13960.1952-0.01210.04860.14380.07440.08718.3469-21.3377-4.0374
23.2765-1.15-1.62284.1893-0.47261.09220.0440.0317-0.0077-0.2332-0.0741-0.1410.03670.00870.03010.07410.01110.00330.1407-0.00980.11165.267-7.442913.5114
33.65241.079-4.5510.8712-1.49137.68840.0595-0.33590.20050.22230.048-0.0639-0.05630.2129-0.10750.1290.0169-0.02250.1317-0.02020.11921.00826.348925.2288
47.0404-2.66851.954817.3052.45911.1805-0.1770.17220.1934-0.97130.08130.0541-0.23670.04210.09570.2194-0.02740.09790.1518-0.01230.09299.6407-3.77928.676
57.7598-3.2307-8.93126.0867.437313.20020.2213-0.69430.1121-0.3928-0.0352-0.0953-0.51530.556-0.18610.1329-0.0071-0.01740.0973-0.00840.216313.0041-4.41618.3452
65.5017-3.46411.35744.06681.10764.3530.0367-0.23080.2280.37770.1182-0.1961-0.25540.1928-0.15490.3273-0.08370.03720.1133-0.01350.1072.8482-1.597924.8008
712.33452.20993.45570.40190.7727.0109-0.10110.5367-0.093-0.03770.0727-0.03490.36180.11270.02840.22280.08570.04760.11580.01560.1246-0.4035-6.23769.666
81.72790.30690.4750.50510.59470.94920.0285-0.0310.03090.03680.0113-0.01690.09330.0062-0.03980.07680.00370.00810.06560.00880.0862-2.1958-10.72620.8983
914.11876.92083.316910.58741.85510.78670.21890.00450.199-0.0477-0.26410.0770.0493-0.0060.04520.0854-0.00670.02240.11430.01090.06265.8011-13.733514.4011
101.39522.8289-1.26315.8019-2.34762.4204-0.0889-0.0993-0.2785-0.2039-0.126-0.56070.02240.1290.21490.08290.00540.00620.1766-0.00570.15889.6167-15.856718.4728
110.731-0.35940.06151.01130.21631.20450.06090.0189-0.02910.0514-0.0492-0.06880.03840.0849-0.01170.08450.01040.00470.08640.01250.1003-0.3131-15.49422.4747
122.09850.7608-1.51430.7555-0.82371.26140.0173-0.17220.0990.03330.03490.0246-0.03360.0403-0.05220.0889-0.00640.0020.1113-0.03690.0735-9.5253-4.338632.3012
135.56070.9946-1.71250.2003-0.30460.52760.1361-0.01030.5481-0.01010.02510.1366-0.0410.004-0.16120.138-0.02160.00650.12160.01560.1662-13.4142.399126.3409
144.71961.22672.62711.964-2.86229.12410.015-0.0087-0.0515-0.04180.0198-0.01260.0967-0.0006-0.03470.0651-0.01890.01670.0993-0.00150.107-20.0333-10.499330.4483
153.9764-4.26531.99024.8549-3.3546.44370.0420.0803-0.26040.0064-0.02380.2827-0.1122-0.0885-0.01810.10870.00690.02840.17690.04840.1794-21.3282-1.565725.3706
1631.75627.71873.11286.4077-6.011210.4398-0.1933-0.92730.51350.11980.0135-0.005-0.2092-0.41910.17970.19360.1096-0.08730.1791-0.04740.1889-16.63383.179616.6388
171.49880.0923-1.12860.8464-0.92781.72680.1444-0.0163-0.00150.0563-0.03070.1187-0.15650.0503-0.11370.1075-0.00740.010.0965-0.01280.1165-9.319-3.533721.6961
181.526-0.24940.43470.69410.19473.30120.08110.01730.04380.03570.02990.0718-0.0075-0.1501-0.1110.0662-0.02240.0220.06870.0240.0895-15.2685-5.159524.4965
196.8765-5.82823.36912.5088-3.95178.1401-0.0424-0.2383-0.44050.38660.31720.4621-0.1201-0.2307-0.27480.0792-0.01420.0260.06420.01690.0781-12.3239-13.013728.0423
2020.9895-6.3611-8.38866.97161.76483.4734-0.5728-1.1515-1.0210.14920.1007-0.00880.22330.49980.47210.24130.02-0.03060.11310.07480.1334-5.227-19.380130.2639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A982 - 987
2X-RAY DIFFRACTION2A988 - 997
3X-RAY DIFFRACTION3A998 - 1010
4X-RAY DIFFRACTION4A1011 - 1022
5X-RAY DIFFRACTION5A1023 - 1029
6X-RAY DIFFRACTION6A1030 - 1035
7X-RAY DIFFRACTION7A1036 - 1041
8X-RAY DIFFRACTION8A1042 - 1060
9X-RAY DIFFRACTION9A1061 - 1066
10X-RAY DIFFRACTION10A1067 - 1074
11X-RAY DIFFRACTION11A1075 - 1092
12X-RAY DIFFRACTION12A1093 - 1109
13X-RAY DIFFRACTION13A1110 - 1117
14X-RAY DIFFRACTION14A1118 - 1122
15X-RAY DIFFRACTION15A1123 - 1129
16X-RAY DIFFRACTION16A1130 - 1134
17X-RAY DIFFRACTION17A1135 - 1144
18X-RAY DIFFRACTION18A1145 - 1167
19X-RAY DIFFRACTION19A1168 - 1173
20X-RAY DIFFRACTION20A1174 - 1179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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