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万見
- PDB-4wgz: Crystal Structure of Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgz
タイトルCrystal Structure of Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 11015 at pH 6.0
要素Cytochrome c'
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Takashina, A. / Unno, M. / Kohzuma, T.
引用ジャーナル: CHEM LETT. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Elucidation for the Alkaline High-spin State Transition of Iron(III) Cytochrome c' from Alcaligenes xylosoxidans NCIMB 11015
著者: Takashina, A. / Unno, M. / Kohzuma, T.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_poly / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2502
ポリマ－13,6311
非ポリマー6191
水4,234235
1
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子

A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5004
ポリマ－27,2632
非ポリマー1,2372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area3620 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.189, 53.189, 181.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

HOH

21A-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c'


分子量: 13631.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Achromobacter xylosoxidans (バクテリア)
参照: UniProt: P00138
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: 12 % PEG4000, 100 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 62734 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 36.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 1.0E+83 / 解像度: 1.11→26.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.614 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16168 2892 5 %RANDOM
Rwork0.14053 ---
obs0.14158 55388 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.11→26.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数949 0 43 235 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.0942.0131629
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8445169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56324.81554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.55215196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.191157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0290.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4351.109554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7471.66704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6791.292614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.78811.452220
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.51731168
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.274540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.52351327
LS精密化 シェル解像度: 1.109→1.138 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 203 -
Rwork0.293 3885 -
obs--93.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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