PDB-4wfc: Structure of the Rrp6-Rrp47 interaction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wfc

タイトル

Structure of the Rrp6-Rrp47 interaction

要素

Exosome complex exonuclease RRP6
Exosome complex protein LRP1

キーワード

HYDROLASE / Rrp6-Rrp47 complex / nuclear exosome / RNA degradation / RNA processing

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Schuch, B. / Conti, E.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: The exosome-binding factors Rrp6 and Rrp47 form a composite surface for recruiting the Mtr4 helicase.
著者: Schuch, B. / Feigenbutz, M. / Makino, D.L. / Falk, S. / Basquin, C. / Mitchell, P. / Conti, E.

履歴

登録	2014年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software / struct_conf / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _software.classification / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wfc.cif.gz	247.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wfc.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wfc_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wfc_full_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示
XML形式データ	4wfc_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	4wfc_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4wfdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vxv-d 5f5s-d 6zsh-1 2pfs-1 1ezb-d 2fe8-1 3tnj-1 2fe8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exosome complex exonuclease RRP6

B: Exosome complex protein LRP1

C: Exosome complex exonuclease RRP6

D: Exosome complex protein LRP1

E: Exosome complex exonuclease RRP6

F: Exosome complex protein LRP1

ヘテロ分子

85 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Exosome complex exonuclease RRP6

B: Exosome complex protein LRP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Exosome complex exonuclease RRP6

D: Exosome complex protein LRP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Exosome complex exonuclease RRP6

F: Exosome complex protein LRP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.397, 98.397, 208.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-390- HOH
2	1	B-318- HOH
3	1	B-408- HOH
4	1	B-412- HOH
5	1	C-400- HOH
6	1	D-313- HOH
7	1	D-392- HOH
8	1	D-396- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
1	2	chain B
2	2	chain D
3	2	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	chain A	A	A	3 - 106	7 - 110
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	chain C	C	C	7 - 106	11 - 110
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	chain B	B	B	3 - 120	3 - 120
2	2	GLU	GLU	GLU	GLU	chain D	D	D	5 - 102	5 - 102
3	2	TYR	TYR	GLU	GLU	chain F	F	F	10 - 102	10 - 102

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA-processing protein 6 分子量: 12862.192 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-111 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RRP6, UNC733, YOR001W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質	Exosome complex protein LRP1 / Like an rRNA processing protein 1 / Yeast C1D domain-containing protein / rRNA processing protein 47 分子量: 15341.698 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-133 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: LRP1, RRP47, YC1D, YHR081W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38801
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 125 mM sodium chloride, 100 mM sodium cacodylate pH 5.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→88.95 Å / Num. obs: 43613 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 562480

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs
2.35-2.43	12.7	1.6	52231	4107	0.586	0.562	97.8
9.09-88.95	10.6	72.5	9492	899	1	0.008	99.8	0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	0.3.5	データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
Aimless		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: The structure was solved with data from a Ta6Br14 soaked crystal at low resolution (5.2A) by SAD with SHELX and HKL2MAP using the anomalous Ta signal. Identifiable alpha-helices were ...
解像度: 2.35→71.479 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	4074	5 %
R_work	0.1837	77424	-
obs	0.1857	43544	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.95 Å² / B_iso mean: 65.5484 Å² / B_iso min: 25.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→71.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4310	0	20	463	4793
B_iso mean	-	-	109.56	63.93	-
残基数	-	-	-	-	567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	5870
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	692
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.903	1628

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	842	X-RAY DIFFRACTION	7.071	TORSIONAL
1	2	C	842	X-RAY DIFFRACTION	7.071	TORSIONAL
2	1	B	1375	X-RAY DIFFRACTION	7.071	TORSIONAL
2	2	D	1375	X-RAY DIFFRACTION	7.071	TORSIONAL
2	3	F	1375	X-RAY DIFFRACTION	7.071	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3462-2.3738	0.3624	151	0.3323	2481	2632	94
2.3738-2.4028	0.281	126	0.2875	2726	2852	100
2.4028-2.4332	0.2773	132	0.2817	2643	2775	100
2.4332-2.4652	0.2744	168	0.2658	2670	2838	100
2.4652-2.499	0.2906	134	0.266	2662	2796	100
2.499-2.5347	0.2628	122	0.2484	2728	2850	100
2.5347-2.5725	0.2384	152	0.2442	2642	2794	100
2.5725-2.6127	0.279	117	0.2468	2697	2814	100
2.6127-2.6555	0.2922	142	0.2383	2699	2841	100
2.6555-2.7013	0.2545	141	0.2401	2636	2777	100
2.7013-2.7505	0.2575	142	0.2264	2700	2842	100
2.7505-2.8034	0.2718	143	0.2305	2682	2825	100
2.8034-2.8606	0.2774	143	0.2215	2634	2777	100
2.8606-2.9228	0.2363	140	0.1992	2679	2819	100
2.9228-2.9908	0.2235	141	0.1957	2684	2825	100
2.9908-3.0656	0.2423	135	0.1899	2678	2813	100
3.0656-3.1485	0.2511	149	0.1775	2680	2829	100
3.1485-3.2411	0.1878	141	0.16	2683	2824	100
3.2411-3.3457	0.2274	137	0.1651	2659	2796	100
3.3457-3.4653	0.1824	135	0.1492	2681	2816	100
3.4653-3.604	0.1856	144	0.1464	2679	2823	100
3.604-3.7681	0.1836	138	0.1408	2711	2849	100
3.7681-3.9667	0.1956	140	0.1361	2647	2787	100
3.9667-4.2152	0.1895	145	0.1496	2670	2815	100
4.2152-4.5406	0.171	145	0.1352	2653	2798	100
4.5406-4.9974	0.2003	149	0.1457	2699	2848	100
4.9974-5.7203	0.2369	138	0.1936	2671	2809	100
5.7203-7.2059	0.2486	141	0.2284	2680	2821	100
7.2059-71.512	0.2315	143	0.1857	2670	2813	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0047	0.0001	0.0044	-0.0011	-0.0021	0.0092	-0.4572	-0.4398	0.0463	0.4248	0.2008	0.0183	0.0553	-0.1615	0.0006	1.2594	-0.0369	-0.3474	1.3935	0.2633	0.9689	53.1506	-24.2493	39.3122
2	0.1555	0.0563	0.2283	0.6405	-0.2635	0.5815	-0.2295	-1.1163	-0.2496	0.4207	0.1406	0.0477	-0.1225	0.59	-0.0007	0.6115	-0.0358	-0.0048	0.4475	-0.0644	0.4284	43.044	-18.1475	39.4707
3	0.9607	0.618	0.8073	1.4152	0.1397	0.8949	0.3677	-0.4544	0.5776	0.0645	-0.0528	0.2324	-1.1559	-0.2447	0.0004	0.8925	0.0899	0.1285	0.5061	-0.0571	0.6269	34.9762	-7.2743	34.9076
4	0.1646	0.0426	0.0263	0.0292	0.0277	0.0304	-0.7149	0.572	0.6203	-0.0131	0.4387	-0.1697	-0.3006	0.2562	0.0022	0.8207	-0.075	-0.1268	0.8078	-0.0362	0.74	45.1483	-15.0931	9.1902
5	1.209	-0.109	0.9484	1.0323	-0.1772	0.7994	0.4408	-0.7257	0.4124	0.2951	0.0201	0.0263	-1.1825	0.7591	-0.0016	0.8859	-0.0907	0.0825	0.5133	-0.1302	0.6005	44.4173	-10.273	39.9311
6	0.3497	0.3681	0.3865	3.2073	0.0928	1.7343	0.0711	-0.0196	0.057	-0.0094	-0.0476	-0.1796	-0.2606	0.0377	0.0003	0.4329	-0.0143	-0.0147	0.3012	-0.0089	0.3193	44.7582	-22.7185	25.1544
7	0.2345	0.2464	-0.3058	1.2426	0.8191	1.536	-0.3287	-0.3869	-0.3851	0.5655	0.3143	-0.3006	0.2538	0.5605	0.0029	0.5039	0.1148	-0.0076	0.5722	0.0735	0.5649	54.1117	-43.1236	31.6694
8	1.9148	-1.078	0.4059	1.0964	0.8431	2.0821	-0.3314	0.4193	0.2466	-0.8538	0.2964	-0.4183	-0.0687	-0.1773	0.0011	0.5715	0.0516	-0.0645	0.4836	0.0656	0.4709	32.3599	-15.6278	-15.5505
9	0.2665	0.4252	0.4692	0.3652	0.3632	0.3923	-0.2778	-0.0879	0.2818	0.5625	0.6932	0.6336	-1.1583	-0.9241	-0.0003	0.6325	0.1899	0.0019	0.5185	0.039	0.5515	27.6714	-12.4374	-3.8506
10	0.0187	0.0179	0.0444	0.1137	-0.0316	0.1329	0.2627	-0.116	-0.4205	-0.257	-0.1941	0.4132	-0.3492	-0.2942	0.0046	0.7493	0.1056	-0.0209	0.7011	-0.0317	0.6386	27.9005	-22.1401	16.676
11	2.6	0.3441	0.0277	0.1953	0.606	3.938	-0.1146	0.0299	0.0754	0.2489	0.0577	-0.0936	-0.3261	-0.151	-0.0006	0.3251	-0.0114	0.0174	0.3729	-0.0174	0.3015	41.5754	-29.5141	6.7979
12	1.4412	-0.2107	0.5252	1.2803	0.5507	0.5331	-0.0744	0.4537	0.087	-0.188	0.5021	0.3561	-0.4317	-1.3047	-0.0002	0.5708	0.0532	-0.0905	0.6334	0.0912	0.5617	24.7408	-18.6597	-13.6152
13	2.26	-1.1135	-0.3387	1.7915	-1.3674	2.4668	-0.0113	0.1766	-0.1767	-0.1797	-0.0768	0.0507	0.0795	-0.0806	0.0001	0.3621	-0.0007	-0.0042	0.3674	-0.0389	0.3368	37.6915	-31.2218	-0.7342
14	0.2987	0.2948	-0.1174	0.2383	-0.1233	0.2526	-0.1646	0.3588	-0.0289	-0.3144	0.0115	0.6129	0.2546	-0.799	0.0001	0.9468	0.1782	-0.118	0.9378	-0.2035	1.3689	50.1422	14.586	16.0134
15	0.0858	0.0666	-0.0254	0.0947	0.0527	0.0653	-0.2711	-0.3687	0.3281	0.5777	0.2923	1.0764	-0.1062	-0.7092	0.0011	1.1079	0.1081	0.1484	0.9991	-0.0159	1.6104	48.7229	11.4729	30.9628
16	0.4524	-0.0389	0.4877	1.1943	-0.9598	1.2238	0.2248	-1.1561	0.4903	0.5035	0.0869	-0.4296	-0.9466	0.6385	0.0015	1.0185	-0.0313	-0.1136	0.6883	-0.2911	0.9851	71.566	15.495	28.7305
17	0.0271	-0.0309	-0.0101	0.0037	0.0291	0.0079	-0.0199	0.1059	-0.2478	-0.4558	-0.1747	0.9684	0.3271	-0.9992	-0.0009	1.2252	0.0168	-0.0695	0.9461	-0.2464	1.9015	46.0053	7.69	20.8766
18	0.6226	0.645	0.2349	0.817	0.116	0.8441	-0.0014	-0.3609	0.1246	0.7661	-0.0036	0.4563	0.2093	-0.229	0.0001	0.9192	-0.0231	-0.0346	0.6251	-0.2018	0.8996	61.8165	9.45	25.9726
19	0.05	0.0323	0.0044	0.0483	0.017	0.0069	-0.0172	0.0637	-0.0598	0.2096	0.1947	-0.0391	0.0708	-0.1884	-0.0006	1.0882	0.1188	0.0708	1.0225	-0.4789	1.9396	48.0241	28.6609	27.6104
20	1.1224	0.2648	0.8121	1.2075	-0.7999	1.3459	-0.0339	-0.2682	0.5372	-0.1872	0.1635	-0.4587	-0.7577	0.482	0.0003	0.9087	-0.0046	-0.0892	0.7026	-0.158	1.0199	70.0149	17.5015	17.8701
21	1.5529	1.259	0.1124	1.0658	-0.1564	3.244	0.0652	0.0897	-0.0069	-0.1936	-0.124	-0.0175	-0.1875	-0.0538	-0.0001	0.316	-0.0123	0.0181	0.3491	0.0239	0.3047	41.4868	-31.0322	18.8561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 7 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 25 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 60 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 65 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 28 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 29 through 73 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 74 through 120 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 7 through 35 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 36 through 60 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 61 through 65 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 73 through 106 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 5 through 28 )	D
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 29 through 102 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 5 through 25 )	E
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 26 through 61 )	E
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 78 through 105 )	E
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 10 through 28 )	F
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 29 through 67 )	F
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 68 through 73 )	F
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 74 through 102 )	F
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 75 through 106 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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