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- PDB-4wf8: Crystal structure of NS3/4A protease in complex with Asunaprevir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wf8
タイトルCrystal structure of NS3/4A protease in complex with Asunaprevir
要素NS3 protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV protease inhibitor complex / Resistance / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2R9 / NS3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Soumana, D.I. / Ali, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31-GM103259 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI085051 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Analysis of Asunaprevir Resistance in HCV NS3/4A Protease.
著者: Soumana, D.I. / Ali, A. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2014年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Data collection
改定 1.32015年11月25日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1054
ポリマ－20,2561
非ポリマー8493
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.350, 60.893, 80.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NS3 protein


分子量: 20255.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: X2G809
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-2R9 / N-(tert-butoxycarbonyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-[(7-chloro-4-methoxyisoquinolin-1-yl)oxy]-N-{(1R,2S)-1-[(cyclopropylsulfonyl)carbamoyl]-2-ethenylcyclopropyl}-L-prolinamide / Asunaprevir / アスナプレビル


分子量: 748.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H46ClN5O9S / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 % / Mosaicity: 0.44 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 to 26% PEG-3350, 0.1 M sodium MES buffer at pH 6.5, and 4% ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 22158 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.062 / Net I/av σ(I): 24.783 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 170394
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.77.80.31522711.03896.8
1.72-1.797.90.22322631.08897
1.79-1.877.90.17122861.14797.7
1.87-1.976.70.1741735173.2
1.97-2.0980.10523121.04598.1
2.09-2.257.70.08820861.10288.2
2.25-2.487.80.07621021.01488.3
2.48-2.848.10.06823661.09198.8
2.84-3.587.80.05524031.01798.9
3.58-506.90.04123341.04990.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.65 Å30.59 Å
Translation1.65 Å30.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→30.594 Å / FOM work R set: 0.8538 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 1123 5.1 %
Rwork0.1924 20882 -
obs0.1937 22005 91.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.14 Å2 / Biso mean: 18.52 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→30.594 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1358 0 99 243 1700
Biso mean--20.14 31.52 -
残基数----192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.081454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6922006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.119241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.643537
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6531-1.72830.25481330.21372620275393
1.7283-1.81940.23481490.19692689283897
1.8194-1.93340.28561200.25052113223376
1.9334-2.08270.2271510.1892750290197
2.0827-2.29220.21981230.19292278240181
2.2922-2.62370.2241520.18452800295299
2.6237-3.3050.24771610.19132836299799
3.305-30.59910.16911340.18122796293093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2397-0.03660.14130.1861-0.22370.3047-0.0497-0.0446-0.1007-0.05120.0675-0.05330.0789-0.06730.00040.1225-0.0241-0.00520.076-0.00140.082542.4296-2.77221.9112
20.24330.07280.08420.7638-0.42460.29540.1391-0.123-0.02980.1949-0.1314-0.08290.0147-0.0938-0.00030.18190.02-0.0390.14860.00570.158348.37020.789530.6341
30.45550.26160.1480.6523-0.23350.6076-0.0476-0.05540.03210.1135-0.0072-0.0787-0.0150.0476-0.08230.05390.0057-0.00680.0643-0.00950.067147.92358.131521.8447
40.4106-0.1301-0.22521.00660.15711.0987-0.02260.10690.0397-0.1168-0.0002-0.1170.11590.0667-0.05260.0955-0.00160.00160.0701-0.00340.075446.43295.904210.2584
50.5608-0.17590.26530.46420.27120.42640.01150.1245-0.0163-0.17740.06390.1165-0.0279-0.14560.0030.1108-0.0313-0.01320.13920.01670.118530.6446.05839.9752
60.35870.04160.36160.9189-0.00071.2268-0.0620.06810.069-0.17710.10920.0022-0.00310.03160.03230.0759-0.01670.00340.077-0.01150.085539.37089.22198.8069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 989 through 1009 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1010 through 1032 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1033 through 1074 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1075 through 1107 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1108 through 1135 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1136 through 1180 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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