PDB-4wem: Co-complex structure of the F4 fimbrial adhesin FaeG variant ac w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wem

タイトル

Co-complex structure of the F4 fimbrial adhesin FaeG variant ac with llama single domain antibody V1

要素

Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
K88 fimbrial protein AC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Complex / llama single domain antibody / adhesin / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Moonens, K. / Van den Broeck, I. / Pardon, E. / De Kerpel, M. / Remaut, H. / De Greve, H.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Vet. Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insight in the inhibition of adherence of F4 fimbriae producing enterotoxigenic Escherichia coli by llama single domain antibodies.
著者: Moonens, K. / Van den Broeck, I. / Okello, E. / Pardon, E. / De Kerpel, M. / Remaut, H. / De Greve, H.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wem.cif.gz	163.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wem.ent.gz	128 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wem_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wem_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	4wem_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	4wem_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wenC 4weuC 3hlrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rtk-d 5ovw-1 5ovw-4 5ryq-d 4wen-d 3qij-2 3bin-d 2nzv-d 5ovw-2 1in4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: K88 fimbrial protein AC

B: Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region

ヘテロ分子

43.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.483, 145.483, 38.847
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	K88 fimbrial protein AC 分子量: 28703.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: faeG / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): Gateway technology / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7XD53, UniProt: P14190*PLUS
#2: 抗体	Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region 分子量: 13978.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9W2R6
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Potassium bromide, 0.1 M Sodium acetate pH 5.5, 15 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→47.62 Å / Num. obs: 68481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HLR

3hlr

解像度: 1.55→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.666 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19326	3467	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16882	-	-	-
obs	0.17008	65014	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.1 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2748	0	20	304	3072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.019	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.715	1.949	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.023	3	6137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.999	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.224	24.545	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.692	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.331	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.814	1.57	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.815	1.568	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.597	2.341	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.597	2.343	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.021	1.938	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.983	1.916	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.416	2.752	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.614	15.039	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.552	14.07	3180
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.549→1.589 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	258	-
R_work	0.234	4739	-
obs	-	-	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5611	1.4851	1.5417	1.9253	1.3292	2.0308	-0.195	0.1763	0.0492	-0.319	0.0309	0.1253	-0.1847	-0.1655	0.1641	0.0959	-0.0112	-0.0081	0.0584	-0.0212	0.0199	51.9517	-16.7834	-12.2805
2	0.4781	1.078	-0.6429	5.137	-0.5199	2.9751	0.0316	-0.1811	-0.1729	0.1789	-0.1208	-0.1798	0.1725	0.057	0.0892	0.0575	-0.0349	-0.0109	0.1561	0.1004	0.1455	51.2057	-37.5579	3.7071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	801 - 921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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