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- PDB-4wd8: Crystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wd8
タイトルCrystal structure of a bacterial Bestrophin homolog from Klebsiella pneumoniae
要素Bestrophin domain protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Calcium-activated chloride channel / Macular degeneration / Single-wavelength anomalous diffraction (SAD) / Sodium channel / pentamer / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae UHKPC96 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, T. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107462 米国
引用ジャーナル: Science / : 2014
タイトル: Structure and selectivity in bestrophin ion channels.
著者: Yang, T. / Liu, Q. / Kloss, B. / Bruni, R. / Kalathur, R.C. / Guo, Y. / Kloppmann, E. / Rost, B. / Colecraft, H.M. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bestrophin domain protein
B: Bestrophin domain protein
C: Bestrophin domain protein
D: Bestrophin domain protein
E: Bestrophin domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,13720
ポリマ-169,1565
非ポリマー98115
6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26880 Å2
ΔGint-706 kcal/mol
Surface area48400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.079, 160.034, 161.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Bestrophin domain protein


分子量: 33831.242 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae UHKPC96 (肺炎桿菌)
遺伝子: H215_4284 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S7AS11
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05 M zinc acetate, 6% v/v ethylene glycol, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0, 6.6 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 131752 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 11.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.961 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 12418 4.89 %
Rwork0.1962 --
obs0.1971 254129 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10636 0 15 365 11016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95514806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0763931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.33123570.30898176X-RAY DIFFRACTION100
2.3261-2.35350.2864100.30298037X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.38220.30314060.28838137X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.41230.3194010.29337998X-RAY DIFFRACTION100
2.4123-2.44410.32314500.28478075X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.47760.29094760.27017972X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.51290.29554250.25657997X-RAY DIFFRACTION100
2.5129-2.55050.28814250.24628044X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.59030.25884610.24058093X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.63280.24983610.23638104X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.67810.23424140.22978058X-RAY DIFFRACTION100
2.6781-2.72680.23163140.21988133X-RAY DIFFRACTION100
2.7268-2.77930.22354490.20888054X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.8360.24433890.20948082X-RAY DIFFRACTION100
2.836-2.89760.22463970.20068071X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-2.9650.20174100.19918116X-RAY DIFFRACTION100
2.965-3.03910.21964430.19048003X-RAY DIFFRACTION100
3.0391-3.12130.19574010.18688075X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.21310.23323940.19978073X-RAY DIFFRACTION100
3.2131-3.31670.21694150.19768064X-RAY DIFFRACTION100
3.3167-3.43520.21054410.18868040X-RAY DIFFRACTION100
3.4352-3.57260.19794540.17828062X-RAY DIFFRACTION100
3.5726-3.73510.19614410.1728010X-RAY DIFFRACTION100
3.7351-3.93190.17774040.16518095X-RAY DIFFRACTION100
3.9319-4.17790.20514010.16898051X-RAY DIFFRACTION100
4.1779-4.50010.16343910.16068055X-RAY DIFFRACTION100
4.5001-4.95220.19683960.16948127X-RAY DIFFRACTION100
4.9522-5.66690.21034160.19258051X-RAY DIFFRACTION100
5.6669-7.13250.26094890.22117983X-RAY DIFFRACTION100
7.1325-38.96670.16863870.1847875X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35531.0101-1.15240.8163-0.34464.677-0.3496-0.75050.21060.79970.3751-0.41770.54830.9198-0.10350.77060.3829-0.24270.7183-0.25420.4133-17.8184-14.608933.0096
22.5384-0.42251.23181.6105-0.38623.54510.021-0.0503-0.2945-0.04350.03180.15180.3535-0.086-0.03610.113-0.00070.00520.15640.00720.2598-14.1528-44.5482-2.5041
30.83730.58560.4823.17872.01762.5667-0.0318-0.35730.82670.06150.3077-1.0244-0.85360.5685-0.29650.63240.0057-0.26180.479-0.37550.7584-14.03382.570322.9661
42.2263-1.02330.12813.3370.70223.0906-0.03440.25550.442-0.28420.0921-0.9035-0.2250.5323-0.02150.152-0.03110.07560.29630.07310.4213-3.8248-24.0979-13.4518
53.7091-1.1152-2.58073.60930.78114.9913-0.2460.07970.21990.3852-0.27330.77050.0715-1.39890.40090.43850.2336-0.04680.6746-0.23890.5241-45.8873-2.470921.9135
62.5889-0.4114-0.45332.33450.60823.26490.05810.25460.2896-0.2984-0.01060.2405-0.303-0.2356-0.040.2059-0.029-0.03670.20890.08570.2207-43.6094-22.3347-19.9198
72.0572-0.8327-0.69744.91381.42441.8777-0.03650.03970.7317-0.4219-0.0635-0.0585-1.2421-0.60210.0620.77170.2051-0.12480.3501-0.14110.547-31.33099.772615.8191
82.3453-0.4806-0.29273.37350.47552.8289-0.03720.40350.321-0.5184-0.0832-0.2917-0.61540.110.08930.3484-0.0306-0.01560.35270.17190.2775-21.6287-11.1403-24.4761
93.43070.8724-0.74711.3710.89325.4967-0.1917-0.632-0.04591.07270.04370.25540.8475-0.22970.12650.73560.13510.03260.4447-0.09010.3264-37.3795-17.490132.8362
103.59520.0802-0.21442.18870.15332.6815-0.0573-0.0951-0.31760.0676-0.01320.1450.2793-0.13150.05920.1254-0.0275-0.02150.14980.01060.248-39.482-42.7694-6.2059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 22:74 or resseq 206:260)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 75:205 or resseq 261:289)
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resseq 22:74 or resseq 206:260)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resseq 75:205 or resseq 261:285)
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and (resseq 22:74 or resseq 206:260)
6X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resseq 75:205 or resseq 261:291)
7X-RAY DIFFRACTION7chain D and (resseq 22:74 or resseq 206:260)
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resseq 75:205 or resseq 261:289)
9X-RAY DIFFRACTION9chain E and (resseq 24:74 or resseq 206:260)
10X-RAY DIFFRACTION10chain E and (resseq 75:205 or resseq 261:293)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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