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万見
- PDB-4wcl: Crystal Structure of product bound Cell Shape Determinant protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wcl
タイトルCrystal Structure of product bound Cell Shape Determinant protein Csd4 from Helicobacter pylori
要素Conserved hypothetical secreted protein
キーワードHYDROLASE / mixed alpha beta sandwich / carboxypeptidase / M14
機能・相同性
機能・相同性情報


D,L-carboxypeptidase, peptidase domain / Metallo-carboxypeptidase, C-terminal domain / Carboxypeptidase M99, beta-barrel domain / Carboxypeptidase controlling helical cell shape catalytic / C-terminal domain of metallo-carboxypeptidase / beta-barrel domain of carboxypeptidase M99
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / IODIDE ION / Conserved hypothetical secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chan, A.C. / Murphy, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Helical Shape of Helicobacter pylori Requires an Atypical Glutamine as a Zinc Ligand in the Carboxypeptidase Csd4.
著者: Chan, A.C. / Blair, K.M. / Liu, Y. / Frirdich, E. / Gaynor, E.C. / Tanner, M.E. / Salama, N.R. / Murphy, M.E.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32015年2月18日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical secreted protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,52237
ポリマ－50,1791
非ポリマー4,34336
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.030, 66.770, 144.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Conserved hypothetical secreted protein


分子量: 50178.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: HPG27_353 / プラスミド: pET15b(mod) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5ZAD9

-
非ポリマー , 5種, 437分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-API / 2,6-DIAMINOPIMELIC ACID / meso-ジアミノピメリン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N2O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16-20% PEG 3350, 0-0.1 mM Tris and 0.3-0.4 M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.76 Å / Num. obs: 84317 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.48 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.993 / Net I/σ(I): 15.53 / Num. measured all: 315590
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.85-1.90.8450.3883.1323054630262540.45599.2
1.9-1.950.8930.3223.9122880607460730.376100
1.95-2.010.9270.2564.7422435590659040.299100
2.01-2.070.9370.2435.4720650577457140.28799
2.07-2.140.9550.1966.9419164560055150.23398.5
2.14-2.210.9780.1398.7720769544654450.162100
2.21-2.290.9840.11610.3319677521052080.136100
2.29-2.390.9890.09612.1519172501650130.11299.9
2.39-2.490.9910.08813.3818264478847880.103100
2.49-2.620.9930.07715.4417539460446020.09100
2.62-2.760.9940.06418.1616622438843820.07599.9
2.76-2.930.9960.05320.6515692413041250.06299.9
2.93-3.130.9970.04525.1714787390238990.05299.9
3.13-3.380.9970.03829.4913516359035850.04599.9
3.38-3.70.9980.03333.0612457335333460.03999.8
3.7-4.140.9990.02935.9711193300530020.03499.9
4.14-4.780.9990.02638.149859266026570.0399.9
4.78-5.850.9990.02436.878226222422030.02899.1
5.85-8.270.9990.02237.196314173316980.02698
8.270.9990.02142.0233209489040.02495.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→42.758 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 4210 5 %
Rwork0.1696 80073 -
obs0.1709 84283 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.46 Å2 / Biso mean: 28.9714 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→42.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 62 401 3821
Biso mean--29.34 35.15 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0894702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.461321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.87110.25231410.23122634277598
1.8711-1.89310.25721390.224327032842100
1.8931-1.91620.23991370.214526352772100
1.9162-1.94040.23961450.20826772822100
1.9404-1.9660.26921450.204227202865100
1.966-1.99290.23351400.190326702810100
1.9929-2.02140.21481410.199927162857100
2.0214-2.05150.22581410.204426502791100
2.0515-2.08360.35291340.30092531266595
2.0836-2.11770.24271410.20072677281899
2.1177-2.15430.21851380.170726442782100
2.1543-2.19340.16691420.171126622804100
2.1934-2.23560.22321410.167627142855100
2.2356-2.28130.22431410.169426832824100
2.2813-2.33090.21350.16426462781100
2.3309-2.38510.18951400.163526962836100
2.3851-2.44470.20251420.159626882830100
2.4447-2.51080.18671460.161726982844100
2.5108-2.58470.2181400.160126672807100
2.5847-2.66810.20851450.162327082853100
2.6681-2.76340.19811420.160826452787100
2.7634-2.87410.2081400.163626542794100
2.8741-3.00480.18751380.164226862824100
3.0048-3.16320.20931420.169526782820100
3.1632-3.36130.20961390.154526922831100
3.3613-3.62070.15691390.155926442783100
3.6207-3.98480.16031460.145627022848100
3.9848-4.56090.12691430.128726662809100
4.5609-5.7440.18231380.16012672281099
5.744-42.76910.20561290.19812615274497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41560.39370.27452.71750.11731.45140.1293-0.19520.35880.2878-0.12230.1059-0.1783-0.18740.00040.14740.0020.03480.1275-0.02260.23312.652943.19464.8474
21.0614-0.1630.22481.1886-0.45932.28520.09290.11320.0093-0.1264-0.03710.05330.2028-0.1225-0.03040.1094-0.0104-0.00310.0893-0.00940.14734.316532.2919-2.8193
30.3240.07710.72060.99570.18065.12160.0181-0.21860.02550.1702-0.01280.03340.3007-0.5188-0.01290.1806-0.0353-0.01120.2399-0.00690.14234.064325.44635.0836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 20:50 )A20 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 51:277 )A51 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 278:438 )A278 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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