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- PDB-4wcj: Structure of IcaB from Ammonifex degensii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wcj
タイトルStructure of IcaB from Ammonifex degensii
要素Polysaccharide deacetylase
キーワードHYDROLASE / deacetylase / beta alpha barrel / carbohydrate binding / family 4 carbohydrate esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase/deacetylase / NodB homology domain profile. / NodB homology domain / Polysaccharide deacetylase / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polysaccharide deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Ammonifex degensii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Little, D.J. / Bamford, N.C. / Pokrovskaya, V. / Robinson, H. / Nitz, M. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)43998 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the De-N-acetylation of Poly-beta-1,6-N-acetyl-d-glucosamine in Gram-positive Bacteria.
著者: Little, D.J. / Bamford, N.C. / Pokrovskaya, V. / Robinson, H. / Nitz, M. / Howell, P.L.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polysaccharide deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8743
ポリマ－29,7731
非ポリマー1012
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.686, 84.686, 71.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Polysaccharide deacetylase


分子量: 29773.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Loop (residues 50-64) was deleted from the construct
由来: (組換発現) Ammonifex degensii (バクテリア) / 株: DSM 10501 / KC4 / 遺伝子: Adeg_0846 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C9RCK9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: small octahedron
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28% PEG MME 2000, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28034 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 60.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1760) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F9D

4f9d


解像度: 1.7→33.512 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 2002 7.14 %Random
Rwork0.2037 ---
obs0.2056 28021 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 2 132 1995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0852603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.288686
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6992-1.74170.34351430.31961841X-RAY DIFFRACTION100
1.7417-1.78880.36211460.31121853X-RAY DIFFRACTION100
1.7888-1.84140.30291400.30021878X-RAY DIFFRACTION100
1.8414-1.90080.3111380.29261832X-RAY DIFFRACTION100
1.9008-1.96880.26541410.28011839X-RAY DIFFRACTION100
1.9688-2.04760.29661430.27431856X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.14080.25811450.26371840X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.25360.31181390.24881870X-RAY DIFFRACTION100
2.2536-2.39480.26661470.24361850X-RAY DIFFRACTION100
2.3948-2.57960.28021390.23711858X-RAY DIFFRACTION100
2.5796-2.83910.26351400.21881867X-RAY DIFFRACTION100
2.8391-3.24960.22161440.20551864X-RAY DIFFRACTION100
3.2496-4.0930.2111500.1611876X-RAY DIFFRACTION100
4.093-33.51890.16081470.14531895X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.18440.6413-1.7040.3657-0.79241.7793-0.1454-0.2259-0.90071.4727-0.0129-0.7940.15830.38320.07630.93870.1228-0.21390.2856-0.02650.5426175.472818.365579.251
23.08170.78150.12091.29921.61232.5069-0.3343-0.0714-0.47981.79080.69290.53090.3572-0.22480.39170.95720.2290.3320.28030.02790.448160.460121.162775.057
30.75240.3088-0.28720.6006-0.05010.8498-0.1624-0.22380.13241.84250.6031-0.8498-0.2114-0.15070.6721.15730.2149-0.45490.148-0.33230.4464178.164729.144478.283
48.1095-2.2751-4.4483.23543.20643.942-0.33650.06170.04410.94540.24050.87780.0621-0.39470.17530.4490.06780.16610.23280.01890.314159.636530.621969.1113
55.5931-0.3163-0.79622.09421.02044.3888-0.12210.3348-0.0990.52590.35620.00960.2920.1834-0.1930.3661-0.02980.02560.1322-0.01140.1839166.960427.924162.7404
65.80654.84974.93534.6575.33946.6932-0.21590.37890.23050.26610.12680.5551-0.2063-0.15220.07360.26250.0050.06160.27660.02040.2301163.448533.676361.0809
71.0448-0.96660.98949.00360.86973.9098-0.09080.5391-0.6074-0.32480.1404-0.09330.46840.30720.01720.255-0.04770.08570.3848-0.21020.4572173.968620.003157.2049
82.5608-3.8629-1.0456.44451.04242.45550.01621.028-0.2562-0.84210.014-0.68970.14190.0331-0.16570.317-0.10720.16430.4986-0.22260.5255179.999325.724652.186
92.4999-2.5861-0.66383.8062-0.61512.1345-0.12430.05260.15810.21860.0658-0.8667-0.20150.11930.05690.2853-0.0079-0.0550.2807-0.13510.4923183.274824.683762.2006
104.77980.62690.16291.5681-0.30142.0637-0.2315-0.2029-0.67761.53660.3515-0.85410.09540.0927-0.02280.7860.1411-0.16940.2347-0.06490.5537176.026217.590477.5177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 115 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 116 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 131 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 150 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 166 through 187 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 188 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 214 through 245 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 246 through 278 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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