PDB-4wbt: Crystal structure of histidinol-phosphate aminotransferase from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wbt

タイトル

Crystal structure of histidinol-phosphate aminotransferase from Sinorhizobium meliloti in complex with pyridoxal-5'-phosphate

要素

Probable histidinol-phosphate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Histidinol-phosphate aminotransferase / Pyridoxal-5'-phosphate / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

histidinol-phosphate transaminase / histidinol-phosphate transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Kowalska, A.K. / Cooper, D.R. / Stead, M. / Hammonds, J. / Ahmed, M. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Seidel, R. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of histidinol-phosphate aminotransferase from Sinorhizobium meliloti in complex with pyridoxal-5'-phosphate
著者: Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Minor, W.

履歴

登録	2014年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / refine_hist Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wbt.cif.gz	454.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wbt.ent.gz	374.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4r5z-2 4r5z-1 6c3c-d 1gc4-1 3get-d 1gex-1 3op7-1 5luc-2 2ch1-1 2zc0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-021736

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

B: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

C: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

ヘテロ分子

123 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

ヘテロ分子

C: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

ヘテロ分子

B: Probable histidinol-phosphate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	131.055, 64.322, 137.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-565- HOH
2	1	A-601- HOH
3	1	A-631- HOH
4	1	B-593- HOH
5	1	B-594- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	0 - 370	3 - 373
2	1	LEU	LEU	B	B	0 - 370	3 - 373
1	2	LEU	LEU	A	A	0 - 370	3 - 373
2	2	LEU	LEU	C	C	0 - 370	3 - 373
1	3	ALA	ALA	B	B	0 - 371	3 - 374
2	3	ALA	ALA	C	C	0 - 371	3 - 374

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Probable histidinol-phosphate aminotransferase 分子量: 40260.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: hisC4, R01049, SMc02393 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92R63, histidinol-phosphate transaminase

#1: タンパク質

Probable histidinol-phosphate aminotransferase

分子量: 40260.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: hisC4, R01049, SMc02393 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92R63, histidinol-phosphate transaminase

-
非ポリマー , 6種, 1018分子

#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1008 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-I condition #94 (0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, ...詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-I condition #94 (0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 17.6 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-I condition #94 (0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 150339 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 1.293 / Net I/av σ(I): 22.1 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 690744

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	4.2	0.574	2.38	13785	0.679	0.387	0.625	0.631	98.6
1.63-1.66	2.2	0.446		14296	0.72	0.358	0.574	0.63	96.2
1.66-1.69	2.3	0.384		14368	0.758	0.31	0.495	0.644	97.5
1.69-1.72	2.3	0.333		14424	0.804	0.27	0.43	0.658	98.2
1.72-1.76	2.3	0.284		14558	0.849	0.23	0.367	0.671	98.7
1.76-1.8	2.3	0.241		14698	0.885	0.196	0.312	0.691	99.2
1.8-1.85	2.3	0.202		14713	0.913	0.165	0.262	0.722	99.6
1.85-1.9	2.3	0.174		14749	0.932	0.142	0.226	0.762	99.8
1.9-1.95	2.4	0.142		14811	0.957	0.115	0.183	0.815	99.9
1.95-2.02	2.4	0.116		14758	0.97	0.093	0.149	0.869	100
2.02-2.09	2.4	0.1		14810	0.978	0.08	0.129	0.955	100
2.09-2.17	2.4	0.083		14746	0.984	0.067	0.107	1.048	100
2.17-2.27	2.4	0.078		14752	0.985	0.062	0.1	1.143	100
2.27-2.39	2.4	0.067		14786	0.989	0.054	0.086	1.287	100
2.39-2.54	2.4	0.063		14796	0.99	0.05	0.081	1.461	100
2.54-2.74	2.4	0.06		14740	0.991	0.047	0.076	1.744	100
2.74-3.01	2.4	0.055		14730	0.992	0.044	0.071	2.163	99.9
3.01-3.45	2.4	0.048		14796	0.994	0.038	0.062	2.591	99.8
3.45-4.34	2.4	0.042		14709	0.995	0.033	0.054	2.965	99.4
4.34-50	2.4	0.037		14645	0.996	0.03	0.048	2.825	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / WR_factor R_free: 0.1593 / WR_factor R_work: 0.1413 / FOM work R set: 0.8956 / SU B: 2.94 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0725 / SU R_free: 0.0693 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1634	7537	5 %	RANDOM
R_work	0.1461	142544	-	-
obs	0.1469	142544	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.36 Å² / B_iso mean: 21.303 Å² / B_iso min: 8.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	-0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	0.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8214	0	96	1024	9334
B_iso mean	-	-	28.2	34.27	-
残基数	-	-	-	-	1104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	8862
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	8619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.988	12143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.225	3	19817
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.845	5	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.381	23.125	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.42	15	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.246	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	10176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.769	0.932	4522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.768	0.932	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.276	1.393	5670

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	21919
1	2	B	21919
2	1	A	21835
2	2	C	21835
3	1	B	22071
3	2	C	22071

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	539	-
R_work	0.239	10373	-
all	-	10912	-
obs	-	-	98.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5334	1.9993	-2.8322	3.1531	-2.5474	8.8422	0.0649	0.1219	0.2271	-0.0058	0.0706	0.2674	-0.7487	-0.5011	-0.1355	0.1783	0.0487	-0.1037	0.0988	-0.0078	0.1577	30.001	20.59	105.877
2	9.2772	-1.4724	3.2758	3.7729	2.5085	14.4399	-0.1596	-0.3568	0.1796	-0.0826	0.0115	-0.1393	-0.1889	-0.6126	0.1481	0.0703	0.0533	-0.0143	0.1179	-0.0115	0.0153	0.552	16.411	98.87
3	0.526	-0.5226	0.3279	0.742	-0.2079	0.7861	0.054	-0.057	-0.0614	-0.0947	0.0101	0.0322	0.1245	-0.0433	-0.0641	0.0419	-0.0079	-0.0017	0.0619	0.0082	0.0186	11.186	-2.154	84.143
4	0.6247	0.0377	0.1124	1.561	-0.3533	0.826	-0.0299	-0.0141	0.0684	0.0274	-0.0069	-0.0375	-0.1236	0.099	0.0369	0.0479	-0.0094	0.0049	0.0678	0.006	0.0524	23.162	19.506	80.083
5	3.1253	0.4122	0.1908	0.9004	-0.2864	1.4337	-0.0232	0.0919	0.1527	-0.0694	-0.0237	-0.0673	-0.1445	0.0818	0.0468	0.1029	-0.0132	0.0084	0.0569	0.0251	0.0913	21.403	22.926	71.23
6	1.2714	0.0796	-0.0348	0.4774	-0.1931	1.0073	-0.0115	0.026	-0.0414	-0.0916	-0.0219	-0.0672	0.0675	0.0832	0.0335	0.0553	0.0131	0.021	0.07	0.0014	0.0509	21.395	9.341	75.582
7	2.1186	-1.476	1.1518	1.3935	-0.8268	1.5019	0.0822	-0.0185	-0.1034	-0.1133	-0.0314	0.0762	0.1664	-0.0248	-0.0508	0.0597	-0.0031	-0.0063	0.0908	0.0018	0.0465	6.71	1.34	76.555
8	2.2512	-1.0431	-0.366	2.1463	0.637	2.6086	0.0011	-0.0408	0.3834	-0.0653	-0.0478	0.02	-0.4429	-0.2873	0.0466	0.0891	0.0702	-0.0194	0.0835	-0.0208	0.0914	-2.153	26.265	79.327
9	7.7242	-1.262	-0.4491	5.6906	-0.4757	5.4369	-0.1214	-0.3134	0.5396	0.199	0.025	-0.1246	-0.4485	-0.1189	0.0964	0.0908	0.0569	-0.0205	0.1084	-0.0444	0.0472	-2.413	23.184	91.353
10	4.5554	0.1373	-0.3262	3.2863	1.3708	3.0753	-0.0481	-0.1662	0.5316	-0.1117	0.0307	0.0961	-0.4685	-0.2766	0.0174	0.0867	0.0789	-0.0128	0.1339	-0.0146	0.0689	-4.953	23.987	84.218
11	1.2818	-1.6071	-0.7066	2.5819	3.2598	10.6908	-0.0151	0.0621	0.146	-0.0153	0.0304	-0.2113	-0.0746	0.5584	-0.0153	0.0678	-0.0109	0.0212	0.109	0.054	0.1408	-0.745	11.988	149.166
12	7.9134	4.8812	0.8058	6.4352	-3.7734	14.1472	0.2922	-0.0526	-0.3863	0.3783	-0.3434	0.0147	-0.6847	0.6422	0.0512	0.0921	-0.0646	-0.0123	0.1531	0.009	0.064	14.374	36.831	144.057
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14	0.6968	-0.3255	-0.1196	0.7526	0.1797	0.4247	-0.0105	-0.0201	-0.0477	0.0191	-0.0061	-0.0146	0.0615	0.0399	0.0166	0.0457	0.0214	0.0103	0.0917	0.0001	0.0376	0.947	19.08	124.231
15	1.6864	1.0101	-0.1218	2.4023	0.1851	1.0469	0.0206	0.0491	-0.0846	-0.0089	-0.035	-0.0938	-0.015	0.0801	0.0144	0.0443	0.0478	0.0168	0.1135	-0.0072	0.0499	6.203	21.085	117.102
16	0.8704	0.7148	-0.0734	2.4352	0.4858	1.2548	0.0103	0.1301	-0.0008	-0.1484	-0.0355	0.0389	-0.0561	0.0281	0.0251	0.069	0.0462	0.0033	0.1372	0.0042	0.0648	1.2	23.543	114.67
17	0.6558	0.598	0.1131	1.0822	0.1575	0.8227	0.0512	0.04	0.0137	0.0054	-0.0561	0.0878	-0.0204	-0.0485	0.005	0.0476	0.0381	-0.002	0.1001	-0.0049	0.055	-8.2	27.113	121.837
18	2.1065	0.0745	-0.0899	0.6896	0.0387	1.2292	0.0753	0.1325	0.0684	-0.0478	-0.0658	-0.0797	-0.1595	0.1449	-0.0096	0.1095	-0.01	0.0157	0.1019	0.0252	0.0525	7.915	40.303	122.099
19	7.6294	-1.9748	0.1885	3.8299	1.7643	3.3412	0.1936	-0.0044	-0.8432	0.2632	-0.1059	-0.3559	0.1346	0.5409	-0.0876	0.058	-0.0268	-0.0677	0.2326	0.0624	0.2287	23.678	32.435	134.333
20	3.2107	0.4895	1.2193	3.4459	-0.2081	2.0518	0.1357	0.1369	-0.2445	0.0283	-0.084	-0.4349	0.0045	0.4518	-0.0517	0.0537	-0.0387	0.0107	0.1909	0.0194	0.0945	22.642	36.899	128.947
21	4.2542	-0.0759	0.2493	0.3167	1.7731	10.6527	-0.1288	0.0353	-0.0578	0.089	0.0626	-0.0242	0.4988	0.7186	0.0661	0.0566	0.013	0.0208	0.2262	0.1137	0.1422	38.831	76.651	80.054
22	5.7182	-2.088	-0.6831	9.7526	0.5263	11.8918	0.0478	0.1785	0.1078	-0.2066	-0.0005	-0.4372	0.3882	0.5629	-0.0472	0.0864	0.0749	0.0241	0.1338	0.0103	0.0233	29.603	48.573	83.213
23	0.3576	-0.3167	0.2648	0.5032	-0.1284	0.7494	-0.0074	-0.0631	-0.0374	-0.0216	0.0775	0.0504	0.0688	-0.1188	-0.0701	0.0283	-0.0099	0.0016	0.0747	0.0217	0.0255	11.189	60.392	96.543
24	1.0647	-0.0301	0.4499	0.4635	-0.1396	0.4356	-0.0132	0.0693	0.0501	0.0168	0.0072	-0.0509	-0.0096	0.0938	0.0061	0.0436	0.0323	-0.0059	0.0934	-0.0073	0.0395	34.358	67.904	104.543
25	1.4147	0.3559	0.5988	1.241	0.0388	1.1427	-0.0286	-0.0804	0.0323	0.0816	0.0407	-0.0356	0.0273	0.0103	-0.0122	0.0499	0.0473	-0.0089	0.1169	-0.0073	0.0464	33.084	63.846	111.885
26	2.6086	-1.5902	-0.5891	19.2097	-1.3117	2.1939	-0.0073	-0.2066	-0.1306	0.4645	-0.0308	0.4568	0.0959	-0.1778	0.0382	0.0582	0.0247	0.0019	0.1417	-0.0007	0.0219	24.055	64.386	118.973
27	0.3982	0.4929	0.3162	1.4394	0.3758	0.8822	-0.077	-0.0331	0.0568	-0.0563	0.1067	0.0602	-0.0365	-0.0423	-0.0298	0.0369	0.0368	0.0044	0.104	-0.0037	0.0467	21.158	70.098	103.889
28	1.2163	-1.0113	0.383	1.6982	-0.3728	0.9113	-0.0588	-0.0908	-0.119	0.1264	0.0913	0.0761	0.135	-0.0912	-0.0324	0.0972	-0.0034	0.0096	0.0972	0.0283	0.0451	15.045	52.143	104.909
29	1.47	-0.2718	-0.0087	3.3954	1.1399	2.5983	0.0325	0.0898	-0.2214	0.0212	0.2659	-0.5033	0.4061	0.3602	-0.2983	0.0949	0.0759	-0.0348	0.0909	-0.0715	0.1399	35.642	41.708	98.771
30	2.8739	0.5367	-0.1572	3.1207	1.6756	2.2281	0.0508	0.0513	-0.2214	0.1868	0.2589	-0.4183	0.386	0.2958	-0.3097	0.1289	0.0858	-0.0647	0.0683	-0.0508	0.0882	33.835	40.415	97.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	154 - 187
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	188 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	256 - 285
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	286 - 323
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	324 - 338
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	339 - 371
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	0 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	20 - 33
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	34 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	79 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	155 - 176
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	177 - 205
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	206 - 254
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	255 - 311
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	312 - 337
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	338 - 371
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	0 - 14
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	20 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	33 - 78
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	79 - 154
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	155 - 202
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	203 - 214
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	215 - 255
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	256 - 290
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	291 - 335
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	336 - 371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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