PDB-4wbe: Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the C12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wbe

タイトル

Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the C121 space group

要素

Caprin-1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / all alpha helical

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of dendrite morphogenesis / intracellular non-membrane-bounded organelle / generation of neurons / cell leading edge / signaling adaptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the HR-1 domain of human caprin-1 in the C121 space group
著者: Wu, Y. / Zhu, J. / Huang, X. / Du, Z.

履歴

登録	2014年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wbe.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wbe.ent.gz	134.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wbe_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wbe_full_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示
XML形式データ	4wbe_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	4wbe_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/4wbe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbp
類似構造データ	3gxl-d 4hgt-2 6f1w-2 2ouy-2 4tn6-1 2tgp-d 4kav-d 7c07-8 4mgt-d 1py5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Caprin-1

B: Caprin-1

C: Caprin-1

42.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Caprin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Caprin-1

C: Caprin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.950, 77.460, 58.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.300, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A	132 - 251	1 - 120
2	chain B	B	B	132 - 251	1 - 120
3	chain C	C	C	133 - 251	2 - 120

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Caprin-1 / Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / ...Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / GPI-anchored membrane protein 1 / GPI-anchored protein p137 / p137GPI / Membrane component chromosome 11 surface marker 1 / RNA granule protein 105 分子量: 14246.061 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 132-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPRIN1, GPIAP1, GPIP137, M11S1, RNG105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14444
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Caprin-1 / Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / ...

分子量: 14246.061 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 132-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPRIN1, GPIAP1, GPIP137, M11S1, RNG105 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14444

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 22% PEG750MME, 0.1 M Tris, 0.1 M potassium fluoride, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→32.38 Å / Num. obs: 29462 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 5.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→32.384 Å / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	1912	6.85 %
R_work	0.1962	25981	-
obs	0.1986	27893	93.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.77 Å² / B_iso mean: 37.96 Å² / B_iso min: 9.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→32.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2989	0	0	269	3258
B_iso mean	-	-	-	38.62	-
残基数	-	-	-	-	359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	4084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.832	1191

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1770	X-RAY DIFFRACTION	11.352	TORSIONAL
1	2	B	1770	X-RAY DIFFRACTION	11.352	TORSIONAL
1	3	C	1770	X-RAY DIFFRACTION	11.352	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1013	0.3002	124	0.2832	1645	1769	85
2.1013-2.1581	0.2467	126	0.2577	1740	1866	87
2.1581-2.2216	0.2642	125	0.2435	1741	1866	89
2.2216-2.2932	0.2721	135	0.2313	1771	1906	90
2.2932-2.3752	0.2567	134	0.2142	1798	1932	91
2.3752-2.4703	0.2368	135	0.214	1833	1968	93
2.4703-2.5826	0.2538	131	0.2109	1913	2044	95
2.5826-2.7187	0.2283	141	0.1993	1886	2027	96
2.7187-2.889	0.2398	140	0.216	1936	2076	97
2.889-3.1119	0.262	143	0.2015	1928	2071	97
3.1119-3.4247	0.2417	140	0.1926	1938	2078	97
3.4247-3.9195	0.2076	147	0.1706	1945	2092	98
3.9195-4.9354	0.2016	144	0.157	1951	2095	98
4.9354-32.3884	0.2154	147	0.1942	1956	2103	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2777	-0.6771	0.1919	2.7777	0.3841	1.8146	-0.265	-0.059	0.0104	0.0525	0.2618	0.2069	-0.0238	0.0764	0.0595	0.0369	0.007	-0.0336	0.0563	-0.0198	0.1488	-6.5411	17.6509	23.3176
2	2.0518	-1.0748	0.1327	1.0047	-0.5321	2.4389	0.1148	0.4303	-0.2108	-0.3051	-0.1194	-0.0302	0.2009	0.0275	-0.0213	0.15	0.0119	0.0023	0.179	-0.0441	0.1248	4.6997	13.1496	19.2073
3	2.8679	0.1893	-0.103	3.8681	-0.2869	2.1867	0.2771	0.6353	-0.1244	-1.2595	-0.0419	1.6188	-0.0676	0.0062	0.6131	0.0817	0.0005	0.1096	0.2747	-0.0649	-0.4142	-4.8522	16.216	14.0153
4	2.253	1.2035	-0.4291	2.6142	-1.1231	1.5788	0.0798	-0.1367	0.181	-0.0369	-0.1159	-0.017	-0.0714	0.0084	0.0173	0.1946	-0.0718	-0.005	0.1414	0.0103	0.3028	-25.6901	5.2192	33.0597
5	1.5571	-0.3514	-0.2326	1.6018	-0.7188	2.3294	-0.3339	0.6255	0.1306	-0.58	0.3376	0.1058	-0.1088	-0.5594	0.0477	0.4226	-0.1326	-0.1156	0.3505	0.1107	0.282	-34.8555	4.1771	20.4839
6	2.8773	1.8229	-1.7851	1.5312	-0.8799	1.6958	-0.1538	-0.0005	-0.2327	-0.2068	-0.0714	-0.2258	0.2561	0.0884	0.1155	0.1764	-0.0447	-0.0266	0.1398	-0.02	0.2755	-32.8319	-10.6605	35.8299
7	3.0495	1.2846	-0.1279	3.7031	-0.4705	3.2523	-0.1046	0.3499	0.121	-0.9974	0.1956	-0.3522	0.1123	0.1605	0.0887	0.266	-0.0585	0.0267	0.2194	0.0232	0.2176	-27.272	4.3296	23.4958
8	4.3041	-0.0958	-0.0046	3.9715	0.2713	2.4136	0.0352	-0.0598	-0.8801	-0.1759	-0.0738	-0.4761	0.1354	0.4025	-0.0205	0.284	-0.0728	-0.0613	0.1789	0.0187	0.3902	-24.9213	-7.7134	41.5356
9	3.0303	0.5475	-1.7794	1.1154	0.2707	2.1188	-0.5077	-0.2505	0.1451	-0.2288	-0.3403	0.8663	0.3591	-0.7265	-0.8881	0.5228	-0.0669	0.3667	0.5476	-0.11	0.7233	-45.795	-2.9782	54.5933
10	1.4432	0.9812	-1.3625	0.7187	-1.0234	1.4798	0.0185	-0.4015	0.3278	0.1921	0.0291	0.3948	0.2319	-0.3566	-0.3586	0.601	-0.2257	0.1757	0.632	0.0327	0.3894	-41.9997	-9.7604	61.4681
11	2.0013	-0.149	0.5183	1.22	-0.2265	3.0547	-0.3901	-0.4945	0.6986	0.9367	-0.3589	0.6933	-1.0204	-0.0224	-0.5573	0.5971	-0.0692	0.1917	0.388	-0.2854	0.284	-34.2045	4.3112	54.2598
12	1.1994	-0.2962	-0.3206	2.6357	-1.3018	2.3669	0.1935	-0.7522	0.347	0.4935	-0.1986	-0.0575	-0.864	0.8024	0.0723	0.4496	-0.2201	0.011	0.2365	-0.0974	0.263	-25.5542	9.549	41.7239
13	2.3064	0.6313	0.3945	1.4592	0.766	0.4961	-0.042	-1.1809	-0.2158	0.4838	-0.0633	-0.0833	0.0377	0.4693	-0.0555	0.5265	-0.1869	-0.0361	0.5451	-0.0393	0.1402	-25.7164	-1.9134	55.8953
14	1.213	-0.0904	-1.5109	5.7442	2.0242	3.6704	-0.0131	0.2057	-0.1928	-0.2295	-0.0196	0.595	-0.156	-0.6688	-0.2503	0.3735	-0.1702	0.0174	0.3823	0.0558	0.2022	-42.513	-11.5559	48.2094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 132 through 170 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 171 through 219 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 220 through 251 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 132 through 170 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 171 through 193 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 194 through 218 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 219 through 251 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 133 through 160 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 161 through 169 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 170 through 179 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 180 through 193 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 194 through 219 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 220 through 242 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 243 through 251 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)