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- PDB-4w9m: AMPPNP bound Rad50 in complex with dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w9m
タイトルAMPPNP bound Rad50 in complex with dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
  • Exonuclease, putative
  • Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
キーワードHYDROLASE / ATPase / DNA AMPPNP bound
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Nuclease SbcCD subunit D / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...Helix hairpin bin / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Nuclease SbcCD subunit D / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Helix hairpin bin domain superfamily / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA double-strand break repair protein Mre11 / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rojowska, A. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Rad50 DNA double-strand break repair protein in complex with DNA.
著者: Rojowska, A. / Lammens, K. / Seifert, F.U. / Direnberger, C. / Feldmann, H. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Other
改定 2.02018年10月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Y: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
C: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
D: Exonuclease, putative
E: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
F: Exonuclease, putative
Z: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
I: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
J: Exonuclease, putative
K: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
L: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,38320
ポリマ－201,26112
非ポリマー2,1228
水4,810267
1
Y: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
A: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
C: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
D: Exonuclease, putative
E: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
F: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,69110
ポリマ－100,6306
非ポリマー1,0614
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Z: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
I: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
J: Exonuclease, putative
K: Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
L: Exonuclease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,69110
ポリマ－100,6306
非ポリマー1,0614
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.713, 96.386, 105.926
Angle α, β, γ (deg.)90.010, 89.220, 81.670
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 YZAG

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4610.985 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4570.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 CEIKDFJL

#3: タンパク質
Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,Probable DNA double-strand break repair Rad50 ATPase


分子量: 41073.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: rad50, TM_1636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X1
#4: タンパク質・ペプチド
Exonuclease, putative / Metallophosphatase


分子量: 4650.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: TM_1635, THEMA_06070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0

-
非ポリマー , 3種, 275分子

#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 150 mM D-maleic acid pH 6.5, 21% (v/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 51778 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 43.51 Å2 / Net I/σ(I): 9.26

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→47.685 Å / FOM work R set: 0.743 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 2573 5 %
Rwork0.2148 48866 -
obs0.2176 51439 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 210.9 Å2 / Biso mean: 44.37 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→47.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12556 1218 740 267 14781
Biso mean--134.41 30.81 -
残基数----1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33719353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5475573
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7001-2.7520.47171420.39722707284995
2.752-2.80820.41251420.31862683282597
2.8082-2.86920.40521430.30942724286796
2.8692-2.9360.40521440.30072725286996
2.936-3.00940.39371400.29742675281596
3.0094-3.09070.36691430.29322711285495
3.0907-3.18170.36831440.27472731287597
3.1817-3.28440.29241440.25842738288297
3.2844-3.40170.2991430.21762711285498
3.4017-3.53790.27641460.20572787293397
3.5379-3.69880.26711420.19242699284197
3.6988-3.89370.25971440.18322730287496
3.8937-4.13760.2011420.18092707284996
4.1376-4.45680.21081430.16372703284696
4.4568-4.90490.19851430.15672724286796
4.9049-5.61370.21971430.18452716285996
5.6137-7.0690.25131410.22442680282195
7.069-47.6920.22931440.18552715285997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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