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- PDB-4w8k: Crystal structure of a putative Cas1 enzyme from Vibrio phage ICP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w8k
タイトルCrystal structure of a putative Cas1 enzyme from Vibrio phage ICP1
要素Cas1 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / immunity / CRISPR-associated / vibrio / phage / Center for Structuaral Genomics of Infectious Diseases / CSGID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage ICP1_2005_A (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Onopriyeno, O. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Savchenko, A.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen ...diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.pdbx_ordinal
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cas1 protein
B: Cas1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4753
ポリマ－73,4352
非ポリマー391
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.590, 83.320, 133.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cas1 protein


分子量: 36717.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2005_A (ファージ)
遺伝子: TUST1-15_00465 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1D4K1
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.01 M Phenol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→39.78 Å / Num. obs: 44744 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
PHENIXphenix.autobuildモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GOD

3god


解像度: 2.13→39.78 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 2166 4.85 %random selection
Rwork0.1736 ---
obs0.1752 44680 99.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4662 0 1 325 4988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6466468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3121747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.17960.30051310.26092743X-RAY DIFFRACTION98
2.1796-2.23410.2991540.23682749X-RAY DIFFRACTION98
2.2341-2.29450.23871410.23552744X-RAY DIFFRACTION98
2.2945-2.3620.27041550.21422795X-RAY DIFFRACTION99
2.362-2.43820.25041450.20432808X-RAY DIFFRACTION100
2.4382-2.52540.25641450.20282816X-RAY DIFFRACTION100
2.5254-2.62640.21381360.2072806X-RAY DIFFRACTION100
2.6264-2.7460.29021260.20652846X-RAY DIFFRACTION100
2.746-2.89070.22351500.20532820X-RAY DIFFRACTION100
2.8907-3.07170.27151310.20382860X-RAY DIFFRACTION100
3.0717-3.30880.23011320.19162859X-RAY DIFFRACTION100
3.3088-3.64160.21661550.17432854X-RAY DIFFRACTION100
3.6416-4.1680.16991550.1492878X-RAY DIFFRACTION100
4.168-5.24940.17091630.13352893X-RAY DIFFRACTION100
5.2494-39.78820.17181470.15153043X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78581.76-0.3045.7578-1.05278.41960.01850.15370.02660.1093-0.0721-0.19810.0809-0.00730.10520.15720.00820.00360.3588-0.00910.288730.0055104.309912.3869
22.50942.24830.78774.14710.58261.06410.32-0.5090.18860.9256-0.31930.15060.0471-0.07760.00160.4987-0.03250.02150.4739-0.0360.295226.149107.725237.2848
34.70924.032-0.94276.7322-1.53653.59710.1627-0.19420.14390.3926-0.1379-0.0832-0.02850.1987-0.00370.31250.0108-0.09230.3644-0.03580.249631.646107.026832.2349
42.50440.44251.17395.44760.31092.6451-0.1604-0.01780.2344-0.0690.17710.5699-0.0304-0.4663-0.01030.2219-0.0154-0.01310.55240.04490.36049.7623103.9696.4183
52.61691.149-0.5193.86740.97853.8428-0.18810.1943-0.3471-0.0399-0.00320.17990.7616-0.34080.19330.4329-0.10070.03850.48120.02950.40755.723176.722617.7882
63.10550.82910.69694.18840.26235.1926-0.1030.3331-0.2145-0.34280.10780.07970.6848-0.33560.02080.3985-0.13470.03470.43790.01520.38776.609180.894710.8846
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 4:85
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 86:228
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 229:296
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid -1:85
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 86:228
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 229:295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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